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标题: 寻找两分子间质子转移的过渡态，始终存在两个虚频，该如何继续改进关键词 [打印本页]

作者
Author: Yaqi 时间: 2025-6-19 20:19
标题: 寻找两分子间质子转移的过渡态，始终存在两个虚频，该如何继续改进关键词
本帖最后由 Yaqi 于 2025-6-20 20:02 编辑

老师好，目前正在研究如图所示两分子之间的质子转移过程，希望找到质子转移的过渡态，进一步进行IRC计算来讨论质子转移过程。
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尝试了不同关键词，目前最好的结果是找到了包含过渡态虚频在内的结构，但始终存在另一个整体分子转动的虚频，基于这个过渡态计算IRC时，反应路径没有按照质子转移的理想状态移动，而是键角的旋转

寻找过渡态的关键词如下：

# opt=(calcfc,ts,noeigen,cartesian,maxstep=10,notrust) freq b3lyp/6-311g(d) scrf(smd,SOLVENT=n-Hexadecane) em=gd3bj

计算过渡态时的输入输出文件如下，实验中是混合溶剂，选取了介电常数相近的溶剂模型进行计算的，请老师指点。

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-6-19 22:24
输出文件压缩后再上传。
另外，你的计算没有加溶剂，你确定这个反应是在真空中进行的吗？

作者
Author: Yaqi 时间: 2025-6-19 22:39

北大-陶豫发表于 2025-6-19 22:24
输出文件压缩后再上传。
另外，你的计算没有加溶剂，你确定这个反应是在真空中进行的吗？

确实，我忽略了溶剂效应，我加上再试，感谢指点啊

作者
Author: Yaqi 时间: 2025-6-20 20:03

北大-陶豫发表于 2025-6-19 22:24
输出文件压缩后再上传。
另外，你的计算没有加溶剂，你确定这个反应是在真空中进行的吗？

老师好，我重新上传了输入输出邮件，加了隐式溶剂模型。实验中是混合溶剂，选取了介电常数相近的溶剂模型进行计算的，请老师指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-22 07:02
opt freq过程不建议用SMD
你当前的输出文件明显遇到了震荡难收敛的情况，先按下文解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

必须确保有且只有一个虚频再做IRC，否则毫无意义

作者
Author: Yaqi 时间: 2025-6-22 09:24
本帖最后由 Yaqi 于 2025-6-22 09:29 编辑

sobereva 发表于 2025-6-22 07:02
opt freq过程不建议用SMD
你当前的输出文件明显遇到了震荡难收敛的情况，先按下文解决
量子化学计算中帮 ...

收到，谢谢卢老师，我再去调试。
opt freq过程不建议用SMD，是不加溶剂模型，还是换一种溶剂模型，比如PCM？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-22 09:38

Yaqi 发表于 2025-6-22 09:24
收到，谢谢卢老师，我再去调试。
opt freq过程不建议用SMD，是不加溶剂模型，还是换一种溶剂模型，比如P ...

换PCM

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-23 05:06

Yaqi 发表于 2025-6-22 09:24
收到，谢谢卢老师，我再去调试。
opt freq过程不建议用SMD，是不加溶剂模型，还是换一种溶剂模型，比如P ...

用scrf关键词默认的IEFPCM就完了

作者
Author: Yaqi 时间: 2025-7-9 22:05
老师好，经过一些调试，试图解决振荡的问题，以下是目前的输入输出文件，关键词基本上都测试了，目前还存在振荡的问题，请问还有什么方向可以继续尝试吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: Yaqi 时间: 2025-7-15 18:02
老师好，以下文件是做了质子从NH2转移到SO3-上柔性扫描的输入输出文件，请问各位老师这样的结果，是否还能找到质子转移的过渡态结构呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 2)

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