计算化学公社

标题: 求助：如何通过量化计算反映一个分子的柔性？ [打印本页]

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-21 15:17
标题: 求助：如何通过量化计算反映一个分子的柔性？
请教一下各位老师，如何通过量化计算反映一个分子的柔性？具体来说，是看什么参数信息？

作者
Author: pal 时间: 2025-6-21 15:25
个人觉得如果你说的柔性是绕特定轴旋转或是特定面的折叠可以通过柔性扫描之类的去看能垒，或者某个构型变为另一个构型的能垒。其他的分子动力学应该更合适

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-21 15:28

pal 发表于 2025-6-21 15:25
个人觉得如果你说的柔性是绕特定轴旋转或是特定面的折叠可以通过柔性扫描之类的去看能垒，或者某个构型变为 ...

好的，谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-22 07:50
1 振动分析：低频且大幅运动的模式的存在，暗示具有柔性
2 构象变换势垒：势垒越低，暗示柔性越大
3 动力学模拟：这是最严格的。计算RMSF可以定量对比，多帧叠加显示（看下文示例）可以直观判断
揭示各种新奇的碳环体系的振动特征
http://sobereva.com/578（http://bbs.keinsci.com/thread-20919-1-1.html）

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-23 11:59
本帖最后由 gezq 于 2025-6-23 12:03 编辑

sobereva 发表于 2025-6-22 07:50
1 振动分析：低频且大幅运动的模式的存在，暗示具有柔性
2 构象变换势垒：势垒越低，暗示柔性越大
3 动力 ...

好的，谢谢老师。您说的这个势垒，是不是特指其中的自由能垒？(http://sobereva.com/506)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-24 05:24

gezq 发表于 2025-6-23 11:59
好的，谢谢老师。您说的这个势垒，是不是特指其中的自由能垒？(http://sobereva.com/506)

是

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-24 12:42

sobereva 发表于 2025-6-24 05:24
是

好的，老师

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