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标题: Gromacs中GPU加速问题，同时跑两个模拟的时候速度直线下降 [打印本页]

作者
Author: 1900 时间: 2025-6-17 08:28
标题: Gromacs中GPU加速问题，同时跑两个模拟的时候速度直线下降
请教一个Gromacs中GPU和CPU配置的问题。我在服务器上有2个GPU+64个核。我调用1个GPU和32个核的时候，单独跑一个模拟时速度能达到280ns/day。但是再加上一个模拟，同时跑两个模拟（分别调用1个GPU和32个核）的时候速度直线下降，每个只有120ns/day。我使用的脚本如下。请问需要怎么解决？

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-6-17 17:57
可以查看过程中CPU和GPU的占用率？先确定CPU和GPU到底有没有在干活吧

作者
Author: 1900 时间: 2025-6-18 10:00

KazusaT 发表于 2025-6-17 17:57
可以查看过程中CPU和GPU的占用率？先确定CPU和GPU到底有没有在干活吧

没有干活。使用率只有40%。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 07:44
应当把跑两个模拟的命令同时给出，当前只给了一个。并且看看是否两个GPU同时都有负载

作者
Author: 乘风万里 时间: 2025-6-19 11:11
本帖最后由乘风万里于 2025-6-19 11:17 编辑

1. 两个任务分别需要设置 -gpu_id 0 与 -gpu_id 1 （以及正确对应的CUDA VISIBLE DEVICES，但我跑到的时候没用过这个环境变量），具体看你 nvidia-smi 里显示的 gpu_id
2. 去掉 -pin on参数试试

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