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标题: GROMACS分子动力学模拟中途断跑报错原因求解？ [打印本页]

作者
Author: ccccccc666 时间: 2025-6-18 15:03
标题: GROMACS分子动力学模拟中途断跑报错原因求解？
小白请教各位老师，分子动力学模拟过程中gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu -v这一步动力学模拟中途出现以下报错，是什么原因？

体系构建如下：
定义模型盒子和加水
gmx editconf -f complex.gro -o complex_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic

solvate 调用溶剂模块向容器中填充水
gmx solvate -cp complex_newbox.gro -cs spc216.gro -o complex_newbox.gro -p topol.top

生物体系建模
1、添加离子
gmx grompp -f ions.mdp -c complex_newbox.gro -r complex_newbox.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 6
gmx genion -s ions.tpr -o complex_newbox.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
选择溶剂分子，15，回车

2、体系能量最小化
gmx grompp -f minim.mdp -c complex_newbox.gro -r complex_newbox.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 6
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg
输入：10 0，来选择势能

3、NVT温度平衡
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -maxwarn 6
gmx mdrun -deffnm nvt
gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg
输入：16 0，来选择温度
dit xvg_show -f temperature.xvg

4、NPT压力平衡
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 6
gmx mdrun -deffnm npt
压力分析：
gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg
输入：18 0，来选择压力
dit xvg_show -f pressure.xvg

5、密度分析
gmx energy -f npt.edr -o density.xvg
输入：24 0，来选择密度
dit xvg_show -f density.xvg

作者
Author: student0618 时间: 2025-6-18 15:24
查看轨迹是哪分子出问题。

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-18 15:51
可能是结构不稳定了，可以试试延长能量最小化和nvt，npt平衡的时间，让体系能量充分降低

作者
Author: ccccccc666 时间: 2025-6-18 16:50
标题: Gromacs分子动力学模拟异常结果求解？
(, 下载次数 Times of downloads: 39) (, 下载次数 Times of downloads: 39) (, 下载次数 Times of downloads: 41) (, 下载次数 Times of downloads: 40)
各位大佬，这个gromacs分析结果是不是异常呀？动力学模拟过程中出现图1报错，但是当时没有管直接续跑了，最后分析结果就是这样求解？
脚本如下：
定义模型盒子和加水
gmx editconf -f complex.gro -o complex_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic

solvate 调用溶剂模块向容器中填充水
gmx solvate -cp complex_newbox.gro -cs spc216.gro -o complex_newbox.gro -p topol.top

生物体系建模
1、添加离子
##ions.mdp为配置文件，在文末下载
gmx grompp -f ions.mdp -c complex_newbox.gro -r complex_newbox.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 1
gmx genion -s ions.tpr -o complex_newbox.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
选择溶剂分子，15，回车

2、体系能量最小化
##minim.mdp为配置文件，在文末下载
gmx grompp -f minim.mdp -c complex_newbox.gro -r complex_newbox.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg
输入：10 0，来选择势能
###生成能量优化图谱

可视化
pip install DuIvyTools
#xvg可视化
dit xvg_show -f potential.xvg

3、NVT温度平衡
##nvt.mdp为配置文件，在文末下载
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm nvt
gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg
输入：16 0，来选择温度
dit xvg_show -f temperature.xvg

4、NPT压力平衡
##npt.mdp为配置文件，在文末下载
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm npt
压力分析：
gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg
输入：18 0，来选择压力
dit xvg_show -f pressure.xvg

5、密度分析
gmx energy -f npt.edr -o density.xvg
输入：24 0，来选择密度
dit xvg_show -f density.xvg

6.动力学模拟
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu -v
下游分析：
1、去除平衡转动，并将体系控制在盒子中心，避免出现跨盒子现象。
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_50ns.xtc -b 0 -e 50000 -pbc mol -center
选17,0

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o center.pdb -dt 1000
选17

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o fit.xtc -fit rot+trans
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1_50ns.xtc -o fit.xtc -fit rot+trans
选择17,0

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f fit.xtc -o fit.pdb -dt 1000
选择17

2、计算RMSD
gmx rms -s md_0_1.tpr -f fit.xtc -o rmsd.xvg -tu ns
分析RMSD，先选1，蛋白质骨架，随后13，小分子
dit xvg_show -f rmsd.xvg

3、计算RMSF
gmx rmsf -s md_0_1.tpr -f fit.xtc -o rmsf.xvg
选择1，蛋白质分析氨基酸活跃度
dit xvg_show -f rmsf.xvg

4、计算回旋半径
gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f fit.xtc -o gyrate.xvg
选择17
dit xvg_show -f gyrate.xvg

作者
Author: ccccccc666 时间: 2025-6-18 17:01
能量最小化的可视图是这样的，是不是存在问题？

作者
Author: student0618 时间: 2025-6-18 19:10
先用例如VMD看轨迹。

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-6-19 00:48

ccccccc666 发表于 2025-6-18 17:01
能量最小化的可视图是这样的，是不是存在问题？

输出信息很明白的告诉你7444-7445原子有问题，先查看整体轨迹和输出信息提到的原子吧

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 06:31
老生常谈的问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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