标题: 在用gromacs对膜进行位置限制遇到问题该如何解决 [打印本页] 作者Author: 5664 时间: 2025-6-20 20:34 标题: 在用gromacs对膜进行位置限制遇到问题该如何解决 使用CHARMM-GUI建立了膜模型，在对膜进行弯曲后，我想要膜维持这个弯曲形态去进行弛豫，所以我采用了genrestr命令，生成了限制的itp文件，随后在top文件和mdp文件进行了引用宏，但会报错：Atom index (4) in position_restraints out of bounds (1-3). This probably means that you have inserted topology section "position_restraints"作者Author: sobereva 时间: 2025-6-22 08:04
[position_restraints]是对上面紧挨着的[moleculetype]而言的，序号必须是此分子类型里面的原子序号，当前超了。检查[position_restraints]的内容和放的位置作者Author: 5664 时间: 2025-6-23 13:21
老师，您的意思是将posres_POPC_P.itp文件里超出的原子全部删除吗？删除之后再将其复制到POPC.itp文件吗？