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标题: 用Obabel生成3D结构时报错 [打印本页]

作者
Author: virushyt 时间: 2025-6-26 14:21
标题: 用Obabel生成3D结构时报错
各位大神，我最近将化合物库(sdf格式)转换成mol2的时候出现了问题。将一个小库中1458个化合物转换成mol2格式，并生成3D结构的时候，仅有1074个化合物成功转换。
具体情况如下：
（1）Obabel Version： 3.1.1
（2）obabel *.sdf -omol2 --gen3d
运行后，就会有部分分子出现以下报错：

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*** Open Babel Warning  in CorrectStereoAtoms
  Could not correct 3 stereocenter(s) in this molecule (Promestriene)
  with Atom Ids as follows: 10 13 15
Warning: Stereochemistry is wrong, using the distance geometry method instead

==============================
*** Open Babel Warning  in ReadMolecule
  Failed to kekulize aromatic bonds in MOL2 file (title is 431542)

==============================
*** Open Babel Warning  in CorrectStereoAtoms
  Could not correct 4 stereocenter(s) in this molecule (Epiandrosterone)
  with Atom Ids as follows: 1 6 13 14
Warning: Stereochemistry is wrong, using the distance geometry method instead

我尝试添加力场( obabel *.sdf -omol2 --gen3d --ff MMFF94)或者使用conformer（obabel *.sdf -omol2 --gen3d --conformer --nconf 20 --weighted），也不能改善以上情况。

希望各位大神能指导我解决这个问题。谢谢！

作者
Author: student0618 时间: 2025-6-30 11:46
有时obabel 换回旧版2.4.1可解决一些问题，因为2.4 x和3.x生成3D结构的方法不同。

当然有时可能是那SMILES它新旧版本都处理不了。

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