计算化学公社

标题: 至强E7工程测试版能不能用？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-30 16:18
标题: 至强E7工程测试版能不能用？
想配个高配置的计算机，运算200个原子左右的大分子，可能需要用到双路至强E7（8-10核，16-20线程单核）处理器看着很诱人，正式版太贵太贵，网上有配置工程测试版CPU的，请问有网友用过这些U算东西吗？靠谱不靠谱？机器可靠性咋样？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-30 16:38
E7虽然也有双路的，但主要还是面向四、八路，E5的选择余地大得多。
Intel的工程版可以用，10年多前用P4 XEON ES双路就感觉挺好。

作者
Author: zhanfei 时间: 2014-12-30 17:55
配es机器，在淘宝上不大放心，又没有其他途径

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-30 22:45
今天逛淘宝才知道e7是4路。各位，高斯软件，是核心数目重要还是主频重要？一般多少核心最合适？

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-30 22:50

zhanfei 发表于 2014-12-30 17:55
配es机器，在淘宝上不大放心，又没有其他途径

淘宝上买零件自己装吧，我上个机子就自己装的，花了两万多，不太懂一直追求核心数目，买的AMD CPU. 虽然也能用，但总感觉木有发挥最大效能。240个原子，32核，50g内存，6-31g要优化至少一周。还不考虑溶剂效应。现在算频率，更慢了。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-31 05:36
频率是关键。特别是Gaussian这种本来并行效率就低的程序，如果用AMD，必须>=两倍Intel的核心数目时理论浮点性能才顶同频intel的，此时Gaussian并行效率已经烂得一塌糊涂了，功耗还大。对于偏重浮点运算的计算化学AMD根本没法用。

240个原子的情况，强烈推荐先用PM7预优化，然后用ORCA在RI-BLYP/def2SV(P)下面做，比Gaussian快一个数量级以上。

ES CPU本身出问题的几率比起其它部件更低，基本都保几个月。只要其它配件不是工包、二手的，这期间CPU计算过程没出什么异常的话，那么机子就能放心用下去，如果有异常找商家再换个其它型号或步进的。

对于Gaussian，高频的2*8核比较划算

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-31 08:19
sob,ri-blyp/def2sv(p) 如果算吉布斯自由能变化，加什么语句？opt freq吗？这个机组相当于高斯下什么机组呢？谢谢

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-31 08:25
对应高斯opt freq b3lyp/6-31g*的基组，在orca里应该如何写呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-31 09:27
orca里就写blyp def2-SV(P) def2-SVP/J opt freq就行了
def2和pople基组的对应关系在此帖回帖里写了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=536
不建议在orca里用6-31G*，orca快就快在用了密度拟合（RI），但对于6-31G*没有标准对应的密度拟合基组。RI、orca在此帖中有很详细的讨论，输入例子也有很多：
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
不过，对于你的问题，用不着像此帖里那样用gCP、D3关键词。

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-31 10:09
用了blyp def2-SV(P) def2-SVP/J pal4 opt freq总是报错，“orca finished by error termination in ORCA_GTOInt”, 分子结构已经是用b3lyp/6-31G优化好的了。是不是对于多原子体系，需要加额外的字符呢？（240个原子，包含C,O,H,Si,Ca,Mg）,谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-31 12:06

lao7 发表于 2014-12-31 10:09
用了blyp def2-SV(P) def2-SVP/J pal4 opt freq总是报错，“orca finished by error termination in ORCA_G ...

你先试试串行运算能否正确执行。并且仔细看看输出哪里有误
关键词和原子数无关

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-31 12:47
一个核能算，4个核心不能算（4核心的是i5，4G内存计算机）
我换台带Swap的电脑，32个核心也能算，把我64G内存吃完，即使给每个核心分配1.2G，也巨吃Swap！我觉得Orca对内存的控制不太好，吃完分配的，还要吃额外的。我觉得可能是Orca使用内存的问题。我再试试吧，以前也碰到类似的问题。
现在理论上平均每个核心最多2G内存，分给每个核心1.2G也是卡的要死，再分分试试800M吧，再卡就无语了！
谢谢！找出具体问题再汇报一次，以免其他人碰到其他问题。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)