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标题: DSSP安装问题；用“dssp"命令生成.dat文件怎么作二级结构图 [打印本页]

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-6-19 23:29
标题: DSSP安装问题；用“dssp"命令生成.dat文件怎么作二级结构图
本帖最后由 Wqyin 于 2025-6-19 23:30 编辑

各位老师和前辈们好，关于DSSP我有两个问题：
1、第一是关于DSSP安装：我下载了DSSP3.0.10安装包，解压之后有四个可执行程序（dssp hsspconv mkdssp mkhssp），全都复制到了/usr/local/bin/目录下，但是执行gmx do_dssp命令显示'do_dssp' is not a GROMACS command。
尝试了export DSSP=/usr/local/bin/dssp，也无用，不知道是哪里出问题了，该如何解决？
2、我用gmx dssp 命令调动的应该是Gromacs内置的二级结构分析软件吧？这个能生成.dat 和各二级结构数量随时间变化的xvg文件，但好像无法生成.xmp文件，不知道怎么用.dat文件作二级结构图。
麻烦各位老师和前辈们指点一下，感激不尽！

作者
Author: Dempey 时间: 2025-6-20 08:53
1. 比较新版本的GROMACS已经祛移除do_dssp了，从2023版本用原生的dssp代替
2. 生成的dat文件每一行就是一帧，每一种字母代表一种二级结构，可以查看GROMACS手册gmx dssp部分，有详细的解释，每一行中每一个字母代表一个残基归属的二级结构，把每一种字母映射成一种颜色就可以了，这里我给出我的绘图脚本，改编自于http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html。
(, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-6-20 20:11

Dempey 发表于 2025-6-20 08:53
1. 比较新版本的GROMACS已经祛移除do_dssp了，从2023版本用原生的dssp代替
2. 生成的dat文件每一行就是一 ...

原来是这样，我的是2025版本的，明白了，非常感谢前辈！

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-6-22 19:20

Dempey 发表于 2025-6-20 08:53
1. 比较新版本的GROMACS已经祛移除do_dssp了，从2023版本用原生的dssp代替
2. 生成的dat文件每一行就是一 ...

前辈您好，我今天试运行了一下您给的脚本，但是提示已杀死，我不知道是哪里出问题了，我运行方式如下：
python3.12，创造了一个虚拟环境安装numpy和matplotlib，然后cd到工作目录下用“python3 plot_dssp.py my.dat"命令运行，过一会儿就提示已杀死或者直接给电脑重启。
请问前辈，是这个需要的电脑配置比较高还是怎么回事？不知道前辈可否给出稍微详细些的使用指导？

作者
Author: Dempey 时间: 2025-6-22 20:22

Wqyin 发表于 2025-6-22 19:20
前辈您好，我今天试运行了一下您给的脚本，但是提示已杀死，我不知道是哪里出问题了，我运行方式如下：
...

能给出报错或输出的内容吗，我这里试了一下没问题的，确保你已经激活了你创建的虚拟环境，电脑要求不高的

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-6-22 20:34
本帖最后由 Wqyin 于 2025-6-22 20:45 编辑

Dempey 发表于 2025-6-22 20:22
能给出报错或输出的内容吗，我这里试了一下没问题的，确保你已经激活了你创建的虚拟环境，电脑要求不高的

前辈，我前面用的linux，它没有报错内容，只有“已杀死”三个字。我刚才换了win系统的cmd再运行命令，提示说产生的文件太大了，我就把dat文件删了很多行，果然成功了。我原来轨迹是有10w帧，dat文件11.1M，然后我试了间隔提取轨迹，需要剩下2000帧，dat文件220kB，才能正常输出png😿。不知道前辈试过这么大的轨迹吗？

作者
Author: Dempey 时间: 2025-6-22 20:51

Wqyin 发表于 2025-6-22 20:34
前辈，我前面用的linux，它没有报错内容，只有“已杀死”三个字。我刚才换了win系统的cmd再运行命令，提 ...

那你的轨迹有点大了，我之前没试过这么大的轨迹

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-6-22 21:16

Dempey 发表于 2025-6-22 20:51
那你的轨迹有点大了，我之前没试过这么大的轨迹

噢噢，好的。再次感谢前辈！

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