计算化学公社

标题: vmd中xyz格式显示盒子 [打印本页]

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413    时间: 2014-12-30 15:06
标题: vmd中xyz格式显示盒子
如题,在vmd中怎么显示xyz格式的盒子??
在require完pbctools后
我输入pbc set {10.0 10.0 10.0} -all后,一切正常,跳到下一命令输入行。但。。。
我输入pbc box后刷屏
-error Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). Have you forgotten to set the pbc parameters?
-error Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). Have you forgotten to set the pbc parameters?
-error Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). Have you forgotten to set the pbc parameters?
....................


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413    时间: 2014-12-30 15:18
vmd版本:1.9.1 win32
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sobereva    时间: 2014-12-30 16:05
pbctools本身就自带
你的输入没问题,之后运行pbc get看一下是否盒子确实设好了
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413    时间: 2014-12-30 16:21
sobereva 发表于 2014-12-30 16:05
pbctools本身就自带
你的输入没问题,之后运行pbc get看一下是否盒子确实设好了

get之后根据输出应该是没设好
输出为:
{0.0 0.0 0.0 90.0 90.0 90.0} 什么情况???
vmd手册也显示这么做没问题啊
Syntax
pbc set cell [options. . . ]
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sobereva    时间: 2014-12-30 16:35
如果轨迹小,压缩下直接发出来看看
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archer    时间: 2020-9-9 11:34
遇到同样的问题,等vmd把轨迹加载完就行了




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