计算化学公社

标题: 求助：计算RESP前泛函与基组的选择 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 2025-6-26 19:54
标题: 求助：计算RESP前泛函与基组的选择
求助各位老师，在Multiwfn中计算RESP电荷需要将chk文件转化为fch格式，那么这个chk文件必须是经B3LYP/6-311G**优化得到的结构吗？别的基组与泛函可以吗？我优化结构主要是用于后续分子模拟，不大懂得优化结构时泛函与基组的选择。感谢各位老师的解答。

作者
Author: oillio 时间: 2025-6-26 20:03
我现在用的是B3LYP/6-31G对一个原子数在140左右的环肽在Gaussian中进行优化。我前两天又用B3LYP/6-311G**进行优化，但已经过去两天仍然没有结束。不知该如何解决，如果有不妥当，还请老师指正，谢谢老师。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-6-26 21:18
环肽直接用amber力场电荷就行了。

作者
Author: student0618 时间: 2025-6-26 21:24
标准残基的话如楼上所说。

补充一下有非标准残基才需要再算，参考sobtop/Multiwfn手册把残基挖出来封端只算它就可以，不用算整条链。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-27 03:54

oillio 发表于 2025-6-26 20:03
我现在用的是B3LYP/6-31G对一个原子数在140左右的环肽在Gaussian中进行优化。我前两天又用B3LYP/6-311G**进 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

6-31G的计算结果通常毫无意义，认真看下文补充常识
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

自行监控优化过程别傻等着白浪费时间

没量子化学计算常识就直接用下文的脚本或者与脚本相同的级别计算，非常普适、精度足够且耗时并不太高
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

单纯对于普通环肽来说，直接用AMBER力场自带的各种标准残基的原子电荷就完了，和普通蛋白质一样处理，不需要也不建议自己额外计算RESP电荷。

作者
Author: proszx 时间: 2025-6-27 17:26
basis set达到一层层级基本就不敏感了，可以实际去测试，遵循AMBER参数化的步骤就行

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