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标题: 适用于Gromacs2025之前版本的Amber19SB力场及其配套相关力场 [打印本页]

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Author: 喵星大佬 时间: 2025-6-13 15:58
标题: 适用于Gromacs2025之前版本的Amber19SB力场及其配套相关力场
本帖最后由喵星大佬于 2025-6-13 16:07 编辑

之前已经有人发了适用于Gromacs2025支持残基和原子类型双匹配CMAP项的Amber19SB力场，这里发一下适用于更早的Gromacs版本的力场包

该套参数中使用的替代方案，为每一套CMAP分配一个特定的原子类型并复制一份所有相关的成键项，这种方法也是在Desmond程序的公开力场包中使用的

同时该力场整合了新的磷酸化残基phosaa 19SB参数(J. Chem. Theory Comput. 2024, 20, 7199)，DNA采用的OL21骨架二面角参数，RNA为OL3参数，脂质方面整合了lipid17参数，与之前分享的Amber14SB力场(http://bbs.keinsci.com/thread-43558-1-1.html)里配套的相同，并且拉直了的可直接用于packmol等建模工具的246种脂质的gro文件也在其中

内有文档 (Amber.docx) 详细描述了各个残基的结构，原子类型分配，原子电荷等内容

如果想要使用Amber14SB参数及磷酸化残基phosaa 14SB参数，只需要在pdb2gmx中使用-cmap no选项

该力场仅包含了OPC水参数，如果想使用3点水模型需要自行修改添加OPC3水模型

如果有疑问直接根据力场包内的邮箱联系

(, 下载次数 Times of downloads: 243)

作者
Author: liuweb 时间: 2025-7-10 08:27
感谢大佬分享！

作者
Author: 樊樊樊 时间: 2025-7-17 16:47
感谢大佬分享！！

作者
Author: liuweb 时间: 2025-8-16 17:48
遇到一个问题，用这个力场包生成分子动力学轨迹之后，使用gmx_MMPBSA计算能量会报错，显示ParmEd读取[bonds]时发现某一行只有1或2个字段；而我用14sb力场轨迹文件，就不会报错，挺奇怪的..不知道哪里有问题

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2025-8-22 00:52

liuweb 发表于 2025-8-16 17:48
遇到一个问题，用这个力场包生成分子动力学轨迹之后，使用gmx_MMPBSA计算能量会报错，显示ParmEd读取时发现 ...

你把报错的文件对应位置检查一下

作者
Author: linq5203 时间: 2025-9-15 17:56
发现一个问题：ffnonbonded_lipid.itp中碳原子的at.num一列错写为了12
已知的小影响是在用editconf将tpr文件转换为pdb文件时，会将末尾的元素名错误地写为Mg；除此之外暂未发现什么影响

只是给可能用到这一列的朋友们提个醒，可以提前注意一下

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