计算化学公社

标题: packmol构建的甲醇-水两相体系进行压浴后出现体系分散 [打印本页]

作者
Author: chenmoya 时间: 2025-6-16 18:31
标题: packmol构建的甲醇-水两相体系进行压浴后出现体系分散

各位老师同学好，最近在用packmol构建甲醇和水的两相体系，得到的.pdb文件在gromacs进行能量最小化后进行热浴（图1，肉眼看还是有水聚集的情况存在）压浴，其中压浴先用C-rescale进行压浴，然后用Parrinello-Rahman压浴，这时提示但没有报错： Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged. 得到的.gro文件特别分散，其中有大部分水聚集在一起（图2），甲醇分子比较分散，因为出现以上情况故没有继续进行下一步，特意来向各位请教，谢谢！

(, 下载次数 Times of downloads: 70) (, 下载次数 Times of downloads: 72)
(, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: xzeli 时间: 2025-6-16 20:01
我之前做的时候也出现过这个问题，可能是压浴的时间常数有问题，不敢误人子弟，还是等大佬们看看吧

作者
Author: chenmoya 时间: 2025-6-16 20:28

xzeli 发表于 2025-6-16 20:01
我之前做的时候也出现过这个问题，可能是压浴的时间常数有问题，不敢误人子弟，还是等大佬们看看吧

谢谢你的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-17 05:47
没有任何理由把C-rescale切换成更落后的Parrinello-Rahman压浴

倘若用C-rescale压浴的过程中没问题，就一直用下去。

作者
Author: chenmoya 时间: 2025-6-17 12:50
本帖最后由 chenmoya 于 2025-6-18 11:49 编辑

sobereva 发表于 2025-6-17 05:47
没有任何理由把C-rescale切换成更落后的Parrinello-Rahman压浴

倘若用C-rescale压浴的过程中没问题，就 ...

谢谢老师的答复，目前已解决了

作者
Author: chenmoya 时间: 2025-6-18 11:48
以上问题已解决了，原因是修改力场文件的时候不仔细，导致有个原子的编号弄错了，但是目前有一个疑惑，不知道为什么用C-rescale压浴才可以，Parrinello-Rahman压浴就会报错，提示某些原子的约束警告导致报错，如下：
Step 58225, time 116.45 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000001, max 0.000005 (between atoms 3625 and 3626)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
5514 5513 30.5 0.0969 0.0969    0.0969
提示的原子主要是甲基碳原子和氢原子之间的约束有问题。

作者
Author: neocc 时间: 2025-6-18 16:16
本帖最后由 neocc 于 2025-6-18 16:17 编辑

有没有可能是top文件和pbd文件的分子顺序不对应，在能量最小化的时候，即使分子顺序是错的也不影响计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 05:51

chenmoya 发表于 2025-6-18 11:48
以上问题已解决了，原因是修改力场文件的时候不仔细，导致有个原子的编号弄错了，但是目前有一个疑惑，不知 ...

压浴原理不同，PR是强耦合压浴。而且对于>=2023版，PR这种二阶压浴和C-rescale这种一阶压浴默认的nstpcoupl也不同

作者
Author: chenmoya 时间: 2025-6-23 20:57

neocc 发表于 2025-6-18 16:16
有没有可能是top文件和pbd文件的分子顺序不对应，在能量最小化的时候，即使分子顺序是错的也不影响计算。

好的，谢谢回复

作者
Author: chenmoya 时间: 2025-6-23 20:57

sobereva 发表于 2025-6-19 05:51
压浴原理不同，PR是强耦合压浴。而且对于>=2023版，PR这种二阶压浴和C-rescale这种一阶压浴默认的nstpcou ...

谢谢老师答复

作者
Author: liguanxue 时间: 2026-3-7 21:10

chenmoya 发表于 2025-6-18 11:48
以上问题已解决了，原因是修改力场文件的时候不仔细，导致有个原子的编号弄错了，但是目前有一个疑惑，不知 ...

老师请问遇到这样的约束有问题的报错找到对应的序号如何修改原有的top

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)