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标题: GROMACS Helper for VS Code插件 —— 让 VS Code 更适合 GROMACS 用户 [打印本页]
作者
Author: mcard    时间: 2025-6-24 15:28
标题: GROMACS Helper for VS Code插件 —— 让 VS Code 更适合 GROMACS 用户
本帖最后由 mcard 于 2026-1-14 16:42 编辑

最近一直在使用Visual Studio Code（简称VS Code）进行研究，尤其是他集成了 SSH、terminal、文件管理、代码支持等诸多功能于一身的整合性让他成为开展计算化学研究中的一把利剑。

考虑到 gromacs 及其配套工具链软件会产生许多的文件，其中的多数格式尚未被 VS Code 高亮支持，因此决定花费一些时间开发这样一款VS Code 插件——GROMACS Helper for VS Code，为常见的文件提供高亮、编辑辅助和轨迹查看。

求求了，github仓库点个star吧


2025年12月-2026年1月更新

1. Gromacs运行状态监控

(, 下载次数 Times of downloads: 6)

默认监控本地计算机（如果连接了ssh则监控ssh主机），如果需要在本地监控远程主机可以按Ctrl+Shift+P,执行命令：GROMACS Helper: Manage GROMACS Monitor Targets,根据提示配置远程主机（推荐使用密钥免密登录）。智能识别多种不同的日志文件和输出格式，提供运行进度（部分输出格式可以推算出完成时间的，提供完成倒计时）。支持同时监控一台、多台计算机上的多个运行任务，自动轮换显示。

2. 分子结构查看（gro、pdb）

由于我目前常用的主要是这两种格式，所以目前只做在菜单中支持了这两种格式，实际上本项目基于mol*项目开发，支持格式很多，后续根据大家反馈进完善相应功能。（功能预览同3. Gromacs轨迹查看）

使用方式，在对应结构文件上点击右键在菜单最下面找到Open in Mol* Viewer，或打开结构文件，在文件右上角找到一个小眼睛图标

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

如未找到（Cursor），点击三个点找到对应菜单即可。

3. Gromacs轨迹（xtc、trr）查看

考虑到一些较大的轨迹文件跨网络传输比较慢，有时只需要初步查看结果便不想下载完整轨迹文件，提供对大轨迹文件的流式加载功能，做到GB级轨迹秒开，越大的轨迹文件加速效果越是明显。

使用方式：右键轨迹文件，在菜单最下面找到Open in Mol* Viewer，按提示选择对应的结构文件（gro或pdb）即可打开轨迹。

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

程序会提示是一次性加载进入内存，还是流式读取轨迹。一次性加载进入内存只适合较小的轨迹文件，如果轨迹较大会导致vscode闪退，建议使用vmd等其他工具查看。流式加载则没有这个限制。流式加载的原理是通过分片读入轨迹，计算各帧数据的起始位置和偏移量，等渲染时读取对应轨迹帧，并进行一定帧数的缓存，加快轨迹首帧显示时间并减少内存占用。对于租用超算或课题组带宽较小的用户非常有帮助。

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

由于本功能定位是对结果进行初步查看，不涉及更多复杂功能，所以仅对mol*轨迹的查看功能进行了简单的二次开发：允许用户拖动播放轨迹进度和跳转到指定帧数。其功能复杂度远不如论坛中其他研究人员开发的详尽（如Qbics-MolStar，@coolrainbow）。流式加载功能和轨迹进度跳转在本地和远程ssh服务器上都可以使用。

小tips,如果服务器版本太老用不了最新的vscode,可以用Cursor替代。




以下是旧介绍

目前已经支持的文件类型包括.mdp、.top、.itp、.gro、.pdb、.ndx、.xvg、.inp，具体支持功能如下表所述。

文件类型 扩展名 描述 功能支持
MDP.mdp 分子动力学参数文件 语法高亮、智能补全、悬停提示、错误检查、语义着色
Topology.top, .itp 拓扑结构文件 语法高亮、符号导航、代码折叠
Structure.gro, .pdb 结构坐标文件 语法高亮、符号导航、残基语义着色
Index.ndx 索引组文件 语法高亮、符号导航、代码折叠
XVG Data.xvg 绘图数据文件 语法高亮、交互式图表预览、数据分析
Packmol.packmol, .inp
 Packmol 输入文件 语法高亮、结构预览、格式化、智能补全


功能预览

1. MDP 文件

(, 下载次数 Times of downloads: 136)

完整、全面的语法高亮支持（基于 Gromacs 2025.2 版本）

(, 下载次数 Times of downloads: 123)

支持所有参数的详细说明、自动参数检验、重复参数提示。

(, 下载次数 Times of downloads: 124)

快速格式化，对齐空格

(, 下载次数 Times of downloads: 123)

输入时补全提示

(, 下载次数 Times of downloads: 124)

使用`；；；`标记可折叠区域


2. TOP、ITP 文件

(, 下载次数 Times of downloads: 122)

高亮和折叠

(, 下载次数 Times of downloads: 126)

大纲视图可以展示拓扑结构，快速跳转

(, 下载次数 Times of downloads: 118)

部分参数组添加了提示

3. PDB、GRO 文件


(, 下载次数 Times of downloads: 122)

不同类型残基提供单独颜色空间

(, 下载次数 Times of downloads: 123)

PDB 文件分析，缺失残基和低精度结构自动警告

(, 下载次数 Times of downloads: 123)

基于链、残基和原子的详细大纲视图

3. NDX 文件




可折叠视图

(, 下载次数 Times of downloads: 123)

提供大纲视图

4. XVG 文件


(, 下载次数 Times of downloads: 122)

XVG 文件高亮



XVG 文件简单预览和导出（支持多列 y 轴数据）

4. INP 文件


(, 下载次数 Times of downloads: 124)

INP 文件同样支持高亮、语法提示、参数检验





各种各样的 packmol 输入文件预览

安装


(, 下载次数 Times of downloads: 125)


任何BUG、问题、功能需求欢迎留言反馈或在 GitHub 提交 issue


喜欢的话请给仓库点个 Star








作者
Author: neocc    时间: 2025-6-30 16:35
如果再结合gpt，读取top和mdp的文件内容，提供paper的结果讨论范文就更完美了
作者
Author: 大村驴    时间: 2025-7-1 13:51
比我那个好
作者
Author: greatzdk    时间: 2025-7-1 17:26
好东西啊 厉害了
作者
Author: mcard    时间: 2026-1-14 16:53
更新了几个新功能，欢迎大家试用反馈。（小顶一下）



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