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标题: ORCA DLPNO-CCSD计算报错 [打印本页]

作者
Author: R-S 时间: 2025-6-16 16:59
标题: ORCA DLPNO-CCSD计算报错
本帖最后由 R-S 于 2025-6-17 09:21 编辑

最近在使用orca做DLPNO-CCSD计算，简直太崩溃了，运行没一次能正常跑完的，总是各种花样的报错，完全不知道如何调试或者修改，一个报错就能卡一天，有没有大佬给点建议，这样学习成本也太高了。
刚刚又遇到一个报错，实在没有头绪，还请各位大佬帮我看一看到底是什么原因，
输入文件：
! DLPNO-CCSD(T) tightPNO RIJCOSX def2-TZVPP def2/J def2-TZVPP/C tightSCF noautostart miniprint
%maxcore    3000
%pal nprocs 32 end
* xyz  -1  14
坐标
*

出现如下报错：
UseSFitting                               ... on
Initializing property integral containers ... done (  0.0 sec)

SHARK setup successfully completed in 8.6 seconds

Maximum memory used throughout the entire STARTUP-calculation: 87.1 MB
Initializing property integral containers ... done (  0.0 sec)

SHARK setup successfully completed in 8.8 seconds

Maximum memory used throughout the entire STARTUP-calculation: 87.1 MB
Initializing property integral containers ... done (  0.0 sec)

SHARK setup successfully completed in 8.8 seconds

Maximum memory used throughout the entire STARTUP-calculation: 87.1 MB
Initializing property integral containers ... done (  0.0 sec)

SHARK setup successfully completed in 8.9 seconds

Maximum memory used throughout the entire STARTUP-calculation: 87.1 MB
[file orca_tools/qcmatshared.cpp, line 992]: Error TSharedMatrixSym<T>::Retrieve(FILE *f)! Trying to retrieve a non-symmetric matrix into a TRSharedMatrixSym

ORCA finished by error termination in Startup
Calling Command: mpirun -np 32  /home/lxl/ORCA/orca_startup_mpi fe4c6-6A-DLPNO-CCSD.int.tmp fe4c6-6A-DLPNO-CCSD
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run
这是什么原因呢？第一次运行还是能计算的，后面提示内存不足终止了，然后删除了所有临时文件，调整内存分配，再次计算就这样了，真是让人头大，不知道这样五花八门的报错到底从哪里去查找解决方案呢？求各位支个招

中间做了一些内存和并行核数修改，其中一个报错的输出文件如下：

运行orca --version 得到的信息如下：
orca --v

                              *****************
                              * O R C A *
                              *****************

                                          #,
                                          ###
                                          ####
                                          #####
                                          ######
                                       ########,
                                 ,,################,,,,,
                           ,,#################################,,
                        ,,##########################################,,
                     ,#########################################, ''#####,
                  ,#############################################,, '####,
               ,##################################################,,,,####,
            ,###########''''          ''''###############################
            ,#####'' ,,,,##########,,,,       '''####'''       '####
         ,##' ,,,,###########################,,,                      '##
         ' ,,###''''                '''############,,,
      ,,##''                               '''############,,,,       ,,,,,,###''
   ,#''                                           '''#######################'''
   '                                                       ''''####''''
         ,#######, #######, ,#######,    ##
         ,#'    '#,  ## ##  ,#'    '#, #''#       ,####, ,####,
         ##    ##  ## ,#'  ##          #'  '#    #'    #'  '#
         ##    ##  ####### ##          ,######,    #####, # #
         '#,    ,#'  ## ##  '#,    ,#' ,#    #,    #, # #,  ,#
         '#######' ##    ##  '#######'  #'    '#    '####' # '####'

            #########################################################
            #                      -***-                         #
            #       Department of theory and spectroscopy       #
            #                                                    #
            #                   Frank Neese                   #
            #                                                    #
            #    Directorship, Architecture, Infrastructure       #
            #                   SHARK, DRIVERS                   #
            #       Core code/Algorithms in most modules          #
            #                                                    #
            #       Max Planck Institute fuer Kohlenforschung    #
            #             Kaiser Wilhelm Platz 1                #
            #                D-45470 Muelheim/Ruhr                #
            #                   Germany                         #
            #                                                    #
            #                All rights reserved                #
            #                      -***-                         #
            #########################################################

                     Program Version 6.0.1  -  RELEASE -

With contributions from (in alphabetic order):
[Max-Planck-Institut fuer Kohlenforschung]
  Daniel Aravena       : Magnetic Suceptibility
  Michael Atanasov    : Ab Initio Ligand Field Theory (pilot matlab implementation)
  Alexander A. Auer    : GIAO ZORA, VPT2 properties, NMR spectrum
  Ute Becker          : All parallelization in ORCA, NUMFREQ, NUMCALC
  Giovanni Bistoni    : ED, misc. LED, open-shell LED, HFLD
  Martin Brehm          : Molecular dynamics
  Dmytro Bykov          : pre 5.0 version of the SCF Hessian
  Marcos Casanova-Páez : Triplet and SCS-CIS(D). UHF-(DLPNO)-IP/EA/STEOM-CCSD. UHF-CVS-IP/STEOM-CCSD
  Vijay G. Chilkuri    : MRCI spin determinant printing, contributions to CSF-ICE
  Pauline Colinet       : FMM embedding
  Dipayan Datta       : RHF DLPNO-CCSD density
  Achintya Kumar Dutta : EOM-CC, STEOM-CC
  Nicolas Foglia       : Exact transition moments, OPA infrastructure, MCD improvements
  Dmitry Ganyushin    : Spin-Orbit,Spin-Spin,Magnetic field MRCI
  Miquel Garcia-Rates : C-PCM and meta-GGA Hessian, CCSD/C-PCM, Gaussian charge scheme
  Tiago L. C. Gouveia : GS-ROHF, GS-ROCIS
  Yang Guo             : DLPNO-NEVPT2, F12-NEVPT2, CIM, IAO-localization
  Andreas Hansen       : Spin unrestricted coupled pair/coupled cluster methods
  Ingolf Harden       : AUTO-CI MPn and infrastructure
  Benjamin Helmich-Paris : MC-RPA, TRAH-(SCF,CASSCF), AVAS, COSX integrals, SCF dyn. polar.
  Lee Huntington       : MR-EOM, pCC
  Robert Izsak          : Overlap fitted RIJCOSX, COSX-SCS-MP3, EOM
  Riya Kayal          : Wick's Theorem for AUTO-CI, AUTO-CI UHF-CCSDT
  Emily Kempfer       : AUTO-CI, RHF CISDT and CCSDT
  Christian Kollmar    : KDIIS, OOCD, Brueckner-CCSD(T), CCSD density, CASPT2, CASPT2-K, improved NEVPT2
  Axel Koslowski       : Symmetry handling
  Simone Kossmann       : meta-GGA functionals, TD-DFT gradient, OOMP2, (MP2 Hessian; deprecated post 5.0)
  Lucas Lang          : DCDCAS
  Marvin Lechner       : AUTO-CI (C++ implementation), FIC-MRCC
  Spencer Leger       : CASSCF response
  Dagmar Lenk          : GEPOL surface, SMD, ORCA-2-JSON
  Dimitrios Liakos    : Extrapolation schemes; Compound Job, initial MDCI parallelization
  Dimitrios Manganas    : Further ROCIS development; embedding schemes. LFT, Crystal Embedding
  Dimitrios Pantazis    : SARC Basis sets
  Anastasios Papadopoulos: AUTO-CI, single reference methods and gradients
  Taras Petrenko       : pre 6.0 DFT Hessian and TD-DFT gradient, (ASA, deprecated), ECA, 1-Electron XAS/XES, NRVS
  Peter Pinski          : DLPNO-MP2, DLPNO-MP2 Gradient
  Christoph Reimann    : Effective Core Potentials
  Marius Retegan       : Local ZFS, SOC
  Christoph Riplinger : Optimizer, TS searches, QM/MM, DLPNO-CCSD(T), (RO)-DLPNO pert. Triples
  Michael Roemelt       : Original ROCIS implementation
  Masaaki Saitow       : Open-shell DLPNO-CCSD energy and density
  Barbara Sandhoefer    : DKH picture change effects
  Kantharuban Sivalingam : CASSCF convergence/infrastructure, NEVPT2 and variants, FIC-MRCI
  Bernardo de Souza    : ESD, SOC TD-DFT
  Georgi L. Stoychev    : AutoAux, RI-MP2 NMR, DLPNO-MP2 response, X2C
  Van Anh Tran          : RI-MP2 g-tensors
  Willem Van den Heuvel  : Paramagnetic NMR
  Zikuan Wang          : NOTCH, Electric field optimization
  Frank Wennmohs       : Technical directorship and infrastructure
  Hang Xu             : AUTO-CI-Response properties

[FACCTs GmbH]
  Markus Bursch, Miquel Garcia-Rates, Christoph Riplinger, Bernardo de Souza, Georgi L. Stoychev

  APM, Basis sets (HGBS, AHGBS, def-TZVP (Ac-Lr), def2-XVPD (La-Lu)), CI-OPT, improved COSX, DLPNO-Multilevel,
  DOCKER, DRACO, updates on ESD, GOAT, IRC, LR-CPCM, MBIS, meta-GGA TD-DFT gradient, ML-optimized integration grids,
  MM, NACMEs, nearIR, NEB, NEB-TS, NL-DFT gradient (VV10), 2- and 3-layer-ONIOM, interface openCOSMO-RS, QMMM,
  Crystal-QMMM, SF, symmetry and pop. for TD-DFT, r2SCAN hybrids, SOLVATOR

[Other institutions]
  V. Asgeirsson       : NEB
  Christoph Bannwarth : sTDA-DFT, sTD-DFT, PBEh-3c, B97-3c, D3
  Sebastian Ehlert    : rSCAN, r2SCAN, r2SCAN-3c, D4, dhf basis sets
  Marvin Friede       : D4 for Fr, Ra, Ac-Lr
  Lars Goerigk          : TD-DFT with DH, B97 family of functionals
  Stefan Grimme       : VdW corrections, initial TS optimization, DFT functionals, gCP, sTDA/sTD-DF
  Waldemar Hujo       : DFT-NL
  H. Jonsson          : NEB
  Holger Kruse          : gCP
  Marcel Mueller       : wB97X-3c, vDZP basis set
  Hagen Neugebauer    : wr2SCAN
  Tobias Risthaus       : range-separated hybrid DFT
  Lukas Wittmann       : regularized MP2, r2SCAN double-hybrids, wr2SCAN

We gratefully acknowledge several colleagues who have allowed us to
interface, adapt or use parts of their codes:
  Ed Valeev, F. Pavosevic, A. Kumar          : LibInt (2-el integral package), F12 methods
  Garnet Chan, S. Sharma, J. Yang, R. Olivares  : DMRG
  Ulf Ekstrom                                  : XCFun DFT Library
  Mihaly Kallay                               : mrcc  (arbitrary order and MRCC methods)
  Frank Weinhold                               : gennbo (NPA and NBO analysis)
  Simon Mueller                               : openCOSMO-RS
  Christopher J. Cramer and Donald G. Truhlar : smd solvation model
  S Lehtola, MJT Oliveira, MAL Marques       : LibXC Library
  Liviu Ungur et al                            : ANISO software

Your calculation uses the libint2 library for the computation of 2-el integrals
For citations please refer to: http://libint.valeyev.net

Your ORCA version has been built with support for libXC version: 6.2.2
For citations please refer to: https://libxc.gitlab.io

This ORCA versions uses:
CBLAS interface :  Fast vector & matrix operations
LAPACKE interface :  Fast linear algebra routines
SCALAPACK package :  Parallel linear algebra routines
Shared memory    :  Shared parallel matrices
BLAS/LAPACK    :  OpenBLAS 0.3.27  USE64BITINT DYNAMIC_ARCH NO_AFFINITY Haswell SINGLE_THREADED
      Core in use  :  Haswell
Copyright (c) 2011-2014, The OpenBLAS Project

[file orca_main/run.cpp, line 380]: Cannot open input file: --v

[file orca_main/run.cpp, line 380]: Cannot open input file: --v

应该是安装成功了，但是输出的信息很多，不知道是不是存在什么问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-16 17:31
是不是这个任务之前报错了，你修改了输入文件又重跑，但是重跑之前忘了删掉上一次跑生成的临时文件？
另外，是不是你用mpirun调用了orca？orca并行计算不是用mpirun调用的

作者
Author: R-S 时间: 2025-6-16 17:39

wzkchem5 发表于 2025-6-16 17:31
是不是这个任务之前报错了，你修改了输入文件又重跑，但是重跑之前忘了删掉上一次跑生成的临时文件？
另外 ...

之前报错过，但是我不知道临时文件是在哪里，运行的时候输入文件所在的目录全部都是.tmp和一些他其他的文件，我已经都删除了，/tmp目录下也有一个临时文件夹但是里面都是空的目录，我也给删掉了，然后还是会报错。“是不是你用mpirun调用了orca”，因为我刚开始学习使用orca，所以这个不是我设置的，是他自己运行时自己操作的吗？开壳层体系，单电子比较多，用CCSD(t)计算单点实在是没办法收敛，想用DLPNO-CCSD计算一下看看，想请问您这种单电子非常多的体系是不是不适合用CCSD(t),那如果想做一个比较可靠的能量计算有什么方法可以考虑呢？非常感谢您！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-16 18:14

R-S 发表于 2025-6-16 17:39
之前报错过，但是我不知道临时文件是在哪里，运行的时候输入文件所在的目录全部都是.tmp和一些他其他的文 ...

你是如何调用orca的？是否使用了非orca官方提供的任何脚本（包括任何人写的博文里提供的脚本），如果使用了，都上传上来

作者
Author: R-S 时间: 2025-6-16 18:34

wzkchem5 发表于 2025-6-16 18:14
你是如何调用orca的？是否使用了非orca官方提供的任何脚本（包括任何人写的博文里提供的脚本），如果使用 ...

没有使用脚本，orca是从官网下载的6.0版本的然后解压，设置的变量，运行就是用的 orca *.inp > *.out ,我把orca --version输出信息贴上去.

作者
Author: wal 时间: 2025-6-16 19:10

R-S 发表于 2025-6-16 18:34
没有使用脚本，orca是从官网下载的6.0版本的然后解压，设置的变量，运行就是用的 orca *.inp > *.out ,我 ...

orca并行的时候要写完整路径

作者
Author: R-S 时间: 2025-6-16 20:40

wal 发表于 2025-6-16 19:10
orca并行的时候要写完整路径

您说的是*.inp这个要用完整路径吗？*是我省略了文件名，我是在文件目录下运行的orca，不知道您说的这个完整路径指的是绝对路径吗

作者
Author: wal 时间: 2025-6-16 20:43

R-S 发表于 2025-6-16 20:40
您说的是*.inp这个要用完整路径吗？*是我省略了文件名，我是在文件目录下运行的orca，不知道您说的这个 ...

对，是orca程序需要绝对路径
path/to/orca xx.inp > xx.out
你加上试试看

作者
Author: R-S 时间: 2025-6-16 20:45
本帖最后由 R-S 于 2025-6-16 20:47 编辑

wal 发表于 2025-6-16 20:43
对，是orca程序需要绝对路径
path/to/orca xx.inp > xx.out
你加上试试看

好的，我换成绝对路径了，还是同样的报错

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-16 20:47

R-S 发表于 2025-6-16 20:40
您说的是*.inp这个要用完整路径吗？*是我省略了文件名，我是在文件目录下运行的orca，不知道您说的这个 ...

是orca要绝对路径，不是*.inp要绝对路径

作者
Author: R-S 时间: 2025-6-16 20:52

wzkchem5 发表于 2025-6-16 20:47
是orca要绝对路径，不是*.inp要绝对路径

用的是orca的绝对路径，我感觉是不是orca安装的不对，或者缺少什么东西

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-17 08:24

R-S 发表于 2025-6-16 20:45
好的，我换成绝对路径了，还是同样的报错

“Initializing property integral containers”还是打印了同样多次？
输出文件但凡有一点变动，都要上传完整的输出文件，以防输出文件其他部分的细节出现变化你没注意

作者
Author: R-S 时间: 2025-6-17 09:15

wzkchem5 发表于 2025-6-17 08:24
“Initializing property integral containers”还是打印了同样多次？
输出文件但凡有一点变动，都要上 ...

好的王老师，我上传一下输出文件

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