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标题: 二氧化碳分子结晶模拟求助 [打印本页]

作者
Author: caligo 时间: 2025-6-26 11:18
标题: 二氧化碳分子结晶模拟求助
老师们好，我根据基于如图所示的文献内容，进行了120K时，0.6MPa-5MPa的二氧化碳过冷结晶模拟，使用EMP2模型，文献中是通过LAMMPS模拟的。文献中是先建立一个220K时的液态二氧化碳体系，因此我建模的盒子尺寸基于目标温度压力对应的密度设置为6.3nm，通过gmx insert-molecules填充了4000个分子，在能量最小化之后通过1ns的NPT进行预平衡，热浴使用了V-rescale方法，压浴使用Berendsen方法。预平衡结束后，通过NPT使体系温度维持在120K，模拟8ns，热浴使用了V-rescale方法，压浴使用Parrinello-Rahman方法，没有出现结晶现象，后面尝试延长模拟时间和使用退火方法，都失败了。想问一下老师们是选择的力场模型不合适还是模拟参数有问题呢？NPT的mdp文件如下所示，同时也上传了NPT的mdp文件。
define =
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 8000000; 8ns
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.3
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.3
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 120
;
Pcoupl    = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.5
ref_p = 6
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

作者
Author: pptly12 时间: 2025-11-12 11:30
您好，请问您这个问题解决了吗。我正在做超临界CO2相关模拟，但是在预平衡后，密度误差都非常大。论坛里有老师提出，采用了虚拟点位的问题能减小误差，但是在降温的过程中，分子还是呈现气体分布，没有凝结的趋势。感觉也不太对。

作者
Author: caligo 时间: 2025-11-23 08:59

pptly12 发表于 2025-11-12 11:30
您好，请问您这个问题解决了吗。我正在做超临界CO2相关模拟，但是在预平衡后，密度误差都非常大。论坛里有 ...

您好，我最后用了论坛一位大佬整理的带虚拟位点的TraPPE-small模型做出来可以结晶了。

作者
Author: pptly12 时间: 2025-11-24 11:35

caligo 发表于 2025-11-23 08:59
您好，我最后用了论坛一位大佬整理的带虚拟位点的TraPPE-small模型做出来可以结晶了。

谢谢您的回复，我也用了TraPPE-small模型+虚拟点位的方法，确实在预平衡后误差降低到5%以内。但是我发现在NVT降温过程中，CO2分子凝结形成团簇，用gmx clustsize分析，团簇温度远低于设定的冷凝稳定，比如设定温降到323K，团簇温度为250K，感觉这样好像不太对。不知道您分析过结晶后的温度么，谢谢

作者
Author: caligo 时间: 2025-11-28 15:52

pptly12 发表于 2025-11-24 11:35
谢谢您的回复，我也用了TraPPE-small模型+虚拟点位的方法，确实在预平衡后误差降低到5%以内。但是我发现 ...

您好，我后来又使用同一个模型模拟了二氧化碳冷凝过程，但是在进行团簇分析的时候没有选择输出团簇温度，不过我是纯组分体系，刚刚用gmx energy输出了一下温度是正常的

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