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标题: 请教，TiC周期性体系npt正常，md模拟后盒子散架 [打印本页]

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-21 12:31
标题: 请教，TiC周期性体系npt正常，md模拟后盒子散架
本帖最后由 Eianghuan 于 2025-6-21 12:35 编辑

请教各位老师，我在对含有壳聚糖，水分子和TiC片层的盒子进行模拟的时候发现，轨迹中盒子散架，如下图：
所使用的mdp文件为附件md_PBC.mdp
在进行NVT和NPT时，盒子中的轨迹都是正常的，如图。npt的mdp文件也在附件
请教各位老师md.mdp文件应该如何修改，我可以用npt.mdp文件做200ns的模拟来作为正式模拟的结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-22 08:16
NVT/NPT和md完全不是并列的关系，本来NVT、NPT就是MD用的不同的系综。提问时不要用奇怪、令人费解的描述。注意看下文“不要迷惑性地描述分子动力学研究过程”部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

既然之前的动力学都能正常跑，把mdp设置每改一次跑一次，反复测试自然能找到原因

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-22 20:44

sobereva 发表于 2025-6-22 08:16
NVT/NPT和md完全不是并列的关系，本来NVT、NPT就是MD用的不同的系综。提问时不要用奇怪、令人费解的描述。 ...

收到，谢谢sobereva老师指正，我去学习一下帖子

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