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标题: VMD怎么实现单氨基酸对，不重复的氢键占有率统计 [打印本页]

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-6-26 17:38
标题: VMD怎么实现单氨基酸对，不重复的氢键占有率统计
各位老师好！
我通过Extensions的hbonds分析轨迹的氢键占有率，发现有一些氨基酸对超过100%，我网上查阅说是该操作可能会重复统计某一帧中断裂再连接的氢键。这样可以说明这两个氨基酸之间形成氢键较多吗？该怎么实现同一帧中某氨基酸对形成的氢键只统计为1？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-26 17:53
你查到的说法是错误的
当前情况是因为两个氨基酸残基之间可以同时形成不止一条氢键，比如精氨酸侧链有多个氢键给体。在VMD里看轨迹时把氢键显示出来一看便知

作者
Author: Wqyin 时间: 2025-6-26 18:19

sobereva 发表于 2025-6-26 17:53
你查到的说法是错误的
当前情况是因为两个氨基酸残基之间可以同时形成不止一条氢键，比如精氨酸侧链有多个 ...

原来如此。请问老师，VMD能实现按照氨基酸对统计，而不是按照氢键条数统计吗？需要如何实现？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-27 06:44

Wqyin 发表于 2025-6-26 18:19
原来如此。请问老师，VMD能实现按照氨基酸对统计，而不是按照氢键条数统计吗？需要如何实现？

界面里选Residue pairs

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