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标题: packmol构建的甲醇-水两相体系进行压浴后出现体系分散 [打印本页]
作者Author: chenmoya 时间: 2025-6-16 18:31
标题: packmol构建的甲醇-水两相体系进行压浴后出现体系分散
各位老师同学好，最近在用packmol构建甲醇和水的两相体系，得到的.pdb文件在gromacs进行能量最小化后进行热浴（图1，肉眼看还是有水聚集的情况存在）压浴，其中压浴先用C-rescale进行压浴，然后用Parrinello-Rahman压浴，这时提示但没有报错： Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged. 得到的.gro文件特别分散，其中有大部分水聚集在一起（图2），甲醇分子比较分散，因为出现以上情况故没有继续进行下一步，特意来向各位请教，谢谢！
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作者Author: xzeli 时间: 2025-6-16 20:01
我之前做的时候也出现过这个问题，可能是压浴的时间常数有问题，不敢误人子弟，还是等大佬们看看吧
作者Author: chenmoya 时间: 2025-6-16 20:28
谢谢你的回复
作者Author: sobereva 时间: 2025-6-17 05:47
没有任何理由把C-rescale切换成更落后的Parrinello-Rahman压浴
倘若用C-rescale压浴的过程中没问题，就一直用下去。
作者Author: chenmoya 时间: 2025-6-17 12:50
本帖最后由 chenmoya 于 2025-6-18 11:49 编辑
谢谢老师的答复，目前已解决了
作者Author: chenmoya 时间: 2025-6-18 11:48
以上问题已解决了，原因是修改力场文件的时候不仔细，导致有个原子的编号弄错了，但是目前有一个疑惑，不知道为什么用C-rescale压浴才可以，Parrinello-Rahman压浴就会报错，提示某些原子的约束警告导致报错，如下：
Step 58225, time 116.45 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000001, max 0.000005 (between atoms 3625 and 3626)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
5514 5513 30.5 0.0969 0.0969 0.0969
提示的原子主要是甲基碳原子和氢原子之间的约束有问题。
作者Author: neocc 时间: 2025-6-18 16:16
本帖最后由 neocc 于 2025-6-18 16:17 编辑
有没有可能是top文件和pbd文件的分子顺序不对应，在能量最小化的时候，即使 分子顺序 是错的也不影响计算。
作者Author: sobereva 时间: 2025-6-19 05:51
压浴原理不同，PR是强耦合压浴。而且对于>=2023版，PR这种二阶压浴和C-rescale这种一阶压浴默认的nstpcoupl也不同
作者Author: chenmoya 时间: 2025-6-23 20:57
好的，谢谢回复
作者Author: chenmoya 时间: 2025-6-23 20:57
谢谢老师答复
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