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标题: 新手求助关于gmx_MMPBSA的mmpbsa.in文件参数设置 [打印本页]

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科研小白0126    时间: 2025-6-12 16:34
标题: 新手求助关于gmx_MMPBSA的mmpbsa.in文件参数设置
各位老师好,我现在做的体系是50个单一分子的体系,用的是sobtop软件下构建的top、itp、gro文件,使用的是GAFF,我想请教各位老师我的mmpbsa.in文件中力场该怎么写,forcefields          = "MOL.GAFF,MOL.GAFF",这样写对吗,还有这个 PBRadii              = 4  该怎么确定,看了官网关于1-10的解释没怎么理解,各位老师那我命令行-cg要是想计算这个体系,分子间的结合自由能我该怎么写,是写-cg 2 2(index里2代表了我的单个分子MOL)吗,望各位老师给予指导,万分感激

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jackshoulder    时间: 2025-6-12 20:40
你这个很难评,你模拟的是50个一模一样的分子,然后想计算谁与谁之间的结合自由能呢?你的问题都不明确、你index中,2为MOL,那个分组,我建议你看一下,MOL后边对应的分子数是多少(搞不好是50*单个MOL的原子数,如果是这样,那么index分组中2,就是你50个分子的集合,并不是单一的MOL。能get?)。另外,你是用sobtop生成的参数,跑的动力学,那么你的力场参数,就是GAFF或者GAFF2,这两种力场的写法,在程序的官网也有说明怎么写。具体不知道怎么写,可以参照我帖子里(http://bbs.keinsci.com/thread-53483-1-1.html),“蛋白-小分子体系,核酸-小分子体系”中GAFF力场参数在mmpbsa.in中的写法。
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科研小白0126    时间: 2025-6-12 22:03
jackshoulder 发表于 2025-6-12 20:40
你这个很难评,你模拟的是50个一模一样的分子,然后想计算谁与谁之间的结合自由能呢?你的问题都不明确、你 ...

感谢您的指导,我想计算的就是我这50个分子的结合自由能,确实MOL是50个分子的原子集合,那我这种整体的该怎么做呢
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jackshoulder    时间: 2025-6-13 10:37
科研小白0126 发表于 2025-6-12 22:03
感谢您的指导,我想计算的就是我这50个分子的结合自由能,确实MOL是50个分子的原子集合,那我这种整体的 ...

这种情况,我无法进行很好的解答,这个程序应该不能进行这样的结合自由能计算,目前借助这个工具做的结合自由能计算,都是两个分子之间的结合自由能。如“蛋白-小分子”“蛋白-蛋白”“蛋白-核酸”“核酸-小分子”,在cg后边的分组时,每个组里边均是单一的分子,而不是一群分子的集合,像你这种是一群分子的结合,并且还是算这个集合与自身的结合自由能,你不觉得这很混乱吗?50个一模一样的分子,分别编号1-50,有没有可能1与其他49个分子均有接触在你动力学过程中(也不一定都能接触上,只是一种可能),那么只要就靠近接触,可能就会存在相互作用。同理编号2与其他49个分子,以此类推,是不是会有很多种可能。或者,我推荐你写个脚本,对50个分子自行编号,自动化处理计算。也许还有其他可以进行计算方法,所有等等其他大佬吧

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pkuchemistry    时间: 2025-6-13 12:50
50个分子在溶媒里乱碰撞??不清楚你想研究什么,也是醉了……
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科研小白0126    时间: 2025-6-13 17:19
jackshoulder 发表于 2025-6-13 10:37
这种情况,我无法进行很好的解答,这个程序应该不能进行这样的结合自由能计算,目前借助这个工具做的结合 ...

确实您说的对,这么做确实是有问题,感谢您的指导
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科研小白0126    时间: 2025-6-13 17:21
pkuchemistry 发表于 2025-6-13 12:50
50个分子在溶媒里乱碰撞??不清楚你想研究什么,也是醉了……

确实没想好,没怎么接触过这个mmpbsa




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