计算化学公社

标题: 含有B原子的DFOB阴离子如何生成OPLS-AA力场 [打印本页]

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Author: sci-666 时间: 2025-6-25 21:52
标题: 含有B原子的DFOB阴离子如何生成OPLS-AA力场
ligpargen无法识别含有B元素的DFOB阴离子，还有什么办法可以生成DFOB的基于OPLS-AA的itp文件吗，目前已经用gaussian进行DFOB的pdb文件构建

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Author: sobereva 时间: 2025-6-26 02:38
推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF+UFF结合RESP电荷的拓扑文件，B用UFF的范德华参数，其它元素用GAFF的范德华参数，所有成键相关项直接让sobtop自动猜谐振势的力常数或者通过mSeminario/m2Seminario方法算出来

作者
Author: sci-666 时间: 2025-6-26 12:58

sobereva 发表于 2025-6-26 02:38
推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF+UFF结合RESP电荷的拓扑文件，B用UFF的范德华参 ...

感谢老师，我尝试一下，有人说也可以先构建除B之外的部分，用比如C什么的代替B，先用lig生成“伪itp”，然后再把C替换为B，这样可取吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-27 06:47

sci-666 发表于 2025-6-26 12:58
感谢老师，我尝试一下，有人说也可以先构建除B之外的部分，用比如C什么的代替B，先用lig生成“伪itp”， ...

没必要绕弯路

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Author: 璃陌51129 时间: 2025-8-24 10:15

sobereva 发表于 2025-6-26 02:38
推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF+UFF结合RESP电荷的拓扑文件，B用UFF的范德华参 ...

老师，依你所述推荐DFOB-采用GAFF+UFF结合的力场，但是我看的一些关于电解液模拟的力场常用OPLS-AA力场，我想问一下这两个力场可以混用吗，电解液中其他分子或者离子用OPLS-AA，DFOB-采用GAFF+UFF？还是说要统一，如果DFOB-采用GAFF+UFF，其他分子也要用GAFF+UFF

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-25 02:54

璃陌51129 发表于 2025-8-24 10:15
老师，依你所述推荐DFOB-采用GAFF+UFF结合的力场，但是我看的一些关于电解液模拟的力场常用OPLS-AA力场， ...

GAFF描述离子液体也很适合，看J. Phys. Chem. B 2015, 119, 18, 5882–5895

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Author: 璃陌51129 时间: 2025-8-25 15:53

sobereva 发表于 2025-8-25 02:54
GAFF描述离子液体也很适合，看J. Phys. Chem. B 2015, 119, 18, 5882–5895

好的老师，那就是说力场都要保持一致了？要用的话所有分子离子全都用GAFF

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-26 05:48

璃陌51129 发表于 2025-8-25 15:53
好的老师，那就是说力场都要保持一致了？要用的话所有分子离子全都用GAFF

是

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