计算化学公社
标题:
有无A分子下横向对比酯键水解自由能的建模考虑疑问
[打印本页]
作者Author:
JCenter
时间:
2025-6-22 23:23
标题:
有无A分子下横向对比酯键水解自由能的建模考虑疑问
我想比较A分子对聚酯中酯键水解自由能的影响(只针对一个酯键),目前已经开始使用cp2k做FPMD结合metadynamics(NPT系综),以横向对比有无A分子下的聚酯水解的自由能差异。因为A分子比较大(120个原子左右,含有A分子的体系中有两个A分子,属于不能再降低A分子数量的情况)。为了计算速率高一些,含有A分子体系的盒子中聚酯的结构也就70个原子左右(含有A分子的总体系包含水分子共350左右个原子,盒子边长15A左右)。如果保持聚酯结构一致,无A分子的对照体系总共160个原子左右,盒子就比较小(边长低于15A),怕结果不太合理。如果无A分子的体系中聚酯结构模型建立的稍大一些,加上几个A分子后,原子数又太多,耗时极高。
在这个过程中,我想请教下大家:除了体系中有无A分子外,聚酯的模型结构是否必须保持一致吗。我能不能仅仅在不含有A分子的对照体系下将聚酯模型建立的大一些,以使得整个体系的盒子边长在15埃左右,用该体系得到的水解自由能和含有A分子、并且聚酯原子数较少的体系下的水解自由能进行横向对比吗(因为我觉得,这两个体系下得到的都是作差得到的相对自由能,应该可以横向对比吧)
欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)
Powered by Discuz! X3.3