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标题: Gauss View如何读取多个分子间优化后形成的氢键数量 [打印本页]

作者
Author: xiewei 时间: 2025-6-20 15:37
标题: Gauss View如何读取多个分子间优化后形成的氢键数量
请问老师我对多个分子组合通过Molclus结合Gaussian进行构型搜索优化完成后的最佳结构，怎么才可以知道这些分子间哪些位置形成了氢键及其数量是多少？Gauss View有没有功能可以直接显示出来形成了氢键的位置？还是只能通过读取氢键距离自己来判断。我打开fchk文件有的位置会自动显示出来分子间形成了虚线连接的氢键，有的位置我手动测量是在形成氢键距离范围之内但是没有自动产生连接的虚线。请问有没有方便的办法可以显示出形成的氢键呢？

作者
Author: xcgotk 时间: 2025-6-21 09:42
用VMD可以，论坛里我看到过挺多，但是我不记得了，可以检索VMD显示氢键看看

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-22 07:53
VMD里drawing method设Hbonds就能显示氢键。注意默认的氢键判据太严，要适当调大。下文里的图就直接用VMD显示了内氢键
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

还可以再结合IRI图考察氢键，能同时分辨氢键强弱
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

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