公社群聊Q&A整理：2016.12.28 18 ~ 2016.12.30 04 Concate - 计算化学公社

2016.12.30 03:47:05
Q:
A:
果然不是量化上的DFT
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2016.12.30 03:51:58
Q:
sob老师的书明年啥时候出版啊？
期待好几年了
A:
科音官网上说了，2017
等第一届gromacs培训班弄完，再处理掉手头一堆杂事，就全力弄书的事
Q:
sob老师的量化程序啥时候公开
A:
瞧，又催出书又催量化程序...叫我弄哪个
Q:
/呲牙/呲牙/呲牙
A:
平时每天在论坛和两个群答疑就够忙活的
手头还几篇文章要写
Q:
哈哈答疑其实可以减少一点。让他们去论坛提问去
sob辛苦，风雨无阻
A:
这不好搞
Q:
[图片]我觉得出书能够辐射的面积最广
A:
尤其是初学者，都跑到论坛里问，论坛就水了
而且，群里问的我太忙可以不答，但跑到论坛里问，不回答的帖子悬在那里我难受
Q:
sob老师可以定点答疑，比如每天几个时间段，集中处理
A:
行不通。
尤其我过美国时间的时候，这更没法搞
Q:
sob过美国时间。。
A:
而且提问的人大多并不听话，比如用大字号的，有些人怎么说都不改
Q:
sob老师的书我先预订两本，一本学生，一本自己看/偷笑
能带签名吗
要老师的雅正
A:
行吧
Q:
作为自学这么多年的人，急需sob老师提高
sob可以把没回答的帖子弄成置顶，然后设置悬赏。不知道论坛有没有这样的功能？
A:
根据我管理论坛和答疑的经验，恐怕都行不通
Q:
不然把很多精力浪费在反复回答一些初学者问题上划不来
群里很多高手老师，可以帮着回答初学者问题啊
/赞建议：为了sob尽快出书，一些初级问题可以由大家共同来解决
很期待sob的书/呲牙
初级问题的话，群里很多人都能回答的
A:
有>95%信心肯定能回答对的，积极回答，这样最好
liyuanhe给我减轻了不少答疑压力，他答疑我基本不需要再review一下
有些问题，看似初级、不难，但回答准确、完美并不容易，也考验真实水平。
Q:
嗯
A:
一些人随便就回答，到时候还得去纠正，反倒更麻烦
Q:
看了师妹带回来的初级班的讲义，觉得收获很多。但是是复印版的，再印就有点不清楚，所以特别期待老师的书
哈哈，到时候预定两本，一本用来平时学习参考，一本珍藏/呲牙
我现在做的基本偏物理。太化学的东西做不了。。。
老刘出书了？
当年跟我一个实验室的，他做密度泛函，我做模拟
恩，我知道
人家发的论文比我多[emoji]
A:
书和讲义内容差异甚巨
书的内容会尽量与培训内容降低重叠度，而起到在形式上互相补充的效果
Q:
关键就是sob老师没办法一个人做两个用/呲牙
国内量化普及，估计也就科音了
哦，看来手上这套复印版的讲义也要好好保存
关键就是别的靠谱的不多，国内目前讲量化编程的基本都是八十年代的
如果20岁的时候遇到科音这样的机构
可以少走很多弯路，少被人骗很多钱
理论的东西，是需要自己慢慢琢磨，不可能一下就会了。有时候老板跟我讨论一些他刚到有趣的问题，我意识自己不能把一些东西串起来，所以前段时间果断买了几本书，慢慢啃。另外一个人功底是否好，看其写的论文就可以了，功底好的人，论文不仅语言优美，而且文章讨论部分也很精彩。
这话我承认，我现在感觉我写的文章很菜
可以考虑买几本经典的书，慢慢啃。
有Ipad，看电子书很方便，感觉只版本太累了
而且自己懂的越多，给学生上课也会很精彩。
A:
[图片]
Q:
光看貌似还是参不透，得不停的做
A:
对
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2016.12.30 04:23:36
Q:
[图片]老师怎么测量这个π氢键的键长
A:
环中心加个虚原子，量一下就完了
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2016.12.30 04:37:30
Q:
静电势负--电子贡献---亲电？
OA:
被亲电基团攻击，发生亲电反应
Q:
如果这个分子作为主体，不就是亲和反应
OA:
是不是应该从被讨论的分子出发去谈发生什么反应呢？
Q:
这个分子不是作为攻击基团啊，是作为被攻击的
A:
讨论的是被打的分子
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2016.12.30 04:39:01
Q:
大博士，对于M06-2X-D3/6-311+G*算不懂的体系，可以把弥散去掉吗？体系的原子是BN和碱金属
A:
可以
这是对opt freq而言
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2016.12.30 05:17:28
Q:
老师，请问multiwfn能算MO-NICS吗？
A:
如果你是指把NICS分解成轨道贡献，不能
Q:
分解成canonical MO 用什么软件比较好？
A:
有个特殊版本的demon据说能实现，我没有
如果只是分解成sigma和pi而已，做NCS就完了
将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献
http://sobereva.com/145
做AICD的时候能选择考虑哪些MO轨道，也许后面给的磁屏蔽值只是考虑这些MO的，这样能顺便实现NICS的分解，但没经过充分检验
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2016.12.30 05:19:18
Q:
我想问下，算红外光谱这个关键字对吗# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) freq=anharmonic geom=connectivity
A:
如果你就是要做非谐振，正确
去掉 geom=connectivity再试
Q:
有时候有geom=connectivity关键词没有下边的一系列相关信息就出错
geom=connectivity和分子坐标下面冗余信息应同时存在或同时去除
A:
可以有连接关系但没有geom=connectivity（前提是后面没有其它额外需要读取的内容）
搞清楚高斯从末尾读取额外信息的“流”的思想就很容易理解了
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2016.12.30 05:30:25
Q:
真是服了，平时不学英语，临到要毕业了，东问西问，几个简单的语法问题折腾我一个晚上，平常自诩学渣还挺美，大博士对于懒人的吐槽真是太轻了，这样的人搞科研简直就是科研的不幸
A:
现在情形是，三教九流的都“搞科研”
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2016.12.30 06:01:43
Q:
之前没加freq=anharmonic算完的频率得校正完才能和文献里的一样，加freq=anharmonic后能直接得到校正完的吗
A:
那不叫得到校正完，而叫得到真实值
Q:
对对对，用理论值得到真实值@Sobereva
老师，如果用了非谐振关键词，是不可以直接得到真实值？@Sobereva
A:
能很接近真实值，当然不可能精确得到
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2016.12.30 06:33:00
Q:
[图片] 老师，外迭代得到的光谱值应该忽略吧
那对于A是谁减谁呢？
这里面的能量是只看绝对值吗？
如果是这样的话，那对于B，不是应该是B1-TS -A吗？是4.8
对于A最低的太不是应该是A2吗？
A:
仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
字号不得超过12，注意群规
什么叫光谱值
取博文里说的量就完了
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2016.12.30 07:25:34
Q:
[图片]
老师，请问这个错误怎么解决呀？谢谢您！
A:
输入文件后面多空几行
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2016.12.30 07:51:41
Q:
请问，什么叫反应轨迹反复穿越效应？其形成的原因是什么？百度不到。
为什么我看的国内的毕业论文在算氢转移反应时，就求一个经典过渡态下的能垒。从来不考虑质子运动零点能和隧穿效应？
A:
算氢转移的k的时候必须要考虑隧道效应校正
Q:
文章中的酶促反应，一般就是比较一下各步的能垒，得出决速步，没有人把它们转换成反应速率，这是否也是属于不严谨？
A:
看具体什么反应，氢转移应当考虑
Q:
老师，请问使用gaussian能进行遂穿效应校正吗？
A:
看此文相关讨论
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
这里面也可以把虚频填进去直接通过Wigner方法得到透射系数
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2016.12.30 18:13:09
Q:
问一下，各种光谱的频率校正因子有定值还是别的？
A:
基于谐振模型的振动光谱的频率校正因子都一样
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2016.12.30 18:27:48
Q:
我想问下就是用上“SCF=qc， SCF=intrep”这两个关键词为何算出来的能量是偏高的呢？[图片] 下面这个是还没用关键词的能量，[图片]，用开壳层方法处理后出来的能量反倒更高了，
[图片]
A:
甭用intrep
没特殊情况也甭用qc，容易收敛到非基态去
Q:
[图片]跑出的文件提示这个
然后就加了SCF=intrep 关键词
A:
你就写这个，写qc干嘛
Q:
刚开始是不收敛，所以写了SCF=qc
然后跑出来的这个
A:
不收敛用别的办法
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
不要轻易用qc
Q:
[图片]然后有的出现这个情况
A:
又耗时又危险
Q:
好的，谢谢老师
A:
所以说，不能迷信qc
Q:
[图片]像这种也是qc的原因么？
A:
显然啊，508模块就是qc
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2016.12.30 18:48:47
Q:
[图片]对一个开壳层分子做激发态优化，电荷设定为0，多重度和基态一样设为2，然后优化结果看自旋污染，再确定多重度，是这样理解Sob老师的意思么？
A:
y
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2016.12.30 19:01:22
Q:
高斯ADMP任务作业输入文件[图片]使用了赝势基组，计算无法进行[图片]
哪位大神帮我看看
A:
[图片]
多空两行
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2016.12.30 19:06:25
Q:
老师，请问L03出错，FormBX had a problem.是什么问题？
A:
opt里写cartesian
Q:
[图片]老师，请问这个算是能量振荡吗？溶剂效应L9999出错
A:
显然是
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2016.12.30 19:11:54
Q:
葫芦撤回了一条消息
A:
甭学他们，净是槽点
Q:
哈哈
A:
这篇我印象中看过
Q:
我还是撤回吧，否则有人看见不高兴了
那我想问下，就是这个体系的话，比较让心信服的水平，优化选什么？紫外可见吸收选什么？非线性光学性质选什么？sob老师能否详细指导下？
[图片] 这样体系
A:
这篇充分说明，别盲信勾儿、尖儿上的计算文章的计算级别
Q:
我个人觉得也有些不妥，但是也不确定比较让人信服的，SOB能否说说我刚才的问题？
A:
这种非专业期刊在计算角度的水平和JCTC、JCP、JCC、PCCP这样往往差得远
优化起码6-31G*
Q:
B3LYP没太大问题，是吧
A:
以现在的计算能力，这种体系第一超极化率计算，aug-cc-pVTZ(-f,-d)最合适
Q:
SOB老师，里面有金属Li或者Na等，如何处理？
A:
B3LYP很平庸，这种体系M06-2X、CAM-B3LYP、wB97为宜
没什么特殊性，用我说的基组足够
Q:
您的意思，金属和非金属原子都用相同的基组，是吗
A:
对
Q:
不管是优化还是光学性质的计算，是吗
A:
对
Q:
优化和紫外可见均用M06-2X/6-31G*或更大，第一超极化率计算M06-2X/aug-cc-pVTZ(-f,-d)，这样如何？
A:
M06-2X/6-31G*给优化和频率计算用，紫外可见也用aug-cc-pVTZ(-f,-d)
这体系在现在来看没多大，有个双路服务器没压力
Q:
了然，谢谢，那那些专门用来计算超极化率的基组，这里不必用？比如之前您和我说的几个计算超极化率比较好的基组
A:
aug-cc-pVTZ(-f,-d)就是很划算的算超极化率的基组
Q:
对了考虑溶剂效应计算用的基组更高，请问老师这样有没有可比性
A:
我经过专门大量测试筛选出来的神基组
Q:
一看就知道是吉大理化所的人做的，而且应该是吴迪他们做的
A:
这样会拉仇恨
Q:
我做非线性这么长时间，基本上国内外的分子团簇的非线性的文献都看过，各种各样的神计算都见过，有的时候真是觉得没信心
东师苏忠民他们算非线性竟有用6-31G*，你说我该怎么评价？
A:
用个代称也好
业界习俗是：夸人时候点名道姓，吐槽时候不点名道姓
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2016.12.30 19:22:39
Q:
[图片]老师，这也是溶剂l9999出错，请问又是什么问题呢？
A:
opt里写上noeigen
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2016.12.30 19:55:03
Q:
请问在298.15K下，气体1atm->1M浓度改变对应的自由能变为1.89kcal/mol这个数值跟溶质是离子还是中性的有关系吗
A:
无关
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2016.12.30 20:08:50
Q:
[图片]
请问老师，这是怎么回事？
A:
yes
Q:
[图片]如果是yes 就这样了？
谢谢老师您了
哦谢谢您请问是哪里出错了？
恩谢谢老师您然后改哪里啊？
[图片]
我想算模拟紫外光谱图
就是的哦谢谢老师
恩用优化后的构型计算 TD
还是不行不是空格的原因
老师，您能不能帮我看一下
请问这样改吗？
谢谢老师您
A:
甭写geom=check、guess=read
关键词能省则省
而且chk居然写成了gjf
Q:
老师，我再试一下谢谢
各位老师，还是不行，还是出错
谢谢老师您
A:
用我传的
初学者最优先应该记住的就是：不十分懂是干什么的关键词打死也不能写！
Q:
好的谢谢您这样就可以模拟 uv-vis光谱吗？
A:
y
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2016.12.30 20:42:40
Q:
老师好，我用高斯做NBO分析，泛函选取pbe0总是会报错，b3lyp可以正常计算。这是为什么呢？
A:
写PBE1PBE
昨天给的博文里说了
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2016.12.30 20:54:09
Q:
关于氢转移过程中的隧道效应的计算，哪本教材里有讲到呀？
A:
最简单的wigner校正把虚频值代进去就完了
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2016.12.30 20:55:35
Q:
sob老师，用gennbo计算产生的.nbo输出文件用什么免费软件可以得到很好的nbo轨道图？
A:
Multiwfn
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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2016.12.30 22:17:14
Q:
Extended huckel model 在gaussian 里怎么计算
A:
写huckel
Q:
关键词里直接写，是吧？
A:
y
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2016.12.30 22:23:05
Q:
请问sob老师，组双路服务器用联志9k的机箱可以吗？
A:
可
Q:
打车问一下，sob老师，主要用gromacs做模拟，需要什么水平的台式机呢？谢谢！
搭车
A:
什么机子都行
Q:
真的？不需要八核，16g以上内存吗？
GPU加速会明显
A:
越好跑得越快而已
对配置没下限
Q:
当然，韩信点兵，多多益善
谢谢！现在我们单位买电脑，服务器不用政采啦，哈哈哈，随便买。
好的，是不是像您做量化，配置需求才更高？
A:
都无下限
Q:
低也可以，只不过能跑的任务有限
用笔记本也能水文章，哈哈
是的
笔记本跑个post-HF的水分子还是可以的
算流体的密度泛函
我就水过[emoji]
或者热力学程序
好的，明白。是不是无论如何都模拟不了毫秒级的过程？
笔记本就够了
跑一个氨基酸说不定到了毫秒/偷笑
想学习一下您的成果，能发个pdf吗？
DPD都到不了毫秒级的把
都不好意思拿出来[emoji]
A:
shaw做过毫秒级的计算，一般人没那条件
Q:
我要做生物体系，现在毫无头绪。
A:
一般情况做到微秒就了不起了
Q:
就是自己做芯片那个大神吗？
A:
y
Q:
我只能ns
微秒一般要做好几个月吧。
sob老师已经是大神了，哈哈
A:
对于拼计算量的事没兴趣
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2016.12.30 22:51:51
Q:
计算激发态频率时，SCF从128圈出来提示不收敛[图片]可以加大SCF循环次数吗？
用SCF（qc）可以吗
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.12.30 23:19:26
Q:
计算小分子体积的时候，参数这样设置对吗？[图片]
看sob老师的博文中提到了这两个关键词，不知道该怎么用合适呢？
A:
这种小体系用multiwfn的定量分子表面分析功能来算，算得最准
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2016.12.30 23:26:29
Q:
请问金属元素含ecp的基组算紫外可见有没有问题，要不要用zora等标量的全电子基组算？
A:
没问题
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2016.12.30 23:46:44
Q:
哪位老师可以分享下刘文剑老师的BDF的下载地址，可能是学校的网络问题，刘老师的主页一直打不开
http://www.chem.pku.edu.cn/lwj/这是刘老师的个人主页
A:
BDF从来没允许公开下载过，你要用就找大刘要
如果只是做个DFT二、四分量相对论计算，用免费的Dirac多好
Q:
[图片]
看群规
[图片]zhelogo
老师，我想用BDF计算SOC
A:
用dirac啊！
不公开，明摆着就没想让别人用，不打招呼就用了，被发现肯定还可能被找碴
SOC用dalton、GAMESS-US、ADF等统统能算
Q:
嘿嘿，谢谢老师，之前用DALTON尝试计算SOC，一直出错，之前看文章有人用刘老师的BDF算过，所以想尝试一下，那我去了解下dirac
A:
非公开的程序手册都极烂甚至根本没有，就算通过什么途径真搞来了，也准保不会用，或者勉强算完了结果是错的
Q:
嗯嗯，谢谢老师
机场
大刘越来越厉害，应该能迫使他公开bdf
A:
不会的
Q:
/偷笑我是说我们写信迫使他公开
A:
根本不理你
Q:
/偷笑大博士也吐槽了
sob老师好像对BDF不怎么喜欢
A:
只是中立而已
不公开，到底什么样也不知道
反正dirac我很喜欢
Q:
嗯
/偷笑
国内应该也有不少人做量化程序吧。
闯出名堂的没几个
A:
往往改程序还不如自己写程序，老代码难读得很
Q:
sob老师写了没？
A:
综合性的只有BDF
Q:
/偷笑所以我在努力学fortran
A:
写了，DFT、HF、MP2、TDDFT、CIS都能做
Q:
/鼓掌
写个pothon的gpu的/呲牙
A:
有空再把CCSD(T)加进去
Q:
太厉害了
/赞
大博士的软件名称是什么
A:
Saint
Q:
圣徒
啥时候公开
希望速度能和orca
一样
群主厉害/赞
那就很厉害了
A:
待定，也许明年
会随着此文档一起公开
[图片]
Q:
嗯嗯
程序有多大
A:
什么意思？
Q:
老师：感觉如果可以让multiwfn同时批次输出cub文件，就更好了
A:
批量输出自己写个shell脚本就完了
不可能都加入，综合性大程序都有百万行级别的代码
Q:
能写到1万就已经不得了了。
加入极化率和超极化率计算
A:
开发大型量化程序没有team是没戏的
A:
连Multiwfn都有六万行
Q:
娃娃报名加入
sob老师招几个人/呲牙
计算的还有加速算法，也不是很容易的
能写出来不容易，优化更不容易
[表情]
A:
优化比写出来更难
Q:
大博士将成为超越微超的存在
是啊
果然是圣人
A:
诸如双电子积分变换公式都是小儿科，然而如果尽量节约内存、硬盘且尽可能高效地变换，学问大了
Q:
CCSD(T)应该很复杂吧
要能输出波函数文件，支持Multiwfn
A:
y
输出波函数文件都是小儿科的，现在就可以
Q:
[表情]
双电子积分是坑
到时开个讨论的论坛很重要
还没写到更高级的功能呢
A:
没必要花精力用在这上面，直接用libint、libcint就够了
有库能用就用库
Q:
sob老师用的什么
A:
libcint，也可以从GAMESS-US或高斯输出文件里读取双电子积分
Q:
嗯嗯
A:
科音的论坛上至少也有两个人写过自己的从头算程序
Q:
看来要做广泛的测试
(⊙o⊙)哇
/鼓掌
国内有扣扣，发展坑定比国外的好
社长这个程序是打算商业化还是开源呢
估计免费不开源
A:
不可能商业化
目的是教学用，以及之后做一些基于能量的波函数分析
教学文档都出来能不开源？
Q:
[表情][表情][表情]
[表情]福音
A:
国内急功近利，体制太烂，基本不可能团结起来力量搞大型量化程序这种费力不讨好的事
Q:
说不定sob老师能组织起来[表情]
科音可以主导
是的
[表情]
A:
没希望
Q:
大博士教主，千秋万世，一统江湖
到时候也做个国产的[表情]
不光科研，很多方面都是急功近利，不愿扎实做工作
A:
有钱才有人干活，有人干活才有大型程序
Q:
也不一定，热爱就有动力
而且需要很多钱
蛋生鸡，鸡生蛋的问题
现在能做软件的人工资都很高
大博士的软件基于哪个平台
情怀是好东西，但也得让人的收入和付出成正比
如果影响力进一步加强，可以寻求慈善家
天使投资？
A:
招来有能力写量化程序的人，年薪起码20万起步
不会拉投资什么的
Q:
[表情][表情][表情]
希望老师越做越大
最近有个土豪捐好多钱给国外了
[表情]博士期间努力学fortran
找王健林
A:
如果什么时候有shaw那种闲钱，届时再考虑组织力量写大型量化程序。否则没有动机
我很鄙视这样的
白给钱都不要
Q:
[表情][表情]
为啥fortran?听说python很流行现在
最适合科学计算
A:
python只能作为driver，计算密集型的代码必须C或fortran写
PyQuante就是这种模式
Q:
大型计算不好多都是fortran吗
A:
纯fortran没问题
VASP、高斯、GAMESS-US都是
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2016.12.30 23:51:40
Q:
The chemical character of the intermolecular bonds of seven phases of ice as revealed by ab initio calculation of electron densities. 还有这篇文献，谢谢
A:
求文献给链接，群共享里群规写着求文献的规矩
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2016.12.31 00:10:02
Q:
老师，我在用gaussian得到wfn文件时，再输入行增加了out=wfn,计算后提示写入wfn文件错误。想要得到wfn文件该怎么设置呢？
A:
末尾空一行写输出路径，看multiwfn手册第四章开头的例子
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2016.12.31 00:26:13
Q:
DBOC是什么
A:
你参加过的那届基础量化培训班的理论基础那一章开头提过
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2016.12.31 00:27:02
Q:
天河二号用的cpu听说是国产的。cpu不影响程序执行吧
A:
不是国产，太湖之光才是国产
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2016.12.31 00:29:41
Q:
向老师请教一下，linux下面的所有目录和子目录里面的某个文件用什么命令可以删除（比如vasp计算的WAVECAR）
A:
rm -rf
Q:
哦，命令行可以吗
A:
rm -rf后面当然要接目录名啊，显然不是直接用
Q:
这样是不是只能删除当前目录下的，子目录的也可以删除吗？
A:
能删
Q:
哦，好的，我试试，谢谢大家/赞
rm -fr 是只能删除文件夹和文件夹里的所有文件吧？不是删除目录和子目录下的某一个指定文件而其他的不删除吧？
A:
你要删指定文件就直接输入其路径不就完了
Q:
alias mv='rm -rf' 才叫作大死
玩过好几次，次次壮观
A:
这种命令拿虚拟机玩最好了，建个快照随便折腾
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2016.12.31 00:29:41
Q:
咨询一下，如果计算分子内H键，利用b3lyp的话，是不是需要加入色散矫正？谢谢指点。
A:
加了有益
Q:
偶，谢谢sob老师。是不是研究分子内或者分子间的，最好都加着这个色散？
A:
y
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2016.12.31 00:30:37
Q:
谁能推荐下学习fortran的方法或者好的教程？/呲牙
A:
看彭国伦的fortran书
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2016.12.31 00:39:02
Q:
[图片]为什么我6-31g*找的过渡态再用6-31g**找出现这个错误。我需要调这几个原子的角度吗？
A:
opt里写cartesian
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2016.12.31 00:41:28
Q:
老师:用Multiwfn生成cub文件时，只能输入一个轨道的编号，然后生成一个对应的Cub文件，感觉如果能批次处理，就更好了，老师您刚刚说可以写一个shell脚本。请问是否有对应的帖子呢，我想学习一下。谢谢！[表情]
A:
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
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2016.12.31 00:47:01
Q:
[图片]请问这是什么错误？键角扫描的结果
A:
bug，或者扫描的定义奇葩，和其它坐标耦合太强
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2016.12.31 00:55:10
Q:
[图片]老师，那个RDG分析中，电子密度小于0.005，属于范德华力。那大于0.005的属于什么作用？我通过AIM分析，没有找到氢键之类的。那大于0.005的区域是不是也可以认为属于范德华力？谢谢老师
A:
明显小于-0.005的，是静电吸引，明显大于0.005的是位阻
我总是强调千万别光看散点图，一定要和填色等值面图一起看
宁可不看散点图也不能光看散点图
RDG方式分析能展现出不存在BCP的弱相互作用，诸如一些分子内氢键
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2016.12.31 00:59:55
Q:
[图片]老师，如果我想做构象搜索的话，添加不同分子数搜出来的结构之间的能量有没有可比性。就比如说上图中一个有2个氧原子，一个有3个氧原子。
A:
没有可比性
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2016.12.31 01:03:02
Q:
sob 老师
在培训手册过渡态搜索部分第三页PPT中有讲共价键断裂生成自由基的反应不存在过渡态。
我理解这个过程只是能量上升的过程，没有鞍点，所以不存在过渡态，不知道这样理解对不对。
老师，请问有参考文献明确说的吗？
谢谢老师
A:
对
1+1=2这种问题不需要参考文献
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2016.12.31 01:06:49
Q:
[图片]老师，之前的填色图是这样的谢谢老师
老师，那这个是不是直接就是范德华作用了？
A:
有范德华作用，还有少量比范德华作用强一点的作用，即小于-0.01那些spike对应的区域
Q:
这些比较强的作用可以叫什么？
A:
根据体系结构特征来称呼，诸如该叫氢键的叫氢键，该叫sigma-hole作用的叫sigma-hole作用，等等
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2016.12.31 01:16:47
Q:
谁有谐振因子汇总表格，从计算化学公社上下的那个
我查了一下，红外光谱的校正因子有0.991/0.961，该用哪个？/撇嘴
A:
fundamental的
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2016.12.31 01:53:30
Q:
老师，这个报错是什么情况呢？
[图片]
哪里？
是hf？
A:
3-21G*
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2016.12.31 03:05:24
Q:
Sob老师我在做OPT优化的时候出现[图片]情况，这是输入开头[图片]请问是什么问题，怎么解决
A:
[图片]
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2016.12.31 04:44:05
Q:
（1）Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms （2） Mulliken charges 各位老师，我不理解二者的区别，请问一般取的原子电荷是（1）还是（2）
A:
2
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2016.12.31 04:46:45
Q:
[图片]老师，我想问您一下优化激发态一直出现L9999
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
优先尝试减小步长上限和gdiis
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2016.12.31 05:22:36
Q:
[图片]这是什么原因？
硬盘空间满了吧
OA:
df -h查一下硬盘占用
A:
[图片]
日经问题
Q:
哇⊙▽⊙
没想到除了L502还有这个
A:
还有IRC的重校正步不收敛、FormBX都是
还有l9999
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2016.12.31 05:35:12
Q:
问一下，我算核磁时用这个关键词怎么不对？# APFD/6-31g(d,p) NMR geom=allcheck guess=read
A:
字号不得超过12，看群共享里群规
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2016.12.31 06:23:10
Q:
the linear response formalism (LR-PCM) 这种溶剂化模型在高斯计算中如何输入？
A:
默认就是
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2016.12.31 06:43:56
Q:
算酶促反应某步的隧道效应，使用过渡态 freq 计算输出文件中的虚频，将它填入
[图片]里面，就得到了k?
A:
y
Q:
[表情]
A:
注意这是kappa，不是k
kappa是透射系数，k是速率常数
Q:
谢谢老师
[图片]是哪个？
按单分子算，还是按双分子算？
A:
看具体算什么，该是什么就是什么
Q:
就是质子从NADH上转移到底物上的C上。
A:
单分子
Q:
谢谢老师
还有一个透射因子，无法确定。
考虑反应轨迹反复穿越(recrossing)效应后的透射因子
修正的过渡态理论下的反应速率表达式为
[图片]
透射系数γ的获得较为困难, 需要进行实时的动力学计算[35,36]. 而过渡态理论的一个重要出发点就是在不需要进行实时动力学计算的基础上预测反应速率. 在经典过渡态理论中常取γ为1. 由于反应轨迹反复穿越(recrossing)效应, γ<1. 因此在经典近似下, 过渡态理论给出的速率值为真实速率的上限.
A:
用VTST结合隧道校正因子就完了
Q:
[表情]
A:
VTST已经通过恰当设定分界面而等效地尽可能解决了TST没有考虑的反复穿越的问题
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2016.12.31 06:55:32
Q:
aug-cc-pVTZ(-f,-d)有多大？与6-311g+(d,p)比大小如何？
A:
大多了
Q:
弥散和极化计算量都增加了
A:
[图片]
这是算几十个原子的DA体系第一超极化率的CPU时间，一比便知
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2016.12.31 07:07:43
Q:
各位老师好，gs固定优化得到了两个大的虚频，想消除掉第二个，保留第一个，怎么处理呢，谢谢！
@Sobereva
A:
没事甭固定，乱固定难免有虚频，有便有
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2016.12.31 07:27:59
Q:
老师两根键同时柔性扫描下面的输入文件怎么写？
A:
定义两次就完了
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2016.12.31 07:35:41
Q:
请教：使用Multiwfn分析两个原子连线的ELF时，如何将图中两个原子的位置的数值输出出来？谢谢！
[图片]
A:
用主功能1，直接输入比如a5，就会输出5号原子位置上各种实空间函数值
刚才理解错了。
横坐标长度就是原子间距离，加上[图片]这个值两倍，所以左边那个原子在图中是1.5Bohr处，右边是1.5再加上原子间距离（或者你用最右边的6.04减去1.5）
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2016.12.31 18:48:43
Q:
[图片]
请问这是什么错误啊
谢谢各位老师了
请问那用什么啊？
是的，因为我有过渡金属
请问写得命令有没有什么错误
好的谢谢老师您这里一个是输入文件一个是输出文件输出文件出现错误那我再改一下RO
我是算优化加频率想模拟这个过渡金属配合物和氧气配合的过程
好的谢谢老师、
不好意思刚才发错了这个是另一各模拟紫外光谱的不好意思
A:
去掉
geom=allcheck guess=read
合理的计算级别见
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354
Q:
各位老师，能不能帮我看一下这个写入文件哪里有错误啊，我运行不了
A:
[图片]把空行去掉
Q:
谢谢老师您了
我现在试一下
老师，还是不行
A:
问不行什么的统统把报错提示和关键词都贴出来
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2016.12.31 22:03:57
Q:
大家好，对过渡态做IRC时要不要opt呀？刚刚做过渡态，不是很懂
A:
当前先得优化到过渡态再说
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2016.12.31 22:58:30
Q:
[图片][图片][图片]
[图片]
这个怎么办呢？
A:
换E.01再试，还不行换方法换基组
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2016.12.31 23:49:03
Q:
[图片]sob老师，CDA输入文件，scf=xqc是什么意思？
A:
没特殊情况不用写xqc
看此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.01.01 00:06:06
Q:
请问Gaussian可以进行QM/MM计算吗
A:
可以以ONIOM形式做QMMM
一般形式的QMMM需要和其它程序挂着
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2017.01.01 00:06:06
Q:
ADF可以直接给出这样的能级图，请问gaussian计算的结果，如何实现这样的功能呢？
画出这样的能级图
A:
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
Q:
谢谢老师
不过我这体系有镧系元素，这样恐怕不行吧？
A:
怎么不行
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2017.01.01 00:55:00
Q:
[图片]，老师，您好，我算一个开壳层体系的TDDFT，这样写命令正确吗？
A:
自旋多重度大于1的开壳层体系没必要自己写U，更不需要写guess=mix
氢的弥散多余
而且基态是开壳层的体系，写singlets毫无意义
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2017.01.01 01:24:01
Q:
老师，想用原子电荷说明电子转移，就X...C1-C2而言，在X...C1键形成过程中：（1）电子由C1-C2间转移到X..C1间（2）电子由C2原子转移到C1/X原子。这两种描述是不是第（1）种比较合适？@Sobereva
A:
意义不明。你要说转移到某某间，靠原子电荷不好说明，应该作密度差图
Q:
那原子电荷能说明电子转移么
A:
能
Q:
我正在做原子电荷在IRC路径上的变化趋势图，看到的文献对原子电荷说明电子转移多是上述两种表达，您能否提供一个更为合理些的表达（仅仅是思路就可以）
A:
起码对其中某些结构绘制个密度差图，可以放补充材料里
原子电荷是以原子为主体来说事的，讨论原子间的电子密度分布特征，不作图说不清楚
Q:
好的老师
电子密度插图？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2017.01.01 02:30:23
Q:
请问b3lyp怎么解决冻芯错误.有没有类似mp2(full)的方法
A:
后HF才有冻核一说
Q:
# mp2(full)/gen int=dkh2 td=(nstates=20) scrf=(smd,solvent=water)
但是用mp2,又不能算TD
A:
这是瞎算，MP2哪能和TD一起用
要弄清楚基本原理
Q:
用b3lyp又会报冻芯错误
A:
你B3LYP和TD一起用，冻核是指的TDDFT这一步，full要写在TD里
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2017.01.01 03:30:46
Q:
sob老师，看到你关于cda和ecda的介绍，好像只说适合配合物，请问cda对其他化合物分子的mo能用吗？谢谢
A:
任何体系都行，博文里都有CO-BH3的例子
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2017.01.01 03:35:40
Q:
SOB，如果在隐式溶剂模型里计算的自由能是浓度是1M
那反应的delta_G(标准）如果用delta_G(标准）=-RTlnK(标准）那不就是0了？因为方程两边浓度都是1M （比如对于A+B=C）
那计算里算出来的deltaG怎么理解呢
A:
怎么会是0？
就按照博文里的做法算出来1M的A、B、C，然后相减，就得到溶液下标准态的反应自由能变，然后按式子算K就完了
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2017.01.01 04:07:31
Q:
[图片]
像这种f值很小的图，是不是也可以用
请问文献中tddft/soap怎么在高斯中实现呢
A:
没法实现
Q:
是要换其他程序么？还是研究人员自己编程，也查不到太多信息
A:
ADF、Dirac支持
没特殊情况甭用SAOP
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2017.01.01 04:37:17
Q:
请问老师，# opt td rb3lyp/6-311g(d,p)，Unable to match L and R vectors in BiOrth.这是什么原因导致的？该如何解决？
A:
程序bug
Q:
请问老师重新提交可以吗？
A:
没用
Q:
换个小一点的基组呢？
A:
没必然关系，虽然可以试
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2017.01.01 04:45:49
Q:
如果都是1M的话，平衡常数里所有物种浓度因为不都是1,k=1，因此-RTlnk不就是0了吗
A:
完全不是一码事
把A和B放在一起，会发生反应，达到平衡后，后A和B都比一开始都减少了，而出现了C，这里的K是指的此时的[C]/([A][B]）。这个K是多大，取决于A、B、C的自由能，是物质自身的性质，博文里算的就是这个。
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2017.01.01 05:52:29
Q:
sob老师，据说gaussian有一个功能是能级差距不大时固定电子占据，请问怎么做呢？
A:
没听说过
除非靠不同的不可约表示把初猜波函数“撑住”，否则只能用Q-Chem、GAMESS-US的MOM方法试图保持初猜占据
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2017.01.01 05:56:36
Q:
scf=fermi不是这个用途吗
A:
完全不是
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2017.01.01 06:06:33
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：4核8线程CPU是不是4个CPU，每个CPU是两个线程的意思？
A:
1个CPU四个核
Q:
是四个计算核心
核心间协作的效率明显高于多CPU主板
前辈您好！能不能问一下：核和线程是什么关系？
这主要涉及到英特尔的超线程技术
如果是操作系统的多线程那是另外一回事了
A:
核是对硬件来说的，进程和线程是对软件来说的
Q:
高频多核的CPU相当贵
低频的CPU科学计算不太行
A:
绝对不能一概而论
----------------------------------------------------
2017.01.01 06:06:33
Q:
sob前辈您好！我对gromacs一无所知，那么该如何学起，您的博文很多，该看那篇？
A:
1月的gromacs培训班报名了没？
Q:
是
A:
到时候仔细听课便可
Q:
希望提前学习一下，我的接受能力比较差
上课不一定能跟上
A:
系统性学习一遍之前乱看往往反倒麻烦
有闲时间非要想先看看可以看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)的3~7章
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2017.01.01 06:47:39
Q:
我也发错了。。
我是想问一下，oniom分层后，怎么设定体系自旋多重度呢？
A:
手册里写着定义格式
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2017.01.01 07:38:22
Q:
AIM中对于同类键，如Cu-N键，可以通过比较BCP处电子密度来判断键强，但不适合比较不同原子形成的键，如Cl-Cl和Br-Br，因为不同原子的电子密度不同。
那假如原本电子密度大的，其BCP处电子密度反而比电子密度小的原子形成的键的BCP的电子密度小，是否可以说明后者较强
例如Br-Br的BCP的电子密度小于Cl-Cl的BCP处的，是否可以说明Cl-Cl的更强？
但为何RDG分析就可以比较不同作用的强弱？
A:
反例肯定有
Q:
什么类型的作用强弱分析方法会和原子本身的电子密度相关？
就像Hrshfeld表面分析，可以用dnorm扣除范德华半径，因此相当于去除原子的电子密度的影响
而键能计算直接考虑结合能，所以也和原子本身的电子密度大小无关
那RDG呢？
A:
RDG对于使用promolecular近似时是直接依赖于原子密度的
Q:
所以有时看起来作用力强其实是原子的电子密度大？
A:
也不是。做RDG前体系一定要经过优化，如果是比如卤键体系，直接把Cl直接换成Br，那么仿佛强度会变得巨大。但经过优化后，由于Br本身半径大，卤键距离自发会拉远一些，就不会被高估了。
Q:
那也是
AIM也要基于优化构型吧？
A:
对
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2017.01.01 19:53:15
Q:
祝各位老师和同学新年快乐！2017年加油！
请问# opt td rb3lyp/6-311++g(d,p)，# opt td rb3lyp/6-311g(d,p)，两个计算都是以这个错误结束的Bad Start 1 in SizSh1，这个是什么原因导致的？
A:
哪个g09版本？
Q:
g09 b
A:
换E01
----------------------------------------------------
2017.01.01 22:35:28
Q:
亲们，请问想了解自旋密度和自旋布局的基础知识有没有讲的比较详细的资料啊
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
liyuanhe的一些吐槽文字经常令我看了解气
Q:
这个博文我都看了好多次了喔/笑哭我看有些文章用自旋布局解释磁性问题啥的，然后没理解这是为啥/骚扰
A:
正中liyuanhe文字的下怀
[图片]
Q:
好吧好吧
A:
[图片]
[图片]违规已记录
没读过群规的都仔细读群共享里的群规
今年群内肯定会满员，到时候优先处理档案中有前科的
Q:
秋后算账
A:
以下四文为群内新人必读
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
向“好吧”作为句子开头宣战！
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=334
----------------------------------------------------
2017.01.01 22:35:28
Q:
结构优化在气相下完成，什么意思不太懂？
A:
更确切来说不是气相，而是真空
Q:
# opt freq b3lyp/6-31g＊ (PCM，solvent=chloroform)这个意思吗
好的
我写的加scrf可以算NMR吧
好的
A:
核自旋-自旋耦合：NMR=spinspin
Q:
# b3lyp/6-311+g(2d,p) scrf(PCM,solvent=chloroform)
算完在gaussview的results里怎么没有NMR
A:
字号居然又改大了
大字号一律不回复
Q:
不好意思老师
# b3lyp/6-311+g(2d,p) scrf(PCM,solvent=chloroform)
算完在gaussview的results里怎么没有NMR？
A:
没写NMR当然不算NMR
Q:
哦哦
知道了，老师
谢谢
# nmr=giao b3lyp/6-311+g(2d,p) scrf(TMS,solvent=chloroform) geom=connectivity
老师，这个怎么还不对/难过
[图片]
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829&page=1&extra=#pid37144
[图片]刚写完
A:
TMS又不是关键词，不报错才怪，仔细看手册
----------------------------------------------------
2017.01.02 02:04:47
Q:
请问gaussian有哪些适合含有镧系离子的半经验方法，或者分子立场？
A:
没有
Q:
uff也不行？
A:
能不报错，但说适合差远了
----------------------------------------------------
2017.01.02 02:13:57
Q:
各位老师能不能帮我推荐一款服务器，四万以内的，我对服务器不是很懂，谢谢大家了/握手/握手/握手
A:
看此板块的讨论http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=61
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2017.01.02 05:08:07
Q:
大博士，int=acc2e=12和int=ultrafine都是增加积分的格点精度的吗？
A:
后者是。前者管的是双电子积分，因此不仅影响DFT。前者一般没必要用，除非用了弥散函数极多的基组
Q:
大博士，那算超极化率的时候，为了横向比较，前者如果用了，其他的都要也加上吗？
A:
是的
尤其是对第三周期的原子，影响可能很大
印象中算H2S，用不用这个差老远
Q:
/鼓掌感谢大博士
/鼓掌
A:
最主要的影响其实是int=ultrafine增加CPHF过程的格点，CPHF用的默认格点是coarse挺糙的
Q:
我现在算一系列体系的Gamma
体系不小，def2-TZVPD算不动，勉强降到了def2-SVPD
A:
一下数据可以参考，某有机体系的结果，如果你觉得int=ultrafine和fine的差异可以接受那也不是必须统一。
g09默认是SCF用fine，CPHF用coarse。int=ultrafine则是SCF用ultrafine，CPHF用SG1
[图片]
gamma用def2-SVPD[图片]...小体系没法用，大体系姑且凑合一下，大体系没小体系对基组那么敏感
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2017.01.02 05:24:06
Q:
请问Sob老师，我的碳基吸附剂吸附铅结构优化算了一天，现在一直停在l1002，体系一共50原子
恩恩
A:
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
起码把关键词列出来
计算级别不一样
Q:
#p opt=(calcfc,noeigen) b3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity
老师这个是我的关键词
Pb使用的基组是SDD
#p opt=(calcfc,noeigen) b3lyp/genecp geom=connectivity
A:
去掉calcfc，明显卡在计算很耗时的Hessian上
去掉弥散能使耗时降低甚巨
noeigen此处完全多余
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2017.01.02 05:30:55
Q:
请问sob老师，mPW2PLYP-D属于哪类方法？G09不支持td mPW2PLYP-D是吗？@Sobereva
A:
双杂化
目前只有ORCA才支持双杂化泛函的TDDFT
Q:
好的谢谢老师，那就是跟B2PLYP-D3差不多级别是吗？
A:
mPW2PLYP比B2PLYP本身好一丁点，都结合D3时，应当也比B2PLYP-D3强一点
但由于B2PLYP知名度太高，后来提出的mPW2PLYP的优势不明显，之后又有明显更好的双杂化泛函，所以没多少人用这个
Q:
嗯嗯好的老师，我看到文献有用到mPW2PLYP-D方法的，所以想问问您。那g09中也有mPW2PLYP-D3方法是吗？使用的时候直接使用mPW2PLYPD3就可以吗？
A:
“有没有”种问题一看手册就知道
“有没有”这种问题一看手册就知道
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