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标题: M062x 优化一些简单分子结构有难以收敛的问题 [打印本页]

作者
Author: kekexili_08 时间: 2025-6-23 12:02
标题: M062x 优化一些简单分子结构有难以收敛的问题
本帖最后由 kekexili_08 于 2025-6-23 12:17 编辑

一些简单的分子，在其他的密度泛函方法下优化很容易结构收敛。但是M062x就有不收敛的问题，甚至有跑到很奇怪的结构上的问题。
遇到的情况，记得的有（SO4）2-离子，这个和初始结构有关，有的初始结构收敛很快，有的结构看起来没什么问题，但是极难收敛。
现在遇到的是， PPh3，随便画个结构，B3LYP都容易收敛，而M062x就很难。甚至用B3LYP优化好的结构calcfc或calcall都不行。
以前做反应机理，也遇到过类似问题，时间长了忘记了。
只是，B3LYP等方法算出来的能量不太好， M062x能量方面会好一些。
我觉得， B3LYP在结构优化方面是非常友好的，做反应机理往往会很顺。可惜的是，一些审稿人不认可B3LYP的能垒。

同样输入，同样机器， Gaussian 09, Revision E.01, Gaussian 16, Revision C.01 优化结构表现有明显差别。
有兴趣的可以测试一下。
%chk=PPh3
# M062x/6-311G**  scrf(smd,solvent=toluene)
opt freq

dfsdfsdfs

0 1
P                0.000201    -0.000521    -1.256088
C                0.015068    1.639904    -0.438454
C                -0.823666    2.612721    -0.978828
C                0.785977    1.963916    0.672733
C                -0.906403    3.871890    -0.411846
H                -1.421884    2.374241    -1.854076
C                0.714279    3.229761    1.233174
H                1.446689    1.222202    1.109553
C                -0.133435    4.183813    0.695959
H                -1.568675    4.615158    -0.840553
H                1.321965    3.469175    2.098397
H                -0.189156    5.172212    1.136999
C                1.413493    -0.833152    -0.438245
C                1.308553    -1.666534    0.670085
C                2.675639    -0.589272    -0.976201
C                2.440887    -2.237657    1.229797
H                0.335589    -1.870782    1.105010
C                3.807655    -1.147335    -0.409767
H                2.768284    0.051243    -1.849107
C                3.691196    -1.976854    0.694950
H                2.344331    -2.886759    2.092681
H                4.782727    -0.942398    -0.836471
H                4.575142    -2.423015    1.135556
C                -1.427748    -0.807602    -0.437951
C                -1.850691    -2.020835    -0.977431
C                -2.094888    -0.300591    0.671946
C                -2.900936    -2.720903    -0.411130
H                -1.344164    -2.420855    -1.851641
C                -3.156336    -0.994509    1.231746
H                -1.783382    0.642974    1.108038
C                -3.558771    -2.205946    0.695245
H                -3.213450    -3.666320    -0.839345
H                -3.668418    -0.586734    2.095875
H                -4.387834    -2.747427    1.135707

作者
Author: wal 时间: 2025-6-23 12:29
M062X配SMD 虚频印刷套餐

作者
Author: kekexili_08 时间: 2025-6-23 12:42

wal 发表于 2025-6-23 12:29
M062X配SMD 虚频印刷套餐

强烈认同。
对一些审稿人过于迷信计算势垒的低，表示不认同。
如B3LYP计算的全面的反应机理，最低的通道的势垒略高，应该不是大的问题。应该认可找到了最佳反应通道，只是计算的势垒需要与实验结果对比进行校正就好了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-23 16:38

kekexili_08 发表于 2025-6-23 12:42
强烈认同。
对一些审稿人过于迷信计算势垒的低，表示不认同。
如B3LYP计算的全面的反应机理，最低的 ...

说实话最本质的解决方案还是用DLPNO-CCSD(T)算单点能。除非有反铁磁耦合（那样换成NEVPT2就行了）或其他的强相关情况，算出来高就是高，低就是低，不需要过多担心是不是理论级别不够准

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-23 19:28
对于Gaussian用户，嫌B3LYP太low而M06-2X太难收敛就用wB97XD，比M06-2X精度整体差不了太多（或者算得动的情况用双杂化泛函revDSD-PBEP86-D3(BJ)）
另外，本来适合做opt freq和做单点就完全不需要相同的泛函。B3LYP甚至B3LYP-D3(BJ)优化不稳妥的时候（如SIE显著的情况）我一般都建议用wB97XD优化。M06-2X做opt freq是我如今极为不推荐的。

作者
Author: kekexili_08 时间: 2025-6-24 09:13
本帖最后由 kekexili_08 于 2025-6-24 09:18 编辑

Gaussian 09和16，在IRC计算上表现也有问题。很多用rcfc做不下去，得用calcfc。印象中g03很少有这个问题（可能当时计算体系小，结构刚性大）。最离谱的好像是g09 A01, B3LYP 算水的能量是-1.*** hartree。
我对Gaussian 16屏蔽iop(5/13=1)耿耿于怀，明明很好的一个选项，因为有人不检查结果而屏蔽，明显降低了易用性，不值得。
不过，我认为 Gaussian 还是最成功的量化计算程序，易用性最好，技术文件全面易懂，价格也很良心。不评价免费的软件，其他的收费软件在用户少的情况下高收费，不能理解。

作者
Author: kekexili_08 时间: 2025-6-24 09:27

wzkchem5 发表于 2025-6-23 16:38
说实话最本质的解决方案还是用DLPNO-CCSD(T)算单点能。除非有反铁磁耦合（那样换成NEVPT2就行了）或其他 ...

DLPNO-CCSD(T)很多时候也算不起。现在很多反应体系一百往上的原子数。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-24 09:42

kekexili_08 发表于 2025-6-24 09:27
DLPNO-CCSD(T)很多时候也算不起。现在很多反应体系一百往上的原子数。

我经常用DLPNO-CCSD(T)算100多原子的体系。基本上接近200才会算不动，那样改用双杂化泛函或wB97M-V就行了，无论如何不需要在B3LYP和M06-2X两个老掉牙的泛函之间做选择。当然结构优化另说

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-6-25 14:18
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-6-25 14:19 编辑

kekexili_08 发表于 2025-6-24 09:27
DLPNO-CCSD(T)很多时候也算不起。现在很多反应体系一百往上的原子数。

可以用ORCA做RI-双杂化计算，150个原子小菜一碟，连DLPNO近似都用不到，飞一般的感觉。再不济用比较好的杂化泛函wB97M-V也行。

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