计算化学公社

标题: 高斯g_write报错 [打印本页]
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-19 14:20
标题: 高斯g_write报错
情况：同一个高斯输入文件，在自己的电脑上面可以运行，但是在实验室电脑上面就会出现如下的 g_write报错，换成计算H2的报错提示也是下面的，同时不会生成chk文件，换了好几个新的输入文件也是立马弹出下面的报错
%nprocshared=32
Will use up to   32 processors via shared memory.
%mem=50GB
%chk=F:\1\Cu\optimiazation\Cu4.chk
g_write
问题：是硬盘内存满了吗，如下图的原因
(, 下载次数 Times of downloads: 197)
我用的是window版本的高斯，请问如何删除rwf文件呢，直接打开Gaussian16W所在文件夹里面搜索rwf吗，请求大佬的帮助，十分感谢

作者
Author: sobereva    时间: 2025-6-19 14:29
你先确保F:\1\Cu\optimiazation\目录确实存在。不存在的话显然不可能在里面产生新文件
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-19 14:41
好滴，谢谢社长，刚刚又试了一下如下面所示：
%nprocshared=32
Will use up to   32 processors via shared memory.
%mem=50GB
%chk=F:\dtt\Cu4.chk
g_write

(, 下载次数 Times of downloads: 179) (, 下载次数 Times of downloads: 188)
作者
Author: snljty2    时间: 2025-6-19 15:31
Danggui 发表于 2025-6-19 14:41
好滴，谢谢社长，刚刚又试了一下如下面所示：
%nprocshared=32
Will use up to   32 processors via sha ...

先参考一下 http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html。这里写NoEigenTest也无意义。
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-19 15:53
本帖最后由 Danggui 于 2025-6-19 15:55 编辑
snljty2 发表于 2025-6-19 15:31
先参考一下 http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html。这里写NoEigenTest也无意义。

谢谢，刚刚看了您推荐的这篇帖子学习到了新的知识。但我之前是觉得我想跑重金属选择体系会出现问题所以我还再来回换基组之后一直报错一下午的时间后，在晚上重新算了之前学习的时候计算成功的H2也是出现了下面所示的加粗报错提示，想问一下这种情况该如何解决呢（这种情况会不会是软件的问题呢？）
%nprocshared=32
Will use up to   32 processors via shared memory.
%mem=50GB
%chk=F:\1\Cu\optimiazation\Cu4.chk
g_write
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-6-19 16:23
键盘上同时按Win+R这两个按键，然后输入cmd三个字母，按确定，出现命令行对话框，依次输入以下三行命令
echo %TMP%
echo %TMPDIR%
echo %GAUSS_SCRDIR%
然后展示运行结果（不要凭记忆手敲，用复制贴贴或者截图展示）
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-19 19:25
本帖最后由 Danggui 于 2025-6-19 19:27 编辑
zjxitcc 发表于 2025-6-19 16:23
键盘上同时按Win+R这两个按键，然后输入cmd三个字母，按确定，出现命令行对话框，依次输入以下三行命令
ec ...
[img][/img]
试了，结果如下（我的等级好像不能再发照片了），请问这能看出什么吗，输入完指令后只剩黑色了，下面是粘贴的全部有文字显示的结果：
Microsoft Windows [版本 10.0.19045.5854]
(c) Microsoft Corporation。保留所有权利。

C:\Users\PC>echo %TMP%
C:\Users\PC\AppData\Local\Temp

C:\Users\PC>echo %TMPDIR%
%TMPDIR%

C:\Users\PC>echo %GAUSS_SCRDIR%
%GAUSS_SCRDIR%

C:\Users\PC>

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-6-19 19:47
Danggui 发表于 2025-6-19 19:25
[/img]
试了，结果如下（我的等级好像不能再发照片了），请问这能看出什么吗，输入完指令后只剩黑色了，下 ...

幻灯片里提到的%GAUSS_SCRDIR%环境变量明摆着没设置嘛，不过这也不奇怪，毕竟不是所有Gaussian安装教程都会提这点。
类似上面的操作，同时按win+R两个按键，输入g16w并按回车打开Windows版Gaussian的图形界面，再同时按ctrl+P两个按键打开Gaussian Preferences窗口，看到的Bin Path、Scratch Path、Output Path、Input Path四个选项又是什么内容？请逐个复制粘贴结果。

此外，如果方便的话可以把输入文件本身也作为帖子附件上传一下，有可能除了楼上已经提到的PBE0泛函的关键词写法外还有其他问题。
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-6-19 20:24
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-6-19 20:26 编辑
Danggui 发表于 2025-6-19 19:25
[/img]
试了，结果如下（我的等级好像不能再发照片了），请问这能看出什么吗，输入完指令后只剩黑色了，下 ...

g_write是硬盘满了，或者是Gaussian临时文件所在的某个硬盘分区满了，与内存无关。上述3条命令是查看临时文件路径。你已经展示了运行结果，综合起来看，这说明你在Gaussian图形界面的Scratch Path没设置 或 没设置为真实存在且合理的路径（见8L的回答 如何打开Gaussian图形界面查看相关路径）。另外，如果你待会要更改Scratch Path，最好是指向一个比较空的硬盘，并且有写入权限的，最好是不要指向C盘的某个路径。
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-6-19 20:31
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-6-20 01:01 编辑

楼主给我私信了输入输出文件，从输出文件第一行Entering Link 1 = E:\software\gaussian\G16W\l1.exe PID=     12680.可以看到Gaussian的实际安装路径。此时应当检查E盘整体还有多少空余空间，安装路径E:\software\gaussian\G16W内是否有Scratch文件夹，该文件夹内是否有名叫"Gau-[一串数字].[后缀]"的文件；如有，请先确认当前电脑上没有跑其他的Gaussian任务，然后再删除这些文件。

编辑：至于计算本身，从输入文件看楼主应该是想优化一个Cu2+与EDTA的络合物。但初始结构里有俩碳原子不符合sp3杂化的正常键角，羧基的去质子化状态与净电荷不符，而且关键词也写得不好。从文献里找到[Cu(EDTA)]2-的合理初始结构，在PBE0-D3(BJ)/def2-SVP级别下结合隐式溶剂模型表现水环境优化的输入输出文件如下所示，注意带了D3色散校正。
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
实际上即使是几何优化，此处的def2-SVP基组也有提升空间，如能给N与O用带弥散函数但非内置的ma-def2-TZVP、其他用def2-TZVP会更加理想。
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-20 13:36
本帖最后由 Danggui 于 2025-6-20 13:39 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-19 20:31
楼主给我私信了输入输出文件，从输出文件第一行Entering Link 1 = E:\software\gaussian\G16W\l1.exe PID=  ...

一、不好意思昨天忘记把您提到的输入结果展示了（还是不能上传照片）
1.cmd结果展示，以下是CMD的全部展示了，后面还是空白的
Microsoft Windows [版本 10.0.19045.5854]
(c) Microsoft Corporation。保留所有权利。

C:\Users\PC>echo %software\gaussian\G16W%
%software\gaussian\G16W%

C:\Users\PC>echo %D:\gaussian 16W for scratch%
%D:\gaussian 16W for scratch%

C:\Users\PC>echo %E:\software\gaussian\G16W%
%E:\software\gaussian\G16W%

C:\Users\PC>echo %E:\software\gaussian\G16W%
%E:\software\gaussian\G16W%

C:\Users\PC>
2.Prefences:
ASCLL Editor:NOTEPAD.EXE
Bin Path:E:\software\gaussian\G16W
Scratch Path:E:\software\gaussian\G16W
Output Path:E:\software\gaussian\G16W
Input Path:E:\software\gaussian\G16W
3.E:\software\gaussian\G16W有Scratch文件夹，但是里面是空的
二、对于编辑：我是看了一位南航的老师关于定向去除Cu(ii)EDTA的论文，在网上搜索了Cu(II)EDTA的结构式直接建模的，其中应该还有两个Na但是由于没有想好怎么放还是直接不放，目前是想尝试跑一下他的论文但是目前一直不知道该如何编写，非常感谢博主大大的建议，我将马上尝试！
对于软件这块请问博主大大应该如何进行修改还是直接重新安装
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-6-20 14:32
Danggui 发表于 2025-6-20 13:36
一、不好意思昨天忘记把您提到的输入结果展示了（还是不能上传照片）
1.cmd结果展示，以下是CMD的全部展 ...

第1点的操作莫名其妙、没有意义，我不知道是上面哪句话被理解成这样了；在命令行(Command Prompt, cmd)里这样执行echo命令得到“后面还是空白”的结果毫不意外。
第2点的输出倒是符合我Gaussian安装于E盘、读写临时文件的Scratch Path也放在E盘的推断，但是最重要的“检查E盘整体还有多少空余空间”结果没见展示。正如9楼说的这帖一开始问题就出在硬盘满了，现在把检查范围确定在E盘，那为什么不检查呢？当然其他盘满了或许也可以清一清，但现在要跑Gaussian肯定得先从E盘开始腾空间嘛。除非E盘其他东西都完全不能动，这样也得先讲清楚为什么不能动、还有哪些盘有足够空间，再考虑改变量设置或者重装的事情

说到计算本身，“定向去除Cu(II)-EDTA”的描述不够清晰，需指明更多细节（比如是什么溶液环境、都有什么离子与试剂、去除方法是固体吸附/液相萃取/形成沉淀/化学反应还是别的什么过程）才能进一步讨论。一般这种多齿配体的金属螯合物结构适合从文献找而不是从网络数据库随便找，我之前发过一帖说这事。
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-23 09:40
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-20 14:32
第1点的操作莫名其妙、没有意义，我不知道是上面哪句话被理解成这样了；在命令行(Command Prompt, cmd)里 ...

感谢老师给予的帮助，最近期末所以回复的比较慢，非常感谢您的帮助！
第一个是因为以为要像z老师说的也运行cmd来看看结果，出现的结果也是空白
第二个是E盘很空（1.52TB/3.63TB),scratch path路径里面的文件夹没有任何文件，服务器上面只有D盘满了其他空间都蛮多的。怕修改错是因为这个是之前大课题组的师兄安装的可能毕业的师兄在上面存了东西（也有其他人用过了），目前不知道怎么修改也不敢轻易动
第三个问题谢谢老师告诉我学习的方法，我现在就找文献看看，目前没有想好在什么环境和阶段，还处于一个尝试的过程
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-6-23 12:56
Danggui 发表于 2025-6-23 09:40
感谢老师给予的帮助，最近期末所以回复的比较慢，非常感谢您的帮助！
第一个是因为以为要像z老师说的也 ...

等下，既然说到D盘满了，11楼提到的D:\gaussian 16W for scratch这个路径从何而来，是否存在、是否有我10楼说的Gau-打头的文件？是不是我问的Preferences的Scratch Path实际上不在E盘而应该是这个，但11楼复制粘贴错了？又或者电脑上是否有多个不同版本的Windows版Gaussian共存？
如果Gaussian软件装在E:\software\gaussian\G16W这个目录且E盘还有足够空间，那可以考虑在这个目录下创建Scratch文件夹，并修改Scratch Path指向之，这样可以解决此帖最开始的问题。改完了记得做个记录或者和其他用同一台电脑跑Gaussian的人说一声。

入门计算化学推荐看社长的http://sobereva.com/355这篇，计算方面的理论和实操问题都可以看看社长的博文以及本论坛过往的大量讨论哦
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-23 14:08
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-23 12:56
等下，既然说到D盘满了，11楼提到的D:\gaussian 16W for scratch这个路径从何而来，是否存在、是否有我10 ...

1.没有粘贴错误，刚刚检查了一下，D盘确实有Scratch文件，并且清完我自己的部分之后也能运行一段时间，应该是软件安装在了E盘但是把Scratch文件放在了D盘，请问老师Scratch文件里面的东西可以直接移走或者删掉吗，只保留in，chk和out文件行吗
2.我会根据老师改在其他盘的
好滴非常感谢老师提出的学习方法
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-6-23 14:35
Danggui 发表于 2025-6-23 14:08
1.没有粘贴错误，刚刚检查了一下，D盘确实有Scratch文件，并且清完我自己的部分之后也能运行一段时间，应 ...

我在10楼已经说了删除文件的事情。名称以Gau-开头的临时读写文件是跑Gaussian任务途中在Scratch文件夹里创建的，计算正常结束后一般会自动清理（除非明确写了如%rwf=开头的行要求保存）；如果当前未运行Gaussian任务却仍能看到这些文件，那就是之前计算异常中断残余的。对于常规任务而言临时读写文件里的信息不需要多少关心，尽管删了就是，保留.gjf输入、.out或.log输出、.chk文件（及用formchk工具转换出的fch文件）可以满足大部分后续处理需要了。
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-23 15:03
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-23 14:35
我在10楼已经说了删除文件的事情。名称以Gau-开头的临时读写文件是跑Gaussian任务途中在Scratch文件夹里 ...

好滴收到，非常非常非常感谢！
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-23 16:25
本帖最后由 Danggui 于 2025-6-23 16:35 编辑
snljty2 发表于 2025-6-19 15:31
先参考一下 http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html。这里写NoEigenTest也无意义。

感谢老师，软件已经可以正常运行了，您推荐的这篇帖子我这两天按照上面要求进行修改，非常非常感谢！
作者
Author: Danggui    时间: 2025-6-24 19:38
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-19 20:31
楼主给我私信了输入输出文件，从输出文件第一行Entering Link 1 = E:\software\gaussian\G16W\l1.exe PID=  ...

老师，最近看了一篇文献《Targeted Decomplexation of Metal Complexes for Efficient Metal
Recovery by Ozone/Percarbonate》在里面的S8附件中也提到了Cu-EDTA的理论计算方法，想咨询一下您发给我的Cu-EDTA中原本在CAS中查到的碳氧键原本是单键但是在您的文件里面是双键，这个是有什么依据吗
包括您选用的基组是怎么一写就选用了这个基组，在这篇文献中我没有分析出来他具体用的什么，只知道他选用的PBEO-(BJ)/def2-SVP,其他设置是需要自己一个一个找吗：
All calculations in this work are performed using Gaussian 09 program package.11 The geometries of the Cu-EDTA and active species (CO3 •− and •OH) are optimized via Gaussian 09 E01 with Perdew-Burke-Ernzerhof hybrid functional (PBE0) method including Grimme’s DFT-D3(BJ) empirical dispersion correction and the def2-SVP the basis set level of theory, and harmonic frequencies are performed at the same level to verify that these structures correspond to the minima on the potential energy surfaces.12-15 The conceptual density functional theory (CDFT) and electrostatic potential (ESP) analysis are obtained from Multiwfn 3.8, whose input files are extracted by Gaussian checkpoint files, and plotted by VMD 1.9.3. The Fukui function of Cu-EDTA is calculated at nuclei of the molecule. CO3 •− and •OH are classified as electrophilic radicals, which are likely to attack the sites with high electrophilic values (ƒ-). Therefore, the Fukui function (ƒ-) of Cu-EDTA is calculated to observe which sites are active to be electrophilic attacked, and it is defined as follows in the finite difference approximation: ƒ-(r) = ρN(r) - ρN-1(r) (S5) where ρN(r) and ρN-1(r) are the electron densities of the N and N-1 electron system, respectively.
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-6-24 23:05
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-6-24 23:08 编辑
Danggui 发表于 2025-6-24 19:38
老师，最近看了一篇文献《Targeted Decomplexation of Metal Complexes for Efficient Metal
Recovery b ...

我在12楼最后一句已经说了，多齿配体的金属螯合物结构不宜随便找网络数据库做参考，因为此类数据库生成图示或者坐标的经验算法未必适合复杂空间结构。我给的输入文件里结构来自一个专业做计算的文献的数据集（稍有一点点修改），确信没有问题。
输入文件里只指定了电荷-2、自旋多重度2和原子坐标，根本没有任何体现单键双键之类的信息；在GaussView之类可视化软件里看到的形式键级只有装饰作用，基本上是按原子间距之类的简单几何关系自动产生的，并不能说明实际的成键情况；具体如何得看计算之后做的波函数分析，参考http://sobereva.com/414。

这段文字无非就是把计算的过程用套话表达出来而已，掌握计算常识之后不难发现几个关键点：软件是Gaussian 09 E.01，DFT方法选的是PBE0杂化泛函（注意这是正式名称，末尾那是数字0不是字母O，而在Gaussian里关键词写作PBE1PBE，见https://gaussian.com/dft），带了DFT-D3(BJ)色散校正（在Gaussian里关键词写作em=gd3bj，链接同前），基组选的是def2-SVP（在Gaussian里关键词写作def2SVP，没有-，见https://gaussian.com/basissets/），几何优化和振动分析在相同级别下做（在Gaussian里关键词写作opt freq）。后面用multiwfn做概念密度泛函理论（http://sobereva.com/484）与静电势（http://sobereva.com/443）等波函数分析。当然这段话的描述仍有遗漏，鉴于Cu-EDTA络合物带-2电荷且在水溶液里，必须使用隐式溶剂模型，所以我又在Gaussian里加了关键词scrf(solvent=water)来用默认的IEFPCM表现水环境。
理解这些的基础是通过我14楼提到的链接入门学习。
作者
Author: Danggui    时间: 2025-7-3 12:52
本帖最后由 Danggui 于 2025-7-3 13:02 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-24 23:05
我在12楼最后一句已经说了，多齿配体的金属螯合物结构不宜随便找网络数据库做参考，因为此类数据库生成图 ...

老师，您好您上面推荐的我这几天有认真的学习，真的非常非常感谢您的帮助，目前是看了不知道如何将他们系统的联系起来
这几天在复现南昌航空大学邹老师课题组的O3/SPC实现络合态重金属靶向结络与金属同步回收，
选用您上面给的基组是可以完美的算出图中的每一个络合物的结构优化，但是在算TS过渡态的过程中，我尝试了的在这十天都错了，想问老师以下几个问题：
1.在猜测过渡态的过程中是每次都只能一次猜一个断键吗
2.关于电荷和自选多重度应该如何进行运算
如图图1显示的是我算了的每个的结构优化的点，我再尝试从Cu(II)-EDTA到另外结构的过渡态都失败了，从方法从1改到2：
1.#p opt=(calcfc,ts,recalc=8) freq scrf=(solvent=water) def2svp em=gd3bj pbe1pbe
2.# opt=(calcfc,ts,recalc=8,noeigentest,maxcycle=350,cartesian) freq scrf=(solvent=water) def2svp
em=gd3bj p pbe1pbe
(, 下载次数 Times of downloads: 125) (, 下载次数 Times of downloads: 133) (, 下载次数 Times of downloads: 136)
脱氨，脱羧（由于我目前只能上传文件有限制，下面的请允许我粘贴），想咨询一下现在该从哪里开始改：
1.脱羧
%nprocshared=32
%mem=50GB
%chk=F:\d\1.chk
# opt=(calcfc,ts,recalc=8,noeigentest,maxcycle=350,cartesian) freq scrf=(solvent=water) def2svp
em=gd3bj p pbe1pbe

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-2 2
N                 -2.02761607    2.28636345    0.51048167
N                 -0.38928229    0.43111564   -0.28779725
C                 -1.13517645    3.28790804   -0.09065057
C                 -0.32932755    1.80485035    0.23197038
C                 -3.42215032    2.73368238    0.38367468
C                 -4.83287437    2.16944014    0.13250075
C                  0.58746485   -0.01882228   -1.29000526
C                 -0.05639805   -1.09033243   -2.18939759
C                  3.15176870    0.23288325   -0.98188762
C                  2.29364363   -0.84929083   -0.30062364
C                 -1.69297376    2.12247229    1.93247119
C                 -2.62791051    1.07323510    2.56222878
O                 -2.93399613    1.15350800    3.78019364
O                 -3.14824149    0.00772424    1.76295269
O                 -5.83212016    2.70922094    0.67445564
O                 -5.00732585    1.03211365   -0.71659002
O                 -1.07557553   -1.94553892   -1.66518475
O                  0.31435017   -1.21332757   -3.38563691
O                  1.99587240   -2.06779376   -0.98726977
O                  1.75422400   -0.60693622    0.81016945
Cu                -2.36423608   -0.02465279   -0.41417637
H                 -0.67790462    1.79687280    2.02477288
H                 -1.81486082    3.05779229    2.43766426
H                 -0.87491611    3.21965311   -1.12626914
H                 -0.74583788    4.08517840    0.50740916
H                 -0.87343263    2.58595365   -0.25662688
H                  0.25841806    2.02367638    1.09890191
H                 -3.53231177    2.14793177    1.27230321
H                 -3.26569036    2.56630740   -0.66150756
H                  1.44055487   -0.43405587   -0.79531496
H                  0.89269973    0.81339629   -1.88929143
H                  3.82931297   -0.03612398   -1.76513016
H                  3.07045420    1.25379066   -0.67199082

1 3 1.0 5 1.0 11 1.0 21 0.5
2 4 1.0 7 1.0 21 0.5
3 4 1.0 24 1.0 25 1.0
4 26 1.0 27 1.0
5 6 1.0 28 1.0 29 1.0
6 16 1.0 15 2.0
7 8 1.0 30 1.0 31 1.0
8 17 1.0 18 2.0
9 10 1.0 32 1.0 33 1.0
10 19 1.0 20 2.0
11 12 1.0 22 1.0 23 1.0
12 14 1.0 13 2.0
13
14 21 0.5
15
16 21 0.5
17 21 0.5
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
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29
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31
32
33
2.%nprocshared=32
%mem=50GB
%chk=F:\1\P\72.chk
#p opt=(calcfc,ts,recalc=8,noeigentest) freq scrf=(solvent=water) def2svp
em=gd3bj pbe1pbe

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-2 2
Cu                -0.73520356   -0.68362512   -0.41138503
C                 -0.97013945    2.21062663    1.11761187
C                 -0.06163617    2.81812430    0.03263796
N                 -1.84371820    1.19476025    0.51281795
N                  1.68014849    0.83850812    0.00094609
C                 -2.67333906    1.81876367   -0.52797451
C                 -3.58851679    0.75452270   -1.16156813
C                 -2.71092587    0.61487611    1.54847486
C                 -3.34233722   -0.73013297    1.95328380
C                  1.98858246    1.80479041   -1.06304029
C                  2.11442642    1.06486358   -2.40776018
C                  2.16201239   -0.54647271   -0.10169550
C                  1.77049834   -1.97293977    0.32668340
O                 -4.71282136    1.08422084   -1.62070748
O                 -3.16070586   -0.60835803   -1.22815582
O                 -4.47261375   -0.75359313    2.50599997
O                 -2.64424262   -1.95241071    1.70109127
O                  0.95456818   -2.77774132   -0.52856653
O                  2.16859398   -2.43034177    1.42935009
O                  1.35978322   -0.12713584   -2.64132178
O                  2.88134493    1.50919714   -3.30105422
H                 -1.56937571    2.98218082    1.55409789
H                 -0.36626576    1.75642005    1.87519549
H                 -0.40349328    2.87790262   -0.97951828
H                  0.91145373    3.18043852    0.29094871
H                 -2.04210627    2.24085621   -1.28182001
H                 -3.27257532    2.59031786   -0.09148849
H                  1.20298276    2.52848267   -1.12630672
H                  2.91125147    2.29855151   -0.83992177
H                 -3.36134210    0.47277846    0.71081921
H                 -1.79941465    0.19859207    1.92364801
H                  2.34716553   -0.42125955    0.94469830
H                  1.32311673   -0.65139314   -0.75755051

1 4 0.5 15 0.5 17 0.5
2 4 1.0 3 1.0 22 1.0 23 1.0
3 24 1.0 25 1.0
4 8 1.0 6 1.0
5 12 1.0 10 1.0
6 7 1.0 26 1.0 27 1.0
7 14 2.0 15 1.0
8 9 1.0 30 1.0 31 1.0
9 16 2.0 17 1.0
10 11 1.0 28 1.0 29 1.0
11 20 1.0 21 2.0
12 13 1.0 32 1.0 33 1.0
13 18 1.0 19 2.0
14
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18
19


作者
Author: Danggui    时间: 2025-7-3 12:56
下面这个是我上传的路径图 (, 下载次数 Times of downloads: 132)
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-7-3 14:31
Danggui 发表于 2025-7-3 12:52
老师，您好您上面推荐的我这几天有认真的学习，真的非常非常感谢您的帮助，目前是看了不知道如何将他们系 ...

同时上传多个文本文件的正确操作，是先按http://sobereva.com/672所说的打包压缩，再把单个压缩包上传为帖子附件（如果比较小）或者用网盘分享（如果比较大）并在帖子正文说明每个文件都是什么用途；现在这样直接把内容复制粘贴到帖子正文并不合适，一是太冗长了不便浏览阅读，二是不方便下载检查，三是可能破坏原始排版格式（特别是Gaussian输入文件这种对正确空行有严格要求的）。至于图片，如果是来自外文期刊文献的那么提供引用格式与doi号并指明第几页第几个figure就行，不是的话再插入帖子。

我不知道这俩结构都是从哪下载/如何构建的，不管是极小点还是过渡态，碳的键角和氢的位置等等都离谱得不符合化学常识，显然算不出来。建议先停下任何尝试，赶紧去找无机、有机教材补一下结构化学、配位化学的基础知识再说，后面直接从我10楼优化好的结构出发来搭其他结构。我14楼最后一行字也讲了从什么途径获取信息，包括但不限于过渡态初猜绘制以及电荷和自旋多重度判断等的方法。

说实话我觉得这文献的计算有点存疑，首先过渡态的英文是transition state不是transient state，其次自由基参与反应的机理未必是如此简单粗暴的取代和成断键，不知道文献有没有论证如自由基攫取氢或者氧化还原转移电子之类的其他途径。
作者
Author: Danggui    时间: 2025-7-3 17:13
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-7-3 14:31
同时上传多个文本文件的正确操作，是先按http://sobereva.com/672所说的打包压缩，再把单个压缩包上传为 ...

好滴，感谢老师指导，我会牢记如何上传多个文本的正确操作及您提及到的提问要点
1.关于这两结构其实是我自己构建的，构建方式就是按照他论文里面画出来的生成物及产物，第一步都是基于Cu-EDTA的结构，如何猜测-C-COOH,-Cu-O,-Cu-N容易断键，再根据文献中画出的产物猜测他哪跟键会断开，在高斯中键选择无键，之后点击clean键自动优化一个结构，然后进行TS过渡态优化
2.这篇论文中有提及到CO3•-和•OH作为亲电自由基倾向于攻击高亲电性的位点（f-),Cu(II)−EDTA的N3、N4和C−C键是亲电自由基攻击最活跃的位点,感觉上是通过计算能垒进行推断反应的过程，通过LC-MS/MS 实验验证，文中基本上都是进行实验进行验证的，很少提及量化计算
后续我会补习无机、有机教材补一下结构优化、配位化学的基础知识的，谢谢老师！
作者
Author: 〇66    时间: 2025-7-5 20:01
Danggui 发表于 2025-6-23 14:08
1.没有粘贴错误，刚刚检查了一下，D盘确实有Scratch文件，并且清完我自己的部分之后也能运行一段时间，应 ...

算完的东西 多余的垃圾文件就删掉吧 没啥用，正在进行计算的东西就不要删了，可以根据日期排序，把陈年旧文件都删掉，肯定能腾出挺大的内存
作者
Author: Danggui    时间: 2025-7-8 10:05
〇66 发表于 2025-7-5 20:01
算完的东西 多余的垃圾文件就删掉吧 没啥用，正在进行计算的东西就不要删了，可以根据日期排序，把陈年旧 ...

嗯嗯，谢谢老师！
作者
Author: Danggui    时间: 2025-7-10 16:39
经过这几天的一些学习有以下的疑问：
1.下面是我根据您之前给我发的Cu-EDTA的结构按照前面的文献提到的过渡态结构进行跑TS，报错情况见附件2，我也询问了该论文的作者他给我发了他所构建的模型，跑TS是跑出来了，且只有一个虚频为-528.85（该老师的模型我就没有上传），但是在跑IRC时选用方法为“#p irc=(calcfc,recalc=5,lqa) scrf=(solvent=water) def2svp em=gd3bj pbe1pbe”，按照该篇http://sobereva.com/61博文的前六个方法试了目前显示都还不收敛，报错提示为Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in E:\software\gaussian\G16W\l502.exe at Thu Jul 10 15:40:07 2025.该从哪里开始下手改呢，
2.建模：
①构建简单的分子时，是否可以根据分子的结构式直接在view里面建模，再点击clean键，进行初步优化，猜测过渡态的时候断键成键改变键长超过原子间的CSD共价半径和的1.15使得该键断裂
②在高斯构建络合物的时候猜测过渡态结构的时候是否可以直接在CSD数据库里面下载出模型，如果某个基团从断键下来直接更改键长超过1.15CSD的共价半径和，点击clean键进行初步优化，将他作为过渡态初始结构然后跑TS
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-7-10 17:44
Danggui 发表于 2025-7-10 16:39
经过这几天的一些学习有以下的疑问：
1.下面是我根据您之前给我发的Cu-EDTA的结构按照前面的文献提到的过 ...

当前优化过渡态任务并未正常完成，输出文件靠近末尾的这些部分说明几何优化没收敛（和SCF迭代不收敛是两码事）；在按http://sobereva.com/164和http://sobereva.com/460解决、确认只有一个振动方向正确的虚频之前，根本没法让IRC跑起来。
  1.          Item               Value     Threshold  Converged?
  2. Maximum Force            0.043054     0.000450     NO
  3. RMS     Force            0.007149     0.000300     NO
  4. Maximum Displacement     0.422536     0.001800     NO
  5. RMS     Displacement     0.084277     0.001200     NO
  6. Predicted change in Energy=-1.787997D-02
  7. Optimization stopped.
  8.     -- Number of steps exceeded,  NStep= 219
  9.     -- Flag reset to prevent archiving.
  10. {omitted}
  11. Error termination request processed by link 9999.
  12. Error termination via Lnk1e in F:\gaussian\gaussian\G16W\l9999.exe at Thu Jul 10 12:17:07 2025.
复制代码

而且我仍然不知道输入文件的结构是怎么来的，Cu-EDTA的部分和我给的.fchk文件里优化后的结构明显不一样，C15和N2都断键了（不只是看GaussView根据键长判断的成键关系，还有C15本身变成了平面三角型这点），O9和Cu的距离太长也仿佛羧基解离配位了；而且另外加的碳酸根的O35和EDTA配体的H30距离太短，也不像过渡态的样子。

电荷-2和自旋多重度2的判断显然错误，应该这么考虑：体系有一个Cu2+离子、一个[EDTA](4-)配体、一个CO3·-负离子自由基，那么净电荷显然是+2-4-1=-3；Cu2+离子的3d9价层电子构型有一个单电子，[EDTA](4-)是闭壳层无单电子，CO3·-自由基有一个单电子，但两个单电子的自旋状态不确定，可能都是alpha也可能一个alpha一个beta，所以按N_alpha - N_beta + 1算的净自旋多重度可能是1或3。两种自旋多重度应该分别做同条件的计算（反应物、产物、过渡态的优化及跑IRC）并比较，检查自旋交叉/多态反应的可能。

GaussView的clean键不适合该络合物体系，clean完会让羧基氧和铜离子的距离变得过长。并且我12楼说到的网络数据库的问题对CSD也适用，因为晶体结构与溶液结构经常差别明显（http://sobereva.com/569），而且还要根据分数占据/晶体学无序修改原子、取出分子团簇、适当补氢，不算很方便。

如果实在没有摆合适初猜找过渡态的经验的话不妨在化简的体系上练习，比如先尝试找CO3·-夺取N,N-二甲基乙胺中间碳的氢的过渡态，再复制反应区域的原子到实际的Cu-EDTA配合物相应位置去作为初猜。
作者
Author: Danggui    时间: 2025-7-14 11:03
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-7-10 17:44
当前优化过渡态任务并未正常完成，输出文件靠近末尾的这些部分说明几何优化没收敛（和SCF迭代不收敛是两 ...

前面的建模我这几天学习是知道了自己犯错误的原因在于哪里，也在边学边算的
老师，简化过程中的体系需要跟原金属络合物所选用的方法基组一样吗，如果Cu-EDTA不放进水溶液或者EDAT不放进水溶液单独算的错误是什么啊
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-7-14 12:06
Danggui 发表于 2025-7-14 11:03
前面的建模我这几天学习是知道了自己犯错误的原因在于哪里，也在边学边算的
老师，简化过程中的体系需要 ...

只是在正式计算之前的探索的话倒说不上什么“错误”，但让简化模型与目标体系尽可能相符确实更合适，因为理论方法、基组、隐式溶剂模型等各种因素都可能影响找过渡态的结果（不只是定量层面键长键角之类的数值，更包括定性层面过渡态本身是否存在的问题）。明显带电荷的离子在气相和溶液相的计算结果有明显差别，这在http://sobereva.com/327的1.3节也有解释，所以隐式溶剂模型该用就用。
作者
Author: Danggui    时间: 2025-7-17 13:27
本帖最后由 Danggui 于 2025-7-17 13:29 编辑

老师，按照论坛上面帖子的经验分享尝试了找了很多的TS，发现之前报错的原因应该是因为过渡态找的结构太离谱。昨天晚上跑了一组TS和IRC都没有报错。关于TS和IRC有三个问题：
1.来源此帖子http://sobereva.com/400的这部分，IRC一定要跑出下方的的曲线形状才是对的吗，在这篇帖子中提到的随便找的例子中我的理解是只要两端的反应物和生成物趋势是对的，没有跑出该完美曲线也能算对吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
Q我的IRC看起来比较怪，合理么？怎么边上还凸起来一块？（下图为笔者随便找的例子）
A：很正常。只要确信自己计算流程合理，而且轨迹看着无异常，TS位置曲线也平滑，就没有问题。出现诸如肩峰往往暗示这个反应涉及的电子结构变化复杂，可能整个反应虽然是一步，却呈现出两个阶段，应当结合结构变化特征、波函数分析手段（比如用Multiwfn分析反应过程中键级、ELF、密度差、原子电荷变化等）予以考察。
2.针对Cu-EDTA的反应，方法仍为def2svp pbe1pbe，在此条件下虚频为-398.96,趋势是对的，但是IRC跑得出来的曲线很奇形怪状，只会显示我的产物的，反应物的样子没有显示出来但也没有报错，这种情况是我的TS还是没有找对吗。在TS中我设置的C-N键长我粗猜距离应该设置了超过2倍，设置1.3倍左右的时候分子堆积在一起，很容易报错，这种情况是再调TS吗，还是IRC还是可以继续用
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
3.跑CuOH-H时，方法仍为def2svp pbe1pbeTS，但是产物两端一样，IRC也是不对的吗
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-7-17 14:05
Danggui 发表于 2025-7-17 13:27
老师，按照论坛上面帖子的经验分享尝试了找了很多的TS，发现之前报错的原因应该是因为过渡态找的结构太离谱 ...

2. Cu-EDTA的这一段IRC曲线看起来还行，没跑到反应物对应的极小点附近是因为maxpoints参数不够大（或者根本就没设所以用了默认的10），在链接的400号博文中ctrl+f搜“获得高质量、完整的IRC曲线”有说明。
3. 我不知道CuOH-H是啥，还是那篇博文搜“怎么IRC走出来的两侧的曲线是相同的”有说明，如果没有把握找到的过渡态对不对的话可以传上来看看。



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