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标题: GROMACS:Topology include file "MOL.prm" not found [打印本页]

作者
Author: 小老弟 时间: 2025-6-18 13:08
标题: GROMACS:Topology include file "MOL.prm" not found
我在按照教程（http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/04_ions.html）学习蛋白-配体分子对接，但在运行gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr行时总是报错Fatal error:Topology include file "MOL.prm" not found。我尝试使用Sobtop+amber14sb力场或者CGenFF+charmm36力场都会报错这个，但无论时Sobtop还是最新版的CGenFF都不会生成.prm文件呀，请问该怎么解决呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-6-18 14:28
看topology写include什么。

那教程很老了，作者自己也在gromacs论坛说过有些过时的。用的是他自己的脚本转换topology。

作者
Author: 小老弟 时间: 2025-6-18 15:16

student0618 发表于 2025-6-18 14:28
看topology写include什么。

那教程很老了，作者自己也在gromacs论坛说过有些过时的。用的是他自己的脚本 ...

十分感谢您的回答。我是刚刚接触这个方向，请问您所说的看topology写include什么时在哪里看呢？新的教程该去哪里找呢？我找了好多教程或者视频，都是和那个教程差不多

作者
Author: student0618 时间: 2025-6-18 15:22

小老弟发表于 2025-6-18 15:16
十分感谢您的回答。我是刚刚接触这个方向，请问您所说的看topology写include什么时在哪里看呢？新的教程 ...

根据一楼的command，grompp读的是topol.top。这文件长怎样？

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-18 15:52
上传一下你的topol.top文件，看看里面这一部分是怎么写的

作者
Author: 小老弟 时间: 2025-6-18 15:54
本帖最后由小老弟于 2025-6-18 15:55 编辑

student0618 发表于 2025-6-18 15:22
根据一楼的command，grompp读的是topol.top。这文件长怎样？

以下是按照教程生成的topol.top文件，里面按照教程添加了 ; Include ligand topology #include "jz4.itp" 和 ; Include ligand parameters #include "jz4.prm"，确实这两个文件在最新版的CGenFF中并不提供，最新版的CGenFF只提供如图所示文件

;
;       File 'topol.top' was generated
;       By user: zhanga (1024)
;       On host: 47
;       At date: Wed Jun 18 11:57:29 2025
;
;       This is a standalone topology file
;
;       Created by:
;                         :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2025.2 (-:
;
;       Executable: /public0/zhangao/biosoft/gromacs-2025.2/bin/gmx
;       Data prefix:  /public0/zhangao/biosoft/gromacs-2025.2
;       Working dir:  /public0/zhangao/Molecular_dynamics/20250530_test/proteins/fina
;       Command line:
;       gmx pdb2gmx -f final.pdb -o protein_processed.gro -ter -ignh
;       Force field was read from the standard GROMACS share directory.
;

; Include forcefield parameters
#include "charmm36.ff/forcefield.itp"

; Include ligand parameters
#include "MOL.prm"

[ moleculetype ]
; Name          nrexcl
Protein_chain_A    3
。。。。。。省略各原子数据。。。。。
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include ligand topology
#include "MOL.itp"

; Include water topology
#include "charmm36.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

; Include topology for ions
#include "charmm36.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound       #mols
Protein_chain_A    1
MOL                1
SOL          22068

作者
Author: 小老弟 时间: 2025-6-18 15:57

Eianghuan 发表于 2025-6-18 15:52
上传一下你的topol.top文件，看看里面这一部分是怎么写的

我刚刚尝试了删除添加了那两个语句但还是会报错，ERROR 1 [file topol.top, line 75829]:
No such moleculetype MOL

There was 1 NOTE

-------------------------------------------------------
Program: gmx grompp, version 2025.2
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp (line 2737)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-18 17:08

小老弟发表于 2025-6-18 15:57
我刚刚尝试了删除添加了那两个语句但还是会报错，ERROR 1 [file topol.top, line 75829]:
No such mol ...

有两个及以上的溶质分子，要把第二个溶质分子的itp文件进行修改，MOL.itp中的atomtype这一部分全部剪切走，粘贴到蛋白质itp文件的atomtype下面，把重复的原子定义删除，atomtype这个标题也只能留一个，应该能解决这个问题

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 06:06
看那个教程完全是绕弯路。
直接用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生GAFF力场结合RESP电荷的配体的拓扑文件，同时结合AMBER力场描述蛋白质，是算蛋白质-配体复合物最好的选择，也是极为主流的做法。

PS：有条件的话，十分推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统性学习一遍，比网上搜罗乱七八糟还净是误人子弟的教程，在学习效果和学习效率上好至少100倍，完全避免类似当前情况这种无意义地踩坑白耽误工夫。

作者
Author: 小老弟 时间: 2025-6-19 11:19

Eianghuan 发表于 2025-6-18 17:08
有两个及以上的溶质分子，要把第二个溶质分子的itp文件进行修改，MOL.itp中的atomtype这一部分全部剪切走 ...

谢谢您的解答！

作者
Author: 小老弟 时间: 2025-6-19 11:19

sobereva 发表于 2025-6-19 06:06
看那个教程完全是绕弯路。
直接用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生GAFF力场结合RESP电荷的配体的拓扑 ...

谢谢老师！

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