计算化学公社

标题: 计算糖分子与水分子的分子动力学模拟可以用什么软件？ [打印本页]

作者
Author: laser-z 时间: 2025-6-16 10:29
标题: 计算糖分子与水分子的分子动力学模拟可以用什么软件？
我想模拟糖分子和水分子（溶剂）在升温与降温过程中的分子间变化情况，想问一下用什么软件比较好？
我看到网上有用lammps和materials studio这两个软件水分子与其他分子进行分子动力学模拟，不知道这两个软件模拟的怎么样？
同时，我想问一下用cp2k软件是否适合模拟糖分子和水分子的分子动力学？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-17 04:33
当前问题和量子化学毫无直接联系，别发到量子化学版块。这次给你移动了，以后注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-17 04:34
GROMACS是最适合的程序，远比Lammps和M$适合得多，居然没有提到最该用的GROMACS不可思议。GROMACS比lammps快得多、上手容易得多、用户数多得多。而M$又慢又贵又弱又不灵活，算这类体系没有丝毫优点（而且根本没法用专门适合糖分子的力场），极其不被专业研究者待见。

看下文了解不同程序的流行度
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）

看下面网页里的GROMACS常识性介绍了解为什么首推GROMACS算这种问题
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）

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