计算化学公社

标题: 请教，六方晶系材料如何添加溶剂？ [打印本页]

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-16 12:43
标题: 请教，六方晶系材料如何添加溶剂？
请教各位老师，我构建了一个30*30*1的TiC超胞，通过命令：
gmx solvate -cp TiC_30x30x1.pdb -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top添加溶剂后，VMD可视化发现溶剂是立方系，和六方系的盒子不匹配，如下图所示：

①请问这样会对二维材料的周期性产生影响吗，能否进行后续模拟？
②如果操作不对，该如何正确的添加溶剂呢？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-16 13:06
可以先将六方晶系材料的晶格矢量做线性组合，得到正交化的单胞再扩超胞、构建跑MD用的体系，正如我在此帖所说的。gmx solvate指令有个-box选项可以指定往多大的正交盒子里填充溶剂。

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-16 16:28

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-16 13:06
可以先将六方晶系材料的晶格矢量做线性组合，得到正交化的单胞再扩超胞、构建跑MD用的体系，正如我在此帖所 ...

好的，谢谢Uus/pMeC6H4-/キ老师，我去学习一下您的帖子

作者
Author: Abdurehim 时间: 2025-6-16 19:24
可以用atomsk进行正交化处理，社长在其他帖子提到过用法：
http://bbs.keinsci.com/thread-21926-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-17 05:10
trjconv结合-pbc mol -ur tric转换结构文件

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-18 10:47

sobereva 发表于 2025-6-17 05:10
trjconv结合-pbc mol -ur tric转换结构文件

学到了，谢谢Sob老师！

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-18 10:48

Abdurehim 发表于 2025-6-16 19:24
可以用atomsk进行正交化处理，社长在其他帖子提到过用法：
http://bbs.keinsci.com/thread-21926-1-1.html

好的，谢谢您，我去学习一下！

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