公社群聊Q&A整理：2016.12.30 04 ~ 2017.01.02 06 Concate - 计算化学公社

2016.12.28 17:53:09
Q:
老师，计算单点能时，含有I原子，起配体作用，用基组def2tzvp可以吗？@Sobereva
A:
可以，不过这个很大
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2016.12.28 17:55:02
Q:
我也请问一个问题，对于一个简单的化学反应，我们模拟整个反应路径后，还能得到什么信息？譬如反应速率常数，过渡态寿命等是不是能够得到？除此之外还有什么可以讨论的?@Sobereva
A:
有了G就能算k
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
没有过渡态寿命这么一说
还可以绘制IRC轨迹上各种量的变化，如
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
制作动画分析电子结构特征
http://sobereva.com/86
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2016.12.28 17:58:54
Q:
两位老师您好。请问atomic operations not found 这是什么问题？[图片]
A:
不好说
可以google搜搜，没准gromacs的邮件列表上有人讨论过
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2016.12.28 18:00:32
A:
按照教程精确一步步操作不应该有这种情况才对
Q:
好的，谢谢卢老师，我再仔细看看。
A:
还有，不要直接通过桌面上的链接进入目录，否则路径上有一串多余的东西。而且安装时候绝对不要把语言选成中文，否则后患无穷
Q:
i5，开过了，我再重新装一下看看
各位老师，在服务器上运行dmol3的时候，提示[图片]，其他提示都没有，应该从哪里下手找原因呢？
我直接进了文件夹，又按石诚的方法重装了cmake现在可以了。
OA:
估计就是路径的问题。
Q: [图片]
OA:
[表情]好像是gcc没装好，重装下 gcc 和 cmake。我也是这个错误，搞了好久误打误撞搞好的
Q:
好的，谢谢。
OA:
严格按照视频教程装
A:
而且对于初学者，效仿视频应严格到点击每一次鼠标、打开/关闭每一个窗口的程度
Q:
太对了，就是这样
+1
A:
录制视频用心良苦
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2016.12.28 18:01:40
Q:
请问老师，gaussian可以基于 DFT半核赝势（ Dspp）和双数值极化函（ DNP）的框架计算吗，如果可以，是不是把Dspp的定义与DNP的定义写在原子坐标下面
A:
不能
只支持斯函数
只支持高斯函数
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2016.12.28 18:04:28
Q:
非常感谢各位的老师的建议，我先自学吧！卢老师，明年三月份的培训是关于Multiwfn的吧？
A:
时间没定，估计会更晚一些
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2016.12.28 18:18:29
Q:
老师：使用PBE0这个泛函，写成PBE1PBE这样对吗，谢谢
A:
对
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2016.12.28 18:20:04
Q:
这样的双层莫貌似可以用命令直接构筑吧
A:
可以
以前写过个小工具
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245
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2016.12.28 18:23:04
Q:
卢老师，就是说，要用高斯软件进行优化，算能量，然后用Multiwfn进行一些分析，是吗？@Sobereva
A:
对
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2016.12.28 18:30:15
Q:
sob老师，做拓扑分析时，只能用wfn和wfx文件吗？fch文件行不行
A:
行
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2016.12.28 18:40:57
Q:
请教老师，就是高斯计算可以计算荧光量子产率吗
A:
不能
这是复杂的事，牵扯到很多因素，不是一个计算就解决的
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2016.12.28 18:41:27
Q:
请问一下，PBE0这个方法要怎么设置
谢谢
A:
PBE1PBE
Q:
orca用pbe0就是直接输入pbe0,不知道高斯用pbe1pbe意欲何为
A:
1代表单参数杂化
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2016.12.28 18:42:44
Q:
[图片]求教，对于这个问题回答的话是不是需要先把NTO的图画出来与MO对比？但是看sob老师的帖子‘跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介’里说NTO与MO形状上也没法直接对应
A:
审稿人嫌MO不好讨论激发，让你改用NTO
对比不对比无所谓，但至少给出NTO来。除非对于你的体系，对比发现MO和NTO对应很好，因此没必要再额外做NTO
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2016.12.28 18:43:09
Q:
请问各位电脑属性-设备管理器-处理器显示4个，但是按电脑型号查电脑配置都是显示是双核，那这个在填写CPU的时候是写2还是4呢
A:
2
Q:
嗯嗯好的，那老师电脑上的4是啥意思呢
A:
四个逻辑核心
google超线程
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2016.12.28 19:01:38
Q:
[图片]，请教大家一个问题，这个是我算的一个中间体，实验结果是3号C-H活化有利，原因是什么，该怎么分析？
ESP?
A:
从ESP角度说，哪里静电势越负亲电越容易进攻哪里，当然ESP对于亲电讨论经常不准
Q:
那做什么比较好。老师？
A:
看群共享亲电取代反应中活性位点预测方法的比较
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2016.12.28 19:26:57
Q:
sob老师，在弱相互作用RDG分析时，是不是生成wfx文件比wfn文件好呢
以后是不是所有用到的wfn都用wfx代替呢。
A:
wfx可以完全代替wfn
不牵扯赝势时候基本没区别
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2016.12.28 19:35:02
Q:
用高斯算分子动力学模拟。。。。。
A:
就是从头算动力学，可以研究动态问题，如化学反应的发生、在外场下的行为等等
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2016.12.28 19:35:05
Q:
请问哪儿可以下载DNA结构的文件啊，准备导入materials studio里的。我没找着
A:
往群共享里传了个简单的DNA
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2016.12.28 19:40:57
Q:
假如现在研究的体系（分子）还没有实验做出来过，为了证明这个分子从计算角度是可以稳定（或者某种条件下）存在的，可以用这种方法计算么@Sobereva
A:
可
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2016.12.28 19:47:40
Q:
各位老师，我在做过渡态搜索时老出现L9999，但出现如下问题[图片]，用的方法为[图片]，请问这个问题怎么解决啊，这问题一直困扰我，非常感谢
A:
opt里写noeigen
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2016.12.28 22:40:06
Q:
[图片]请问这里的V=1,2，3，4，5，6表示什么意思，谢谢！
A:
振动量子数
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2016.12.28 22:54:42
Q:
[图片]
老师卡到这不动了怎么回事
是网速的问题吗？等了10分钟了一动也不动
[表情]这要是完事估计到明天了
万一一动再出个别的错误整不了
A:
如果浏览器也下载不动，是网问题
你把那个fftw路径直接拷到主机浏览器里，看通过浏览器直接下载速度如何。如果下载顺利，把虚拟机里当前任务停掉，重新make一下
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2016.12.28 23:04:56
Q:
大侠：你们好！求助两篇文献！Heterojunction-Depleted Lead-Free Perovskite Solar Cells with Coarse-Grained B-γ-CsSnI3 Thin Films http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/aenm.201601130/full
50% Sn-Based Planar Perovskite Solar Cell with Power Conversion Efficiency up to 13.6% http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/aenm.201601353/full
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
你已经在2016-Jan-13的时候求过一次sci-hub能下的文献，下次再求就踢掉
还有，字号不得超过12，注意群共享里群规
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2016.12.28 23:26:16
Q:
请问有没有理论计算时和海洋相关类专业相关的
OA:
方法都一样，算什么不重要吧
Q:
就是能不能往那方向靠一靠[表情]
我平时做的是光谱的模拟，吸收发射圆二色等等，就是想了解一下能不能往海洋方向靠靠
OA:
我觉得方法掌握了，养哪个方向靠都可以吧
Q:
老师您说的对，我也这样赞同，就是自己的知识面太有限，因为需要写科研计划，导师要求往海洋方向上偏偏，可是海洋那么大[表情]，没有思想，[表情]，就是看群里老师们的研究经验多些，给点建议和指导，我再往细节搜搜资料也好有个方向性
算个光谱，过渡态，天然产物与蛋白的对接？
OA:
这就是sob那个灌水模板了
Q:
哪有灌水模板？我学学
OA:
/微笑
Q:
对，对，请指教
OA:
gaussian加multiwfn的灌水模板
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=234
这是文章模板不算灌水模板
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2016.12.28 23:27:10
Q:
弱弱的问微扰理论，dft，CC，ci，除了截断ci不是大小一致的，其他的诸如截断CC都是大小一致吧
刚刚查资料总结了一下现在验证一下
A:
对
但CIS实际上是大小一致的
Q:
嗯呢谢谢大神，另外大小一致性是针对考虑电子相关的方法，所以hf我们不讨论size–extensive不
A:
HF/DFT本来就有大小一致性
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2016.12.28 23:33:21
Q:
在优化的过程中出现 GetIJB would need an additional 2021637602 words of memory to use all 10 processors. 可以更改输入文件中的%rwf吗@Sobereva
A:
这说的是内存，不是硬盘
Q:
那应该怎么补救呢@Sobereva
A:
能继续算就甭管它
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2016.12.28 23:43:08
Q:
[图片]
老师这是怎么回事呢
网没问题能连上
A:
看不清楚
Q:
把地址考到浏览器以后浏览器显示连不上，但是查找其他网页就能出现
[图片]
A:
重新搞一遍
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2016.12.28 23:48:00
Q:
[图片]求教：NTO分析中transition=几，是不是由td算出来的关键跃迁得到的，谢谢！
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
想分析哪个跃迁就输几
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2016.12.28 23:48:40
Q:
老师您好，我经常会出现计算中断的现象，结尾是这个No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved. Increase integral accuracy.
A:
换个版本再试
机子或软件系统不稳定或兼容性问题
Q:
是需要换高斯版本吗
A:
y
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2016.12.28 23:52:26
Q:
老师，我在隐式溶剂模型下计算几个体系吸附同一种离子前后的吉布斯自由能变，发现吉布斯自由能变均为正（尽管通过单点能计算的相互作用能为负，但老师说过单点能不能充分体现溶剂化效应），有的体系正值较大，有的体系正值较小，是否可以说明正值较小的体系在设定条件（温度、压强）下更易于吸附该离子？
A:
自由能变为正说明吸附不了，普化都学过
非要靠这个来说吸附难易，只能说正值最小的相对来说容易吸附。
但如果实际中容易吸附，肯定是计算过程、模型或计算方法有不合理性
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2016.12.29 00:40:34
Q:
[图片]请问一下，这个公式里光速C的单位是m/s吗
麻烦你给我说一下换算关系，谢谢
【链接】[综合交流]说说计算辐射寿命公式中单位的使
http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4181
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
[图片]
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2016.12.29 00:59:26
Q:
我想问一下，我输入CO2 的z-matrix坐标来进行优化。能这样写吗？
[图片]
A:
这种问题一试便知
Q:
我记得以前看过，说是，键角不能是0度和180度。
A:
有些大道理和实际并不符，有的程序有一些特殊的处理
直线体系如果一开始就是直线，高斯能优化。但如果中途才变成直线，高斯就挂了
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2016.12.29 01:03:33
Q:
老师好，我用Guess=alter SCF=DM关键词出现了这样的错误，[图片]这是什么意思啊？方法是b3lyp/6-31+g(d,p)
A:
如果你用DM的目的是维持不可约表示保持在初猜状态，用qc再试，还不行就把弥散删了
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2016.12.29 01:36:20
Q:
麻烦问一下 Exploring Chemistry with Electronic Structure Method 第三版哪位有？谢谢
我在网上没有找到麻烦了
A:
公社专用邮箱8号就有
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2016.12.29 01:47:30
Q:
请问sob老师，我看您的帖子（谈谈能量的基组外推）中，对于后HF方法，需要使用Ghost的方法来分别计算BSSE的能量，请问这种方法如何使用？我能不能把复合物的优化好的构型提取出来直接计算单点能，然后通过公式来求出BSSE？@Sobereva
A:
后HF也一样用counterpoise关键词就完了
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2016.12.29 03:09:14
Q:
哦我是看您帖子上说“对于后HF外推，必须得分别得到E_BSSE_HF和E_BSSE_corr，这就只能自行手算。我建议此时使用Ghost原子的方法手动依次计算A、B、A,bAB、B,bAB体系并提取各自的HF能量和相关能。。。。。，”
A:
[图片]
这是做基组外推，你不追求CBS就甭管这个
Q:
sob老师我现在就是想求一下基组外推到CBS的结果 @Sobereva
我能不能把复合物的优化好的构型提取出来直接计算单点能，然后通过公式来求出BSSE？
A:
可以
Q:
那您说使用Ghost的方法是什么意思呢？@Sobereva
A:
就是用Bq，博文里说了
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2016.12.29 03:25:03
Q:
我要计算锂离子嵌入在Fe3O4晶体中，体积会增大起先的Fe3O4晶体由数据库导出，把li任意放在内[图片]跑出后成了这样[图片][图片]请问老师哪儿有问题啊
[图片]请问老师哪儿有问题啊
A:
[图片]
高斯算三维周期性体系慢得很
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2016.12.29 05:03:16
Q:
请问老师，找过渡态时候一直出现link9999怎么办
A:
opt里没用noeigen则用noeigen，已用了的话看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.12.29 05:42:58
Q:
请教大家一个问题，看有的文章中会分析HOMO-2轨道电子情况，而有的文章分析HOMO-5，为什么？分析哪个轨道由什么决定？
A:
为什么分析那个，文中必然有说明，没有说明就是毫无意义的瞎分析
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2016.12.29 05:54:13
Q:
请教sob,在虚拟机中安装CentOS 7.2时，没注意到license,也没输入1 2 c c也完成系统安装了，这个在后续的系统配置中会有问题吗，谢谢
A:
应该没问题
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2016.12.29 06:26:59
Q:
研究两个小分子聚集情况，请问用什么泛函比较好，m06-2x/6-31g(d)可以吗，主要是看光谱和分之间距离
[图片]
A:
可以
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
用6-311g(d)
Q:
老师，这样的话运算时间会比6-31g（d）多几倍？
A:
肯定接受得了
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2016.12.29 06:28:06
Q:
想和老师和大伙讨论一下买服务器的事情。若有五万左右预算，可否买两个节点，一个节点是低主频多核心（2*E5-2650v4，2.2G*12Cores），另一个节点是高主频少核心（2*E5-2637v4，3.5G*4Cores）。这样可以适应不同特点软件的运算，比如高斯并行效率差的就在高主频节点计算，并行效率好的就在多核心节点计算。但是如果这样配会不会不方便管理，会不会存在一些潜在的问题？希望有经验的能够给个意见，谢谢~
A:
后者纵使频率高，也比前者跑高斯速度差一大截
主频*核数不能相差如此悬殊
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2016.12.29 06:38:47
Q:
请教sob老师，用火狐浏览器试了下，不能上网，怎么回事，（已经Connect automatically选中，点Apply）
请教sob老师，对系统进行配置时，用火狐浏览器试了下，不能上网，怎么回事，（已经按照视频把Connect automatically选中，点Apply），谢谢
A:
不好说，重启再试，还不行把网络连接从NAT改成桥接再试
Q:
好的，谢谢
sob您好，对系统进行配置时，上不了网，重启也不行，网络改成桥接也不行，请问还有别的办法吗，谢谢
A:
我也不好说，只能再折腾折腾
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2016.12.29 07:14:06
Q:
[图片] 刚注册，麻烦验证下，谢谢
A:
已审
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2016.12.29 07:23:57
Q:
请教大家个问题，吡啶中N原子的孤对电子是怎么分布的
A:
用Multiwfn绘制ELF或LOL图考察
另参考
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2016.12.29 07:26:33
Q:
sob老师，我在MP2/6-611+G**水平上计算复合物的结合能时，复合物log文件中Counterpoise corrected energy =*****对应的数值是BSSE校正之后的复合物的MP2能量吗？我现在用这个能量减去单体的MP2的能量（输出文件中MP2 =*****对应的数值）之和，为什么计算的结合能偏小很多呢？是不是我用的能量用错了？谢谢老师 @Sobereva
A:
和末尾输出的complexation对照，对上了就说明你手算算对了，否则肯定数据读错了
前者势垒低，后者产物能量低
Q:
嗯嗯，我对过了，显示的数值跟我的手算的数值差不多。但是为什么MP2和M06-2X的结算结果差很多呢？
这是MP2：
Counterpoise corrected energy = -952.034018344786
BSSE energy = 0.003576565117
sum of monomers = -952.033615515091
complexation energy = -2.50 kcal/mole (raw)
complexation energy = -0.25 kcal/mole (corrected)
这是M06-2X-D3：
Counterpoise corrected energy = -953.618492040594
BSSE energy = 0.000373231083
sum of monomers = -953.616190652832
complexation energy = -1.68 kcal/mole (raw)
complexation energy = -1.44 kcal/mole (corrected)
A:
M06-2X-D3
用MP2费力不讨好
我是指计算精度
而且还是给MP2还用缺乏高角动量极化函数的基组，更是吃亏，而且不合理
Q:
那应该用什么基组比较合理呢？
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
谢谢老师，如果是计算色散作用为主的复合物，MP2是不是至少用到aug-cc-pVDZ? @Sobereva
A:
没事甭用MP2，早过时了
Q:
嗯嗯老师~~如果我想得到结合能CCSD(T)/CBS的结果，是不是必须要先算MP2，才能外推过去，原子数是17
A:
又没要求非得用MP2，除非你用投机取巧那种借助MP2和烂基组外推的方式
Q:
我是看您之前的一个帖子：谈谈能量的基组外推，我看里面一个例子计算H2--N2二聚体的能量，想学习一下。但是如果计算的体系原子数17，CCSD(T)大基组算不动的话，该怎么办，是不是需要用MP2来外推？
A:
可以这么干
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2016.12.29 07:35:11
Q:
学光谱模拟需要些什么准备知识？
A:
起码仪器分析书里面的知识都得懂得差不多
Q:
群主:仪器分析？
您指的是大学那本仪器分析吗？这个跟模拟有啥关系啊？
A:
基本的概念都不会模拟个啥？
Q:
几遍都是原子吸收，原子发射，红外，紫外，核磁，气相色谱，液相色谱
里面
里边都是原子吸收，原子发射，红外，紫外，核磁，气相色谱，液相色谱
群主，这些和模拟有啥关系？
用高斯软件或者MS软件模拟，还要跑分子动力学，跟仪器分析有啥关系啊？
A:
模拟什么光谱？模拟电子光谱，仪器分析里的书难道能不讲为什么会有紫外吸收，不讲什么叫荧光？不看这些书你那哪懂这些知识？先看更复杂的专著？
Q:
这些都学过了的
A:
先说清楚具体要干什么，想学什么知识
基础的要觉得都会了就找专门的专著，诸如什么分子光谱学之类的书
Q:
比如我要模拟红外光谱
群主:比如我要模拟某个未知组分的红外或者拉曼光谱，我是不是要先算算这个体系内可能存在哪些离子团？然后将这些离子团算算哪个更可能稳定存在，然后再按能稳定存在的离子团的结构计算他们的振动模式，计算他们的分子光谱？
比如某碳酸盐和硝酸盐的混合物加热反应后，算他们的分子光谱
老师，请问新手一开始从什么地方起步呢？
A:
简单做法：根据实验已知信息建立恰当模型，优化构型，算频率，绘制红外光谱
复杂做法：将初始物混合在一个盒子里，做从头算动力学让之自发反应，之后模拟光谱，很耗时很复杂
Q:
要学复杂算法，简单算法不靠谱
A:
新手没戏
Q:
就是如何学模拟，需要哪些准备工作。比如要来参加科音的分子动力学和量子化学培训。需要哪些准备知识？
什么群论，什么薛定谔方程和波函数，还有分子和原子轨道理论这些是否需要？
培训课就那两三天，如果没有准备知识，来听了也就基本上是打酱油了吧。？
A:
什么都不需要，参加培训前乱学一大堆反倒被搞晕，基本架构都搞不清楚。参加过量化版之后想了解更多细节再看levine的quantum chemistry。
从头算动力学到量化高级班才讲。
动力学可以看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)，但也不是必须的，估计大多数人没看多少就放弃了。
不可能打酱油，除非根本不好好听
培训内容深入浅出，充分照顾到零基础初学者。除非是零基础初学者非要直接参加基础班，到最后觉得听天书那没办法
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2016.12.29 07:54:30
Q:
能否先自学然后来学基础班或者提高班呢？
A:
不用
初学者先参加初级班，然后再参加基础班效果最好
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2016.12.29 17:03:44
Q:
老师，在操作完gmx -version后一切都正常，但是删除安装包时发现没有gmx2016.1这个文件是怎么回事
A:
gmx2016.1是安装目录，这不能删，我说删除是删的gmx解压后的文件夹
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2016.12.29 17:28:35
Q:
请问老师，我的电脑装VMware变得很慢，能用virtual box替代吗？对于上课时，使用起来有影响吗？谢谢！
A:
VMware不可能把电脑弄慢，一定是使用方式不对。
virtual box相比VMware就是个垃圾
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2016.12.29 17:31:58
Q:
我想做有机分子在二氧化碳团簇表面的吸附（成键），根据文献搭了几种模型，不过优化了七天的核时出现l202的报错，检查并没发现哪两个原子距离过近，请问有什么解决办法吗？
对了，这是输入文件
[图片]
[图片]
A:
看具体报错提示。关键地本身没问题。写CPCM纯属多余，毫无意义
Q:
嗯嗯，下次去掉，老师是从这地方判断吗？
[图片]
A:
检查最后一帧1、2原子
Q:
嗯嗯，是不是把最后一次坐标提取出来，根据原子标号来检查？
A:
gview直接看最后一帧
Q:
[图片]
老师，是不是苯环中的这两个碳原子出问题了？
A:
不是这帧结构问题
稍微调整关键词重新优化再试，比如直接用# opt B3LYP/6-31G*
氯仿这种溶剂不会对结构有什么可察觉的影响
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2016.12.29 17:48:08
Q:
[图片]
老师，没看到gmx
A:
已经装完了
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2016.12.29 17:48:37
Q:
好的，听老师的。我再重新装一遍试试。virtualbox实在是好轻量的虚拟机，我用它运行winxp，感觉比vmware快和好用一些。
A:
vmware绝对比virtualbox好用
vmware里面的虚拟机跑的速度也是最快的
我07年单核512MB的机子都能顺利在vmware下跑fedora7
virtualbox当年也用过，差远了
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2016.12.29 17:53:18
Q:
好的！他们有说用geom=nocrowd关键词的，老师这个关键词用在这儿合适吗？
A:
不适合。这只是无视错误提示，会错得更严重，而不是解决错误
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2016.12.29 17:55:07
Q:
老师我问一下，优化中性分子可以得到平均静电极化率么？
A:
字号不要超过12，注意群共享里群规
点极化率用polar关键词，看
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
电极化率
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2016.12.29 17:56:54
Q:
我想问一下关于gaussian09中关于计算反应能类的问题
老师，我想问一下高斯软件中计算过渡态用TS2方法有什么需要注意的
A:
没有叫TS2的方法，只有TS、QST2、QST3
Q:
不好意思，我没有注意就是QST2方法
我输入了反应物和生成物原子顺序一样但程序却运行不了
我有两种反应物和两种生成物
A:
甭用QST2就完了，又不方便效果又烂
QST2基本用处就是用来坑初学者的
Q:
老师是不是建议用TS方法
A:
是
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2016.12.29 18:02:12
Q:
请问，DFTB和PM6哪个速度快？
A:
半斤八两，看具体程序。如果是非迭代的（不是SCC）的形式，DFTB能做到更快
Q:
嗯
谢谢老师
那么，DFTB和PM6哪个精度高呢？
A:
DFTB关键取决于参数用得好坏，参数得额外去搞，也有别人搞好的。PM6的参数直接都是定义好的。
对于一般分子体系用PM6就完了，用DFTB是瞎折腾
Q:
象不含金属的酶促反应，用PM6就可以了，没必要用DFTB吗？
A:
对
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2016.12.29 18:08:26
Q:
老师安装grace第二步出现了这个问题
[图片]
A:
按照视频教程重试
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2016.12.29 18:40:51
Q:
麻烦各位想请教个问题：怎么在服务器上直接生成chk文件，为啥我在服务器上算完之后再Gaussview中打不开？非常感谢
具体命令怎么写呢
[图片]
这样可以不
A:
字号不要超过12，不要用彩色字
服务器上formchk xx.chk转换成.fchk之后再用windows机子的gv打开
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2016.12.29 19:02:55
Q:
sob老师，请问一下，用Multiwfn观看分子轨道时，想保存图片，但是如何更改各原子的颜色？
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
[图片]
Q:
好
[图片][图片]
A:
+1
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2016.12.29 19:21:27
Q:
[图片]老师出现这样的错误怎么修改，我的输入文件如下[图片]，谢谢
A:
老老实实写结构，甭用allcheck
甭用read
Q:
好的
还是出现一样的错误
[图片]
A:
传输出文件
光贴这毫无用处
Q:
老师输入跟输出文件都已经上传了
A:
chk路径里别有at之类破符号
还不行去掉%chk
输入文件一团糟，不写genecp相当于用STO-3G
Q:
老师我写了[图片]
genecp
A:
这是你传的
[图片]
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2016.12.29 19:27:10
Q:
请教一下，[图片]蓝色标出的部分，翻译成中文，准确的应该怎么说呢
A:
ELF定域化域
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2016.12.29 19:37:42
Q:
请问Sob老师，反应动力学参数是通过高斯+KiSThelP求解的么
A:
如果是指k、指前因子、活化能这些，可以
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2016.12.29 19:40:32
Q:
好的，谢谢老师
nproc=24，mem=16GB，24*16=384GB内存。机器不错，但是指望高斯的并行效率24核也没用啊
A:
%mem设的是所有线程使用的总量
Q:
高斯的并行效率被很多危言耸听的说法严重低估了
A:
是的
以讹传讹
而且并行效率高、低，必须与同样主流量化程序来比，跟诸如MD程序来比毫无意义
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2016.12.29 21:10:47
Q:
老师，请教一个问题，用高斯b3lyp算的轨道和电子的实际布居有直接联系吗？
A:
意义不明，你先搞清楚布居数是怎么算的，公式是什么再说
Q:
哦，好。再问一下，GaussView给出MO分析，比如HOMO上占有1个电子，那么这个代表什么呢？我现在想做轨道和能级分析。
A:
你先好好看看结构化学书吧
只不过是个单占据轨道而已，没有前提的话什么也不说明
Q:
哦。具体的问题是这样。A+B组合成AB，A和B应该是化学键连接，用gauss分别算能级和轨道。A和B的HOMO都应该是只有一个电子的，组合成AB后，按理说AB的HOMO有2个电子。那么AB的HOMO轨道一定是A和B的HOMO轨道叠加吗？还是重新排布？
刚才的问题如上。请老师有空回复。
A:
实际算出来什么样就什么样
可以用CDA帮助分析
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
Q:
哦。好的。多谢。
A:
[图片]
CDA博文里有典型形成共价键的例子，但实际情况往往会更复杂，实际是什么样就什么样，有可能牵扯到许多轨道的混合，图像没这么“干净”
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2016.12.29 21:19:00
Q:
群主：意思是说，要学模拟，还是要学结构化学或者无机化学的结构部分的？
sob老师，结构化学教材哪本比较适合自学？
A:
注意群共享里群规，字号不得超过12
Q:
周公度/呲牙
A:
【链接】公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
无机化学没必要看
看具体模拟什么，诸如基于经典力场的模拟看结构化学并没多大用处
Q:
模拟分子光谱的呢？
红外，拉曼，荧光……
A:
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/35
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/35
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/35
【链接】公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
Q:
请问有没有英文版的结构化学？
结构化学教材
A:
结构化学是苏联和天朝的特色，这些内容西方都是在物理化学里来讲。
所以看英文的就看atkin或levine的物理化学就完了
Q:
苏联也有专门的结构化学？
结构化学=量子化学+分子光谱+晶体学？
A:
中国开设结构化学我印象中就是从苏联学来的
大部分内容是这样
还讲化学键、点群之类的
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2016.12.29 21:59:20
Q:
[图片]
这个速度看来，gmx果然是最快的
A:
gmx最快是公认的
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2016.12.29 22:02:52
Q:
有机分子的吸收光谱，用B3LYP依然有些偏差，需要HF成分更小的，一般哪个比较合适？O3LY怎么样？
O3LYP怎么样？
pbe0的 HF比B3LYP大，结果也跟B3的差不多
A:
虽然可以用，但与其用O3LYP想办法凑，不如试一把w调控的泛函
Q:
这个不是很明白，请明示，谢谢 w调控的泛函具体指的哪些？
A:
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
http://sobereva.com/346
没必要对绝对值要求那么苛刻，何况也都已经有实验数据了。谱峰形状更重要
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2016.12.29 22:15:07
Q:
老师，我有一个问题很纠结。我计算隐式溶剂模型下的吸附行为，该吸附是经过一个非自发过程发生的(如加压，通电)。我想评价这种吸附的强弱，而无论单点能差还是吸附能差都只是粗略描述溶剂化效应，而吉布斯自由能又是正的。这种情况下，您有什么好的建议?
A:
没更具体信息没法评价，但现在太忙没法给你仔细看
反正基本只能靠隐式溶剂模型，用显式麻烦太多
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2016.12.29 22:15:13
Q:
老师我想问一下[图片]势能面扫描为什么键长起始为1.0？
[图片]
A:
初值就是结构文件里的值
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2016.12.29 23:44:47
Q:
opt+freq能续算吗
A:
先弄清楚到底是opt还是freq断了
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2016.12.30 00:16:14
Q:
老师，请问 Multiwfn软件如何创建新的图形文件？导入文件时总是提示 can not be found input again
A:
输入文件路径写得不对
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
作图之后在后处理菜单一般都有选项可以保存图像文件
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2016.12.30 00:25:28
Q:
老师，想用您博文[图片]中的方法用矩形括住一个分子，但在multiwfn输出信息中没有找到[图片]这部分内容。只找到了[图片]，是这个吗？
A:
不是一码事
博文里那部分输出在更后面
你看到的那个只是格点数据的盒子的上下限位置
[图片]
Q:
[图片]
老师，在VMD中的这个框线为什么有的地方不显示啊，还有这个框线能加粗吗？
[图片]李老师你说的在哪？没找到啊
A:
或者你用tachyon渲染一下看能否显示全
Q:
[图片]老师，强了一点，但还是不太行
[图片] 给力ing，可以完全显示了，但还有最后一个问题，线能加粗吗？
A:
盒子用什么命令画的？
Q:
[图片]
就是按照您的博文的命令，但是复制粘贴过来每行前面会有一个？会有影响吗
A:
每行末尾加个width 2，就代表用粗细为2的线
没影响
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2016.12.30 00:29:19
Q:
请问multiwfn的输入文件如何生成？
A:
手册第四章开头写明了
Q:
[图片]
这个吗？
A:
支持的输入文件在手册2.6节都写明了
一切看手册，手册超级超级超级详细
说错了，是2.5节
[图片]
Q:
群文件里有吗？
A:
官网啊
官网下载又不要钱又不需要注册
Q:
manual 3.3.9?
A:
仔细看完此文
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.12.30 00:31:10
Q:
老师，我的是这样的
[图片]
是哪有问题吗？
A:
用最新版本
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2016.12.30 00:31:27
Q:
[图片]这个怎么改来着？
A:
opt=cartesian
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2016.12.30 01:10:12
Q:
为何用gaussian 生成fchk文件会弹出命令符窗口？
[图片]
A:
本来formchk就是纯文本程序，出现命令行界面有什么奇怪的
Q:
怎么找到生成的fchk文件呢
multiwfn可以直接打开chk文件吗？
A:
直接用utilities下拉框里的formchk则fch和chk在相同目录下产生
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2016.12.30 01:33:12
Q:
各位老师，如果结构优化时老出现[图片]这种问题，加个什么关键字好呢，谢谢
[图片][图片]多半是这样的
这样的话应该maxstep=300这样加关键词吧？
A:
步数上限设得太小，导致达到极小点所需步数太多
非要用这么小步长上限就继续算，同时加大maxcyc
maxcyc和maxstep是两码事
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2016.12.30 02:07:54
Q:
如何在计算中考虑隧道效应或证实有无隧道效应的影响?
A:
看具体算什么，诸如算k，最简单的就是用wigner方式，复杂点的用eckart之类。透射系数算出来越大隧道效应越大
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2016.12.30 02:49:45
Q:
请教行家：GS怎么在win10系统上安装？
什么是GS
[图片]
Gauss
A:
本来就是傻瓜式安装
Q:
装不上，在win10上的setup没反映！
在win7上没问题
A:
把字号改小
Q:
请问是什么字号？
A:
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
Q:
[图片]
用气泡模式不就看不出来了。。。[emoji]
A:
博文里提过这点
不应当让不吸烟的人躲着吸烟的人，而是吸烟的人应自觉不在公共场合吸烟
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2016.12.30 03:11:06
Q:
老的那个思想家公社论坛貌似搜索不出来了
A:
那个不需要知道
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