计算化学公社

标题: 离子片段相互作用计算设置求助 [打印本页]

作者
Author: moziyuan 时间: 2025-6-24 20:05
标题: 离子片段相互作用计算设置求助
本帖最后由 moziyuan 于 2025-6-24 20:23 编辑

请问各位，像下面这个体系计算相互作用的话片段电荷如何设置？整体是带两个正电荷的三氮唑和三个氨气分子，结构优化后质子转移了，计算质子化的氨和三氮唑的相互作用时，片段电荷是设置为+3和-1吗？我尝试了这个设置，但结果与别人文章和实验结果不太相符
中间三氮唑的电荷用ADCH电荷算了基本是不带电的

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-6-24 22:26
1，为什么不加溶剂模型？这会影响质子是否转移

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-26 05:36
如果要重复别人的文章，仔细看：
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

主动说清楚你希望计算哪个片段和哪个片段的相互作用、实际目的是什么。否则没法回答

作者
Author: moziyuan 时间: 2025-6-27 10:12

sobereva 发表于 2025-6-26 05:36
如果要重复别人的文章，仔细看：
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/67 ...

sob老师好，我体系里初始是一个带+2电荷的三氮唑和三个NH3分子，结构优化后三氮唑阳离子的三个质子显然转移到氨上了，我的目的是计算三氮唑阳离子对氨气的吸附作用，这应该是需要计算二者的相互作用，由于三个质子转移了，此时我认为应该不能计算三氮唑和氨气两个片段的相互作用，而是失去质子后的三氮唑和三个氨正离子的相互作用，但是对于这种情况下如何设定片段电荷有些疑惑。
以上的结构优化是在气相下进行的，暂时未加溶剂，实际实验的溶剂是三氮唑阳离子和四苯基硼离子形成的离子液体。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-6-27 12:51

moziyuan 发表于 2025-6-27 10:12
sob老师好，我体系里初始是一个带+2电荷的三氮唑和三个NH3分子，结构优化后三氮唑阳离子的三个质子显然转 ...

问题是这样的质子转移很合理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-30 05:42

moziyuan 发表于 2025-6-27 10:12
sob老师好，我体系里初始是一个带+2电荷的三氮唑和三个NH3分子，结构优化后三氮唑阳离子的三个质子显然转 ...

算带净电的物质，实际是溶剂环境下的情况，一定要考虑溶剂模型，很容易产生定性影响（如决定是否会自发发生质子转移）。
通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
http://sobereva.com/431（http://bbs.keinsci.com/thread-10607-1-1.html）

先带上再说

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