计算化学公社

标题: GMX模拟混合溶剂时发现溶剂分层而非混溶的问题求助 [打印本页]

作者
Author: 闻言见状 时间: 2025-6-23 11:39
标题: GMX模拟混合溶剂时发现溶剂分层而非混溶的问题求助
本帖最后由闻言见状于 2025-6-23 11:44 编辑

动力学低手，在模拟THF-H2O的混合体系时，发现溶剂一直分层。从物质的量1:9-9:1都进行了模拟，但一直没有拿到混溶的结果。请高手指点一下迷津。
THF的拓扑文件是用sob老师的sobtop生成的（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex10），先利用高斯优化后，也替换了其中的电荷，改为RESP电荷。
H2O的拓扑文件是直接用了三点水模型opc3.itp

初始结构由packmol生成

之后先做了能量最小化
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
然后做了30ns的NPT模拟
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
模拟过程中遇到的报错应当只有在做最小化的有一个报错，即
WARNING 1 [file sol-mix.top, line 25]:
  6000 non-matching atom names
  atom names from sol-mix.top will be used
  atom names from sol-mix.pdb will be ignored
我利用“ -maxwarn 811”命令也可以正常模拟。
但模拟的一系列结果中没有一个结构最终呈现互溶的状态，不确定是哪里出现了问题，请各位指点。

作者
Author: student0618 时间: 2025-6-23 18:16
non-matching atom name不可忽略吧，先检查gro跟top的顺序。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-23 20:01
先确保原子顺序对应完全正确。如果能确保，对THF可以尝试用RESP2(0.5)代替RESP，原子类型可以尝试用GAFF2代替默认的GAFF

作者
Author: 闻言见状 时间: 2025-6-23 20:53

student0618 发表于 2025-6-23 18:16
non-matching atom name不可忽略吧，先检查gro跟top的顺序。

谢谢，我在使用packmol建模的时候是有注意原子的顺序的，应该是可以对应上的

作者
Author: 闻言见状 时间: 2025-6-23 20:55

sobereva 发表于 2025-6-23 20:01
先确保原子顺序对应完全正确。如果能确保，对THF可以尝试用RESP2(0.5)代替RESP，原子类型可以尝试用GAFF2代 ...

谢谢，原子顺序应当没有问题（packmol建模的过程中我有刻意关注），我尝试修改一下拓扑文件再试试。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)