计算化学公社

标题: 计算COF孔洞自由体积，可以以水分子作为探针吗 [打印本页]

作者
Author: Lisy 时间: 2025-6-18 11:48
标题: 计算COF孔洞自由体积，可以以水分子作为探针吗
请问Multiwfn计算COF孔洞自由体积，可以以水分子作为探针吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 06:27
认真看下文的原理介绍。根本不牵扯探针的概念
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539（http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html）
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
http://sobereva.com/617（http://bbs.keinsci.com/thread-25241-1-1.html）

作者
Author: Lisy 时间: 2025-6-19 12:00

sobereva 发表于 2025-6-19 06:27
认真看下文的原理介绍。根本不牵扯探针的概念
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区 ...

谢谢卢老师，我看您的讲义说gromacs计算自由体积的时候可以设置探测球半径1.4埃来代表水，请问用gromacs统计自由体积的方法和用Multiwfn区别会很大吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 14:19

Lisy 发表于 2025-6-19 12:00
谢谢卢老师，我看您的讲义说gromacs计算自由体积的时候可以设置探测球半径1.4埃来代表水，请问用gromacs ...

实际结果差别大不大取决于gromacs里探针半径，以及Multiwfn里相关参数设置，可以调得数值差不多，差异也可以大。Multiwfn计算自由体积不牵扯到探针大小问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)