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标题: 修改.gro文件以后模拟速度骤降 [打印本页]

作者
Author: Oxygen114514 时间: 2025-6-22 09:41
标题: 修改.gro文件以后模拟速度骤降
我用charmm-gui生成了膜-蛋白-配体系统，然后用multiwfn和sobtop单独生成了新的配体itp。由于sobtop和charmmgui对配体原子排序不一样，导致我必须手动按照sobtop的itp内原子排序修改.gro文件内的原子排序，不然会导致原子不匹配。但是在修改之后，我的所有模拟都变得非常慢，原本一天能跑30ns-40ns，现在一天只能跑不到2ns。使用的mdp都是相同的，所有涉及配体原子序数内容的部分也都按照对齐过后的排序修改了，不知道为什么仅仅是修改.gro就会导致速度骤降。

我修改.gro文件的操作是在pymol内打开体系的.gro文件，分离配体分子，单独保存成mol2文件，然后输入multiwfn得到RESP电荷，再输入sobtop得到.itp和.gro文件。配体的.gro文件用记事本修改原子序数和residue序数和名字，重新对齐.gro文件的格式以后复制粘贴到体系的.gro文件内，覆盖原本配体部分的字段。然后把sobtop生成的itp文件atomtype放到该放的地方（top文件引用的第一个itp文件下）以后用它覆盖charmmgui生成的itp文件。

我不觉得我这样操作以后有什么问题，但的确不知道是什么原因导致速度骤降。希望有人可以帮帮，谢谢！

作者
Author: Oxygen114514 时间: 2025-6-22 11:08
问题可能已经解决了，是生成itp文件时候charmmgui用的gaff2，sobtop用的gaff

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-23 05:13
耗时跟用GAFF还是GAFF2没直接关系，成键和非键作用计算公式没有任何区别，计算消耗完全相同。而且sobtop也可以用GAFF2，http://sobereva.com/soft/Sobtop/里搜GAFF2

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