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标题: 求助纯聚合物体系Gromacs拉伸动力学pull命令设置 [打印本页]

作者
Author: onsager22 时间: 2025-6-19 23:44
标题: 求助纯聚合物体系Gromacs拉伸动力学pull命令设置
纯聚合物体系，正常完成了能量最小化 npt过程，压缩成为了致密体系，想要下一步进行拉伸动力学，使用pull命令，但是发现产生相prod.gro原子没有都在盒子里面，拉伸时需要设定left和right原子，不知道怎么设置
1.关于left和right原子我分别选择了最左边3nm和最右边3nm的所有原子（在VMD中导入gro和xtc在最后一帧里面进行筛选的）这样是否可以，如果不行应该怎么设置
2.需不需要对prod.gro进行-pbc atom截断使其全部回到盒子里面再进行拉伸模拟
3.对于pull命令里面，这样设置是否可以
;--- Integrator ---
integrator    = md
dt             = 0.002
nsteps       = 1000000
nstxtcout    = 10000
energygrps = System
;--- Constraints ---
constraints       = h-bonds
constraint_algorithm = lincs
lincs_iter       = 1
lincs_order       = 4
;--- Temperature coupling ---
tcoupl       = v-rescale
tc-grps    = System
tau_t       = 0.1
ref_t       = 300
;--- Pressure coupling ---
pcoupl       = no
;--- Pulling setup for uniaxial stretching ---
pull                   = yes
pull-ngroups          = 2
pull-group1-name       = Group_A
pull-group2-name       = Group_B
pull-ncoords          = 1
pull-coord1-type       = umbrella
pull-coord1-geometry = distance
pull-coord1-groups    = 0 1
pull-coord1-init       = 0.0
pull-coord1-rate       = 0.001
pull-coord1-k          = 1000
pull-coord1-dim       = Y N N

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-22 07:23
这种目的在mdp里设deform让盒子逐渐缩小就完了，不是用pull的场合

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-8-23 00:09
您好我想问一下就是这种大的有机分子该怎么构建他的聚合物的top和itp啊

作者
Author: 芝士石油 时间: 2025-9-20 19:06

科研小白0126 发表于 2025-8-23 00:09
您好我想问一下就是这种大的有机分子该怎么构建他的聚合物的top和itp啊

建议使用sob老师的sobtop，可以轻易构造需要的top和itp文件
详细的可以去参考http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex5

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