计算化学公社

标题: 扩散系数计算的结果 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2017-3-27 16:00
标题: 扩散系数计算的结果
请教，我在用cpptraj的diffusion函数做完求体系的扩散系数求解之后，得到的文件怎么读取扩散系数。
按照手册上写的应该是红色部分的数值，但是横坐标代表的是什么我没弄明白，我该读取哪个数值？谢谢！

@with g0
@  xaxis label "Set"
@  yaxis label ""
@  legend 0.2, 0.995
@  legend char size 0.60
@  s0 legend "Diff_00001[D]"
@target G0.S0
@type xy
1.000    12.9555
2.000    12.5083
3.000    12.9157
4.000    13.4426
@  s1 legend "Diff_00001[Slope]"
@target G0.S1
@type xy
1.000    7.7733
2.000    2.5017
3.000    2.5831
4.000    2.6885
@  s2 legend "Diff_00001[Intercept]"
@target G0.S2
@type xy
1.000    -1.6060
2.000    2.0305
3.000    19.9999
4.000    -23.6364
@  s3 legend "Diff_00001[Corr]"
@target G0.S3
@type xy
1.000    0.9999
2.000    0.9998
3.000    0.9985
4.000    0.9991
@  s4 legend "Diff_00001[Label]"
@target G0.S4
@type xy
1.000 Diff_00001_AvgDr
2.000 Diff_00001_AvgDx

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-27 19:43
这个功能我很多年没用不知道现在版本的情况，你可以跑个SPC/E水盒子，和实验值对比：2.29*10^-5 cm2 s-1，结合手册看看怎么能基本对上就知道了。常用的SPC/E实际模拟结果比这个值大10%~15%。

作者
Author: agent99 时间: 2017-3-28 00:19
就是那4个红色的数。2到4分别是x y z方向的扩散系数，1是2-4的平均值，也就是总的扩散系数

作者
Author: alystone 时间: 2017-3-28 09:53

sobereva 发表于 2017-3-27 19:43
这个功能我很多年没用不知道现在版本的情况，你可以跑个SPC/E水盒子，和实验值对比：2.29*10^-5 cm2 s-1， ...

好的，谢谢sob老师。

作者
Author: alystone 时间: 2017-3-28 09:57

agent99 发表于 2017-3-28 00:19
就是那4个红色的数。2到4分别是x y z方向的扩散系数，1是2-4的平均值，也就是总的扩散系数

谢谢解答。但是我跑了一个SPC/E水盒子，这个功能给我的D值是4.5左右，我检查了一下过程又找不出原因，密度也正常，说明参数是对的。帧间隔时间输入也正常。请问可能出现这个的原因在哪。

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