公社群聊Q&A整理：2016.12.26 20 ~ 2016.12.28 18 Concate - 计算化学公社

2016.12.26 19:09:43
Q:
[图片]，请教各位，这样编写sdd基组对吗？
极化函数
A:
给硫就用这么破的基组，完全不协调
Q:
我体系里面都加上了
是不是第三周期的都不用加极化函数，老师？
A:
！
不加极化=作死
Q:
加个d够吗
A:
这是底限
对于后HF光一层d完全不够
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2016.12.26 19:13:11
Q:
计算有几分子的吸收光谱，用b3lyp依然是比实验值小50nm左右，有什么好的办法吗？
有机分子？
A:
尝试PBE0
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2016.12.26 19:16:02
Q:
请问我们计算HOMO、LUMO轨道能量的时候，是以计算频率的精度还是以计算单点的精度呢？这两种精度计算的结果还是有不少差异的
A:
意义不明
算频率和做单点默认用的SCF收敛限是完全相同的，得到的轨道也完全相同
Q:
比如说用opt b3lyp/6-31g(d)这样的关键词和用B2PLYP/6-311+G**这样的关键词，计算的LUMO HOMO 轨道能量是不一样的
A:
级别不同能一样才怪
Q:
是的，所以我的意思是计算LUMO、HOMO轨道能量时，需要高精度基组么，还是像结构优化的级别就可以了
A:
过时是精度过时，没说会出错
HOMO、LUMO轨道能量没有所谓的“精确”的概念，本身就是单电子近似下得到的理论上的概念而已
Q:
是这样，但是当我们要拿HOMO、LUMO、Gap说事的时候，不是要给一个靠谱的值么，即使是这样一个“”理论上的概念”，我觉得如果它随着计算精度提高而收敛的话，我们就有必要提高一下精度
A:
提高计算精度不代表会使之“更准确”，因为根本就没有一个精确的值
就在平时算单点时候将之作为副产物来收割就完了
Q:
可能我没有表达清楚，其实计算化学里面好多东西只是理论上的概念，实验很难测出来，这些概念可以从某些方面描述物质的一些性质
所以我们关心的是该数值是不是会随着计算精度而收敛，如果收敛，那么我们就可以提高计算精度得到一个可以相互比较的参考值
如果本身该数值不能随着计算基组的增大和理论方法的完备而收敛，其实就应该不能作为一个描述物质性质的概念
A:
没有什么标准，强弱问题
不要以为随着基组增大能收敛的性质就能有什么意义
不同基组算出来的轨道能量根本不同，根本没有什么所谓的收敛性，你如何判断什么才叫合理？Full CI这样最完美严格的理论方法根本不能给你轨道能量，因为脱离了单电子近似
Q:
只有宏观性质才能够为实验和理论同时证实，否则单纯的理论或者实验是无法作为判断依据
A:
第二句打错了，“不同基组算出来的轨道能量根本不同”是“不同泛函算出来的轨道能量根本不同”
非要讨论这种概念，只能约定一个计算级别，各种体系轨道能量、gap都在这一级别进行计算，横向比较，这样理论意义上的含糊性起码很大程度抵消了
此时一般用B3LYP/6-311G**就足矣
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2016.12.26 19:17:27
Q:
[图片] GAUSSIAN还不能计算双光子吸收界面吧
A:
不能
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2016.12.26 19:17:48
Q:
老师，请问一个赝势相关的问题，我想算一个六配位的[Zn(H2O)6]2+，用Lanl2DZ算能行么？
A:
这么点体系起码用lanl2TZ
lanl2DZ已经愈发过时了
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2016.12.26 19:25:21
Q:
如何计算一块岩石的homo
如果是晶体呢
不是分子
不同的周期还是？
A:
做周期性计算，不同k点有不同的轨道能量，组合起来是能带图
Q:
我看有些人用分子的homo与Fe的费米能及做对比，5.多ev，而Fe原本是导体，如果看homo应该非常小
A:
你先看点基础的第一性原理计算有关的书，诸如Density Functional Theory: A Practical Introduction，弄清楚基本概念再去讨论和计算
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2016.12.26 19:25:27
Q:
请教一下各位老师，从chk文件的轨道图判断两原子间明显成键了，但用NBO分析这两个原子间却没有成键，这种情况下到底是成键还是没成键呢，哪个更可信呢？
A:
用Multiwfn算Mayer键级
靠NBO有没有找到BD来判断是否成键是坑爹
Q:
算出来两个原子之间的Mayer键级等于0.8690，这成键了吗？ Mayer键级值达到多少的时候就能说明成键了呢
A:
显然成键
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2016.12.26 21:43:54
Q:
with the APF-D hybrid DFT method，请问这是个什么方法?与通常的B3LYP有什么区别
A:
没必要用
带色散校正的一种杂化泛函
Q:
想重复一下文献，他结果[图片]
我如下输入报错，不知道哪里的问题：
# opt=(calcfc,tight) freq uapfd/6-311+g(2d,p) int=(ultrafine,acc2e=12)
A:
>=D.01版本才支持APFD
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2016.12.26 22:32:34
Q:
请问双杂化泛函都是gaussian非内置的吗
A:
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
Q:
B2PLYP/cc-pVTZ IOp(3/125=0220005200,3/76=1000006900,3/77=0310003100,3/78=0440004400,3/74=1004) empiricaldispersion=GD3BJ
基组的话也不能换吗
A:
怎么不能
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2016.12.26 22:36:27
Q:
弱弱的问
高斯基组里contracted gaussian function是啥
A:
看群共享里基组入门资料小合集
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2016.12.26 22:52:58
Q:
[图片]请问老师，这是什么错误
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
自己去EMSL拷定义
Q:
考过了但是还是错误
我在好好看看吧
A:
格式根本没弄对！仔细看博文
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2016.12.26 22:54:51
Q:
各位老师，求 MS2017版安装包，在公社下载不了了，非常感谢各位老师~
A:
2017没lic，现在下了也没法用
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2016.12.27 00:14:00
Q:
请问，加了弥散基组的计算，采用SCPA方法分析轨道组成的时候，和轨道分布图的分布情况差别蛮大的，请问要怎么办呢？谢谢~
A:
去掉弥散
要么用别的方法分析，诸如Hirshfeld、Becke、NAO
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2016.12.27 00:18:07
Q:
求助一个关于mulliken population的问题，我想知道oxygen atom valence shell mulliken population. 我用pop=full的命令，输出一个full Mulliken population analysis,我看了oxygen atom的结果，感觉很奇怪，，，
[图片]
后面陆续出现多次这样的''矩阵''
那么valence shell mulliken population 就应该是2s, 3s, 4s, 5p, 6p, 7p, 8d, 9d, 10f的轨道population的和，，，
A:
这是系数矩阵，和你要的信息不一码事
最省事的做法是pop=NPA，直接给你每个原子轨道的布居数
Q:
好，那我试试
我也觉得这些数据有点奇怪
奇怪的607错误[图片]
[图片]这是输入文件
A:
你当前的计算太特殊，NBO 3.1处理不了
要么换成更新的NBO版本，要么一点点把输入文件从特殊调整到普通，反复试，看什么时候NBO能正常处理
Q:
算了，我这个激发态的计算本来就复杂。我前面的师兄是讨论valence mulliken population,我就纳闷他怎么得到这个数据的
[图片]
A:
高斯输出文件末尾就直接给你Mulliken电荷，用不着NBO分析
Q:
是的，所以在针对R（countr）的分析，我就直接用这个mulliken charge,问题是这个mulliken charge是整个atom的，没有区分core，valence，，，
A:
用Multiwfn做Mulliken分析可以给出每个基函数的布居数，根据基组特征可以弄清楚哪些基函数对应内层哪些对应价层，看相应基函数的布居数就完了
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2016.12.27 00:43:56
Q:
[图片]咨询一下，这样的时能曲线如何做？谢谢指点
谢谢，/呲牙
A:
用origin绘制出energy profile图，放到powerpoint或ps里，再用曲线工具在上面画曲线就完了
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2016.12.27 00:50:15
Q:
请问下，6-31++g中的6/-/31/g分别是什么意思？谢谢各位老师了
A:
看群共享里基组入门资料小合集
Q:
因为比较急，/糗大了
好的，去找找看
A:
现在的新人普遍就是懒
Q:
呵呵，我才进群，之前也不清楚有什么文件资料，我只是暂时用下，以后都不会涉及到，真是辛苦各位了。那也很感谢群主的指点
A:
别贴一大堆信息，严重刷屏，直接上传输入文件就完了
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2016.12.27 01:05:26
Q:
老师：您好！请问高斯出现这种错误怎么解？加上nosymm,还是不行[图片]。谢谢
A:
贴关键词
Q:
[图片]
A:
wb97xd都自带D2色散校正了你还额外加D3校正干嘛
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2016.12.27 01:21:08
Q:
请问sob老师，如果用B2PLYPD3计算的团簇结合能时，团簇的能量是不是应该读取输出文件中：Counterpoise corrected energy = *********所对应的能量？然后减去单体单点能输出文件中：SCF Done: E(RB2PLYPD3) =*******对应的能量？谢谢
为什么我计算的结果非常离谱呢？用M06-2X-D3等其他方法不存在这个问题，计算出的结合能也比较合理。
A:
双杂化泛函要取输出文件末尾的MP2=后面的值，你取的这个只是双杂化泛函当中杂化泛函那部分的能量，显然不对
Q:
噢噢，原来是这样！那请问sob老师， E(RB2PLYPD3) =*******对应的能量是什么意思呢？
A:
直接取counterpoise任务末尾输出的complexation energy 后面的值就完了，这就是考虑BSSE后的相互作用能
都说了，双杂化泛函当中杂化泛函那部分的能量
Q:
那直接取counterpoise任务末尾输出的complexation energy 后面的值是不是没有考虑复合物的形变能？@Sobereva
A:
没考虑
Q:
嗯嗯，那老师我之前写的那种计算方法是不是算是考虑了形变能的因素？
A:
如果你单体能量计算前优化过单体，是这样
Q:
嗯嗯是优化过的谢谢 sob老师 @Sobereva
还有一个问题是：我想计算S1态的复合物结合能。输入文件是：#p td B3LYP/6-311+g** EmpiricalDispersion=GD3BJ Counterpoise=2。
输出文件中：
Counterpoise corrected energy = -953.665915833337
BSSE energy = 0.027216410759
sum of monomers = -953.265840943674
complexation energy = -268.13 kcal/mole (raw)
complexation energy = -251.05 kcal/mole (corrected)
这种结果有点太离谱了，我实在不知道什么原因，请问sob老师 @Sobereva
A:
牵扯TD的时候甭用counterpoise，否则高斯被搞糊涂你也被搞糊涂
Q:
最后输出的 complexation energy 明显不对~~
那就是说直接不考虑BSSE影响？
A:
非要考虑也可以，但自己手动用鬼原子实现，这样放心
Q:
谢谢您~ 请问sob老师这种方法您有相关的帖子介绍吗？
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2016.12.27 02:13:31
Q:
请问在multiwfn做NCI，RDG等值面想画的“圆润”一点，格点数采用自定义，这个间隔设多大就足够了？0.05 or 更大？
A:
0.15 Bohr一般足够小了
Q:
那high的间隔是多大？
A:
low/medium/high这都是设定的总格点数目，体系越大间隔越大。
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2016.12.27 02:55:07
Q:
老师，我们的培训班20号下午大约几点结束？ @卖萌君
A:
五六点
Q:
好的
A:
重要性越低的内容会被安排在越后头
Q:
20号正好是小年啊[表情]，大家一起过小年了。
那么20号下午讲的还有没有比较重要的部分？
[图片]
我咋感觉都挺重要的
来了就坚持到最后吧
A:
重不重要因人而异
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2016.12.27 03:15:08
Q:
请问老师，我计算Ag8Cu2团簇使用基组lanl2tz(f)看过博文了，感觉没有什么问题，但是还是错误，是不是2个原子定义赝势有什么区别？
A:
上传输入文件
Q:
这是我的输入文件用的是windows版
A:
TPSS要写成TPSSTPSS
坐标和基组定义之间要空一行
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2016.12.27 03:24:47
Q:
我想请问一下，我计算激发态频率，算了8天了，比预想的长，之后出错了，错误提示是 Symmetry not used in FoFCou.是rwf临时文件满了吗？pbs文件已经命令过算完的任务会自动删除临时文件，可是怎么还会出现这种现象呢？
# Delete the tmp File
rm -rf /data/tmp/$USER/rwf
rm -rf /data/tmp/$USER/$PBS_JOBID
并没有报错
A:
这不是错误提示
Q:
老师我写错了，没有报错，正常结束的任务但是却是以Symmetry not used in FoFCou.结尾
A:
因为外力或者bug导致中断，原因很难说
[图片]
Q:
谢谢老师原来是这样，那我这个应该不能接着这个任务算了，必须重算吧？
A:
在原先关键词基础上，在freq里写上restart试试，运气好能续算。%chk必须指定原先的
Q:
[图片]老师如果有rwf文件可以直接写restart不写任何关键词吗？
A:
TDDFT频率是数值频率
Q:
谢谢老师讲解我去试试运气
[表情][表情]
/握手/抱拳
我之前忘记说了，您怎么知道我是tddft计算的呢哈哈之后还没认真看标题
A:
难道还能用CIS
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2016.12.27 03:40:25
Q:
sob老师好，通过在论坛的帖子咨询，参考您给的回复。我查阅了cu的范德华半径为140pm
我修改的文件为：
#p pbe1pbe/genecp td prop=(fitcharge,field) iop(6/22=-4,6/29=1,6/30=0,6/17=2) pop=readradii
文件的末尾为：
cu 140pm
C H N P Cl 0
6-31G*
****
Cu 0
lanl2dz
****
Cu 0
lanl2dz
但是这样计算出错： General basis read from cards: (5D, 7F)
No pm atoms found in this molecule.
是不是我后面cu的半径写的不对？谢谢老师
A:
格式不对。
Q:
cu 140pm不对是吧？如何修改呢？谢谢老师。
A:
比如分子坐标末尾空一行写比如Br 1.8来将Br在拟合时用的半径设为1.8埃。
Q:
偶，我先试试，谢谢sob老师。
sob老师好，我查看帖子，你在之前一个帖子中回复：[图片]
这里我的cu（140pm）我是这样写的：[图片]，输出提示为：[图片]不能用小数吗？谢谢老师
A:
怎么可能0.14，半径单位是埃
Q:
偶，刚刚算错了，那140pm=1.4埃是吧？输入也是提示错误呢？[图片]需要整数吗？谢谢老师指点
A:
放到赝势定义后头再试
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2016.12.27 04:10:40
Q:
老师，做opt和freq，为什么有的时候4个yes在零点能之后给出，有的在零点能之前给出
A:
总会在之后给出。除非你用了calcall，此时由于始终都是用精确Hessian，没必要在freq后再重新基于精确Hessian判断一次，故之后不会给出
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2016.12.27 04:27:06
Q:
老师您好，请问下面的方法部分，[图片]是仅仅用了CCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12的方法算单点的吗？其中黄色部分是什么意思？是在上述方法上又进行了一些设置吗？还是对方法的解释呢？
A:
就是这个算了个单点
Q:
老师，用orca中的SSCD（T）-F12方法算单点，中性电子，没有未成对电子，下面的输入文件中哪种写法正确呢？[图片]
A:
先拼对了再说
看手册
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2016.12.27 04:34:30
Q:
请教一个问题，算的Rh体系，B97D泛函，基组用sdd,或者/Lanl2dz都可以吗？
A:
y
前者精确得多
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2016.12.27 04:36:48
Q:
老师过度态协同的那种都是靠猜么…
A:
y
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2016.12.27 04:39:09
Q:
[图片] 怎么没有mulliken population analysis??
A:
用.fch文件
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2016.12.27 04:41:27
Q:
请问如果计算配合物不给中心金属加基组，得到的能量有物理意义吗？
A:
无
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2016.12.27 05:09:43
Q:
老师 Linux下产生wfn的文件末尾这样写对吗？[图片]谢谢
A:
对
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2016.12.27 05:51:03
Q:
[图片] 老师，算这个分子的opt、看能量用什么方法和基组比较好？
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
泛函B3LYP或M06-2X
Q:
b3lyp/6-31G**行不行？
A:
可以
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2016.12.27 06:07:09
Q:
Multiwfn中计算ELF时用了[图片]这个选项是不是就表示只计算我所输入的几个原子之间的作用，而不考虑其他原子对其影响？
A:
正确理解是：先照常计算函数，然后把距离选定的原子较远的区域的数值都设成0（具体来说，是给函数乘上了片段的Hirshfeld权重函数）
Q:
两者之间谁更能体现其真实作用情况呢？
A:
意义不明
此功能目的只是把不感兴趣的区域从图上屏蔽掉而已
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2016.12.27 06:13:02
Q:
明白，另外ELF图可以显示等高线的数值大小吗？
[图片]
A:
绘制等值线图的时候用这个
[图片]
Q:
[图片]
我选择了5，接着选1，出现这些信息，看起来是每个轨道的population，红色内容应该是Valence mulliken population了吧？sob
A:
对
Q:
谢谢你啊，我这样就明白了/呲牙
还有一个小小的技术问题，，，就是这些数据能输出为txt格式的文件吗？方便我做加减运算，我没找到
A:
看手册5.4节，直接从屏幕上拷数据
Q:
我觉得我的这个得到fch文件的办法很傻，浪费时间，因为我很多都是在服务器上运算的，要是重新跑一遍必然浪费很多时间，，，你有没有别的方法？比如把服务器上面的fchk文件转化为fch格式的？？
A:
fchk和fch是一码事
前者改个后缀就成fch了
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2016.12.27 06:48:34
Q:
请问sob老师，输入文件为 #p td M062X/6-311+g**，用来计算分子的S1态的单点能。
对应S1态的单点能是应该是下列中的哪一个能量？【1】还是【2】
1-Excited State 1: Singlet-A 4.5100 eV 274.91 nm f=0.0002 <S**2>=0.000
33 -> 34 0.67460
33 -> 35 0.11420
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) = -425.917304717 【1】
2-SCF Done: E(RM062X) = -426.083043322 A.U. after 14 cycles 【2】
非常感谢！
那请问【1】指的是什么呢？
我也不清楚使用哪个能量，因为我用【2】的能量，计算负荷物的结合能非常不合理，所以我在想是不是能量用错了？
复合物写错了
我使用了M06-2X-D3
试了四五种方法了
？
算出来有的是正的
肯定不对
理论上实验上获得的是第一激发态
不管几率大小，计算出来的复合物结合能也不可能出现正值啊，肯定有问题
A:
显然是1
说2的都是乱讲
Q:
嗯嗯，好的，谢谢老师@Sobereva
那请问老师 2指的是什么呢？@Sobereva
A:
激发态能量
Q:
那老师如果我现在计算激发态复合物的作用能，不是应该用复合物激发态能量减去单体激发态能量之和？/疑问
A:
显然不是
除非你假定你要研究的就是两个处于激发态的分子结合成为一个处于激发态的复合物
激发态的结合能没有严格定义方式
Q:
我研究的是苯衍生物分子（A）和Ar原子（B）的复合物，实验上复合物的激发态是激发A，所以计算激发态的A-B激发态的作用能，我理解的是用复合物激发态能量减去A激发态能量再减去B基态能量，不知道对不对？@Sobereva
A:
对
Q:
那您刚才说［2］指的是激发态能量，那我算复合物和A激发态能量的时候应该取2吗？可是算出来结果很不合理 /疑问 @Sobereva
A:
[图片]
[图片]
Q:
那刚才您说2是激发态能量，不太清楚是什么意思，麻烦老师能再解释一下吗？/晕
A:
谁说2是激发态能量了！？
2是基态能量
那个结构下算的DFT基态能量
先有了DFT基态波函数才能做TDDFT得到激发能
根据出现的能量项先后关系通过基本的逻辑也能判断出来
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2016.12.27 09:09:47
Q:
[图片]
[图片]
老师，我也出现了这种情况，该怎么办吧
A:
仔细、精确效仿视频里每一步操作
视频不是用来参考的，而是用来精确效仿的，差一步都不行
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2016.12.27 09:22:42
Q:
请问一下amber的并行怎么做，有没有参考步骤
A:
按照这个安装
Amber14安装方法
http://sobereva.com/263
运行时候前面接mpirun -np n，n代表并行进程数。并且要执行MPI版本的
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2016.12.27 15:54:55
Q:
社长，怎么从multiwfn的图形界面中退出去呢..
直接关不掉.
A:
点右上角的return
如果不是图形界面而只是显示一副图像，图上点右键
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2016.12.27 15:55:29
Q:
[图片]
A:
手滑了而已
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2016.12.27 16:04:40
Q:
老师，请问我在B3LYP-D3/6-311G**水平下计算热力学量，但我没找到其对应的校正因子，那我使用B3LYP/6-311+G**的校正因子是否可以？
A:
可
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2016.12.27 16:24:56
Q:
社长大人，求教一个问题. VMD里面导入的CUBE文件，里面的原子之间的链接在VMD里没法定义了吧..？只能单独弄一个pdb，定义链接之后再导入吗？
A:
mouse-add/remove bonds，点两个原子
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2016.12.27 17:01:02
Q:
又要麻烦社长了.. VMD里怎么保存高分辨的图片呢.. 可有教程看一下..
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
参考1.4节
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2016.12.27 17:23:04
Q:
请教一下各位：用Gaussian B.01版本能成功优化出来，用Gaussian D.01版本算着算着就停了，是因为版本的bug问题吗？[图片]
A:
是
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2016.12.27 17:30:48
Q:
请问一下，溶剂化模型里CPCM,和PCM有什么区别呢
我查高斯手册上面说[图片]
A:
甭看中文翻译的手册
CPCM是比PCM近似程度更高的模型
非要刻意用CPCM的都是吃饱了撑的
Q:
嗯嗯，好吧。有些基本的关键词还是混混沌沌的。。找手册也不靠谱啊
A:
这些在科音量化基础班都会详细讲
要么只能自己看文献去
Q:
基础班一年开几次课？
A:
一两次
Q:
都是在北京吗
A:
对
Q:
一次一般几天呢？
A:
5或6天
这里有介绍
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
好的
谢谢老师
A:
初级班会讲该用什么、怎么用
基础班会讲该用什么、怎么用、为什么该用、为什么这样用，以及什么不该用、为什么不该用
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2016.12.27 17:39:03
Q:
老师 Multiwfn可以算两个原子之间的拉普拉斯值吗
A:
刻意
可以
Q:
老师是哪个功能
A:
看你具体怎么定义“原子间”
Q:
我的是一个笼和另一个金属结合我想计算笼跟金属结合的那个原子之间的拉普拉斯值
A:
如果要考察对应的BCP，在主功能2里找对应的BCP位置，然后查看BCP处拉普拉斯值，看
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
如果要对原子间连线绘图，用主功能3，Multiwfn看手册4.3节的例子
要绘制平面图看手册4.4节的例子
对于实空间函数，“原子上”、“原子间”这种说法都是含糊不清的
----------------------------------------------------
2016.12.27 18:38:52
Q:
[图片][图片]安装abmer结束的时候出现错误了，但是输入antechamber时候看是否可以启动，结果和老师的一样，请问这样amber可以用吗
A:
只能说大抵可以
只用antechamber模块估计不受影响
Q:
[图片]我也是这样，下载时，老报错。updata 和 python 那儿都点的 n
A:
update要选y，补丁包是有意义的
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2016.12.27 18:44:17
Q:
老师，我接的问题问一个，用Gaussian B.01版本能成功优化出来，用Gaussian D.01版本算着算着就停了，是因为版本的bug问题，那linux下gaussion 09 版本A-E，那个更好用呢？
A:
最新的
Q:
好的，目前最新还是E01吗？
A:
y
Q:
谢谢老师
好的，谢谢老师
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2016.12.27 18:46:13
Q:
优化结构，有机分子-Sm相互作用的，那么Sm原子用什么基组好？
A:
sdd
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2016.12.27 18:46:14
Q:
[图片]请问老师，文献出现这种情况是什么含义，无法计算吗
A:
因为特殊原因没法计算，或者根本没法定义
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2016.12.27 19:04:19
Q:
请问，在力场计算中，什么情况下有必要 including electrostatic interaction?
A:
什么时候都有必要
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2016.12.27 19:05:56
Q:
老师，按照[图片]这篇文献中公式[图片]，我做了一个有机小分子的pKa（实验给出的是9.5），可是我的计算结果却是210。气相优化B3LYP/6-311g**，溶剂单点B3LYP/6-31g* scrf(SMD,solvent=ethanol)，能量选择out文件中的 Thermal correction to Gibbs Free Energy值，请问基组和方法影响可能这么大么？
pKa计算：气相优化B3LYP/6-311g**，溶剂单点B3LYP/6-31g* scrf(SMD,solvent=ethanol)，能量选择out文件中的 Thermal correction to Gibbs Free Energy值，请问老师我的计算方法和步骤有没有问题呢？
A:
算溶解自由能干嘛用B3LYP，明明SMD最好的级别是M052X/6-31G*
这里强调了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
按照博文里的做法计算溶剂下自由能
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2016.12.27 19:17:32
Q:
请问老师，分子动力学模拟中，体系的原子数和所占用的内存之间有没有经验估算公式？谢谢
A:
没有。不同程序用的算法、储存方式也不一样
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2016.12.27 19:34:37
Q:
[图片]卢老师gif提交服务器作业时候前两行写不写影响计算结果吗？
A:
不影响
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2016.12.27 19:41:03
Q:
社长，请教一下怎么去除这些符号呢,, VMD添加键连接以后出现的元素符号
[图片]
A:
graphics-label里面删掉
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2016.12.27 19:42:38
Q:
在VMD里两个分子类似的分子，可以把他们以某个原子对齐吗比较吗？
A:
extensions-analysis-RMSD calculator，尝试折腾一下
参考
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
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2016.12.27 20:50:37
Q:
大家好，今天在个人目录下的.bashrc下修改环境变量时，改的不对，然后导致现在什么命令都运行不了了，会出现“-bash: ls: command not found”这一类的错误提示，请问怎样才可以解决，谢谢！！
export PATH=/urs/bin
在哪里写呢
OA:
直接在命令行里面些
Q:
好的，我试试，谢谢
OA:
然后vi ~/.bashrc
把你写错的地方纠正回来
Q:
好的
谢谢
[图片]
还是不行
用vi 也不行？
不行
现在啥都用不了
OA:
那你看看ls行不行
Q:
还不行
谢谢老师
OA:
export PATH=/urs/bin
你是这样输入的么？
A:
应该是usr
Q:
晕了
export PATH=/usr/bin
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2016.12.27 20:56:48
Q:
老师，您好，我想问您一下，用高斯计算的红外光谱特征振动峰都需要乘以一个校正因子，如b3lyp/6-31g*一般的校正系数为0.96，那么采用相同的方法和基组进行紫外可见吸收光谱计算，计算所得的最大吸收波长还需要乘以校正因子吗，如果需要乘以，是乘以和红外光谱一样的校正系数吗？
A:
电子激发能计算没有校正因子一说
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2016.12.27 23:09:02
Q:
各位老师，我在安装 gromacs 的时候一直提示无法连接www.fftw.org，我自己的电脑也没法连接，我试了一下 cnn 之类的网站都没问题，这是怎么回事？是现在这个地址连不上还是我自己电脑的问题呢？
A:
如果windows主机都连不上这个是你的网有问题
2G能行
Q:
刚试了一下，Windows 下也连不上……
sob 老师，我刚接触 Linux 时间不长，想问一下您在安装 gromacs 过程中 make 做编译的步骤是对fftw做的编译吗？
谢谢老师。不过还有个问题，我看这个过程第一步是链接fftw下载文件，那我可不可以从其他地方下载了这个文件，然后跳过这个下载步骤呢？
A:
可
Q:
谢谢 Sob 老师 ,我先百度一下，看看怎么做
[表情]
A:
这种事情哪能百度，要google
自己装FFTW的情况：
[图片]
[图片]
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2016.12.27 23:35:35
Q:
用RDG分析弱相互作用的时候，可以对比同一个体系得失电子后弱相互作用（主要关心ππ键）的强弱吗？我根据sob老师的文章http://sobereva.com/68 画出sign(λ_2)ρ-RDG的颜色填充图，发现得失电子前后弱相互作用差不多。是因为这个方法不适合这样对比吗？用的分析方法是B3LYP/6-31G*
A:
说明影响不大
记得得重新优化过
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2016.12.27 23:50:59
Q:
老师能量一直这样[图片]，怎么让opt收敛，谢谢
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
一开始收敛了有虚频，我加了关键词opt=readfc,然后能量一直震荡，后来也加了关键词opt=calcall,能量也一直震荡
一开始的虚频是4.5左右
A:
[图片]
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2016.12.27 23:50:59
Q:
[图片] 老师这个怎么算的
A:
看文献啊
[图片]
Q:
sob老师这个[图片]怎么算的
A:
[图片]
去看啊
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2016.12.28 00:12:37
Q:
什么软件能够给出分子内所有原子的成健数，所有成键原子的健长和健角。非常感谢
A:
所有成键原子的健长和健角用chem3D就行
成键数的话，在VMD里容易提取
Q:
chem3D能直接给出健长和健角数据么
A:
[图片]
Q:
关键我的团簇原子数很多，而且异构体数目也有一百多
一个一个这么统计很难啊
A:
根据自己实际要求，写个程序或脚本处理
不可能有现成的程序恰好满足你的特殊需求
Q:
可见会写程序对工作进展有多重要/呲牙
好的
A:
尤其是分析繁复的几何结构、处理数目甚巨的文件，不会写程序举步维艰
Q:
写程序很多人本科时代根本就没好好培养
A:
C语言课什么也没学会，考试都不考编程，考一堆死记硬背的，课程形同虚设
网上搜程序，搜不到就自己按文献里的公式写程序，或者厚脸皮找作者要
Q:
就是，不如科研锻炼人
A:
编程纳入高考才好
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2016.12.28 00:31:03
Q:
sob老师，我想请教一下，GPU加速对于Gromac还需要额外编程吗？还是直接安装gromac的gpu版本即可？谢谢
A:
直接安装
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2016.12.28 00:35:01
Q:
请教一下，哪里可以找到一些关于 AIM和 ELF 理论方面的介绍呢
A:
看群共享里 ELF综述和重要文献小合集
以及 AIM学习资料和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
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2016.12.28 00:37:57
Q:
请问，供体和受体，怎样变化供体和受体的相对位置，搜索得到一系列稳定构型？
老师，Molclus程序是否可以进行D-A二分子的相对构型的搜索？
A:
就当成二聚体，用genmer就可以产生各种相对朝向的初始构型，并进行二聚体构型搜索
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2016.12.28 00:41:05
Q:
请问下大家，在amber里面怎么设置二硫键呢？
A:
leap里用bond命令把相应俩硫原子连上
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2016.12.28 01:16:42
Q:
老师，我计算一个吸附过程。发现相互作用能(-40kJ/mol)与吉布斯自由能变(正30kJ/mol)符号相异。请问是否可能出现这种情况?
A:
可能，说明熵效应导致此过程不易发生，尽管从焓角度来讲是放热的
水形成二聚体也是这种情况
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2016.12.28 01:35:05
Q:
老师，Trulhar的quasiharmonic校正是什么意思呢？我看了他的JPCB，可还是不理解。@Sobereva
A:
就是人为把<100cm-1的低频给调大
[图片]
truhlar那种做法比较粗糙，用grimme的更理想
用Shermo可以实现二者做法，此程序前几天群里提到过
Q:
我知道呢
只是没明白为什么这么做来着
A:
幻灯片里写得够清楚的了
Q:
名表了
A:
不明白就继续多读书和文献
Q:
明白了
好的谢谢老师
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2016.12.28 01:38:51
Q:
请问老师，用Hirshfeld方法分析轨道组成的时候，没法像SCPA那样得到某个原子的S或者p轨道对轨道的贡献是么？谢谢哈
A:
对
Q:
用Becke分析的也不可以是么？谢谢老师哈
A:
becke和Hirshfeld都只能给出原子的贡献，仔细看群共享里分子轨道成分的计算
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2016.12.28 01:39:09
Q:
请教一下高极化态计算freq正常结束用高斯view打开报错如下：
[图片]
是什么原因
A:
字号不要超过12，注意群规
直接OK，甭管它
Q:
好的，谢谢！
但是直接点击OK后，就不能看到result-vibration了：
我初学，没找到原因，还请大神帮我解惑~
A:
程序bug
对于线型分子等特殊情况容易出这个提示
一般不会影响results里看振动模式
Q:
是不是因为多重态的问题
我这个确实影响了
A:
可以姑且用chemcraft之类看振动模式
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2016.12.28 01:55:30
Q:
请问大家做激发态计算都计算频率么？tddft只有数值频率，又容易出现虚频问题，计算起来不是特别困难么？每一个激发态都需要check频率么？
这样一系列激发态计算，如果某个激发态出现虚频也没法处理吧
那基本没法完成吧，例如计算10个激发态，每个激发态都对应一个结构，如果第2个激发态出现虚频了，后面算的垂直激发能都没意义了。
我想算光谱，不是算1条激发态。不知道算光谱大家都算频率check么
[图片]
请问这种跃迁百分百什么软件可以得到呢
A:
你若算垂直激发，只需要优化基态极小点，保证无虚频就完了。不需要优化激发态
如果算荧光，优化最低一两个激发态足矣
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2016.12.28 02:34:47
Q:
老师打扰下 [图片] 这种彩色的图怎么弄得啊？
A:
看
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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2016.12.28 02:57:50
Q:
请问用ORCA计算，得到的.tmp.0 .tmp.1之类的文件是临时文件么？这些文件可以删掉吗？
A:
算完了可以删
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2016.12.28 03:09:33
Q:
请问2017年关于来量子化学和gaussian的培训是什么时候啊？
A:
待定，但上半年肯定会有一次初级量化培训
Q:
请问大概是什么时候是不是三天啊
A:
待定
4天
Q:
好的谢谢您
A:
有明确计划时在www.keinsci.com上会贴出来
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2016.12.28 03:13:57
Q:
请教一个问题，一个自旋多重态为1的双自由基和一个负离子反应，生成一个自旋多重度为1的负离子，这个过程里有没有自旋多重度变化？
比如这样：[图片]
A:
应该没有自旋多重度的变化
Q:
这个过程的电子转移过程应该是个什么样的？感觉挺好玩的
A:
可以走出IRC后绘制原子电荷随IRC变化曲线来考察
Q:
“可以走出IRC后绘制原子电荷随IRC变化曲线来考察”。老师这里是不是得生成每一步的ＦＣＨＫ文件才能用　ｍｕｌｔｉｗｆｎ算原子电荷
A:
恩。可以用这个帮助实现
产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
Q:
IRC一共跑了121个点（前后各60），产生121个fchk是不是太多了，现在除了手动，有没有可能隔两个点取一个构型（目地：减少取点个数，方便统计数据）@Sobereva
A:
自己写shell脚本删多余的
Q:
老师，从IRC提取出的结构保存为GJF跑单点，打开了其中几个，发现电荷和自旋多重度同最初过渡态的不同，这个还用再改么？还是用提取结构时默认的？@Sobereva
A:
改成实际的
Q:
“改成实际的”=最初过渡态的？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.12.28 03:13:57
Q:
各位老师，请问有没有遇到文章中明确说明因为反应路径中某个过渡态或者中间体没有找到而认为这条路径行不通的，求指导
感觉这一步未必有过渡态呢？可能就是个能量单调下降的过程
A:
可以柔性扫描看看
Q:
[图片]老师，我柔性扫描的结果是这样的，放大后发现[图片]有这样一个极值点存在，可是取出来结构优化怎么都找不到过渡态，已经把步长设的很小，用了calcall还是不行，应该怎么办呢？谢谢老师@Sobereva
这个扫描过程有个问题就是自旋状态怎么设定，到什么阶段双自由基性质就消失了？双方远离的时候一个片段是开壳层双自由基，另一个闭壳层负离子，接近的过程中某个节点就整体变成闭壳层了
A:
整个扫描过程一直用对称破缺方式来算，看扫到什么距离的时候最终结构自旋污染为0，或者自旋布居都为0，就是闭壳层了
Q:
老师，请问我这个过渡态应该怎么处理呢？
就是加上 guess=mix和nosymm来做么？如果反过来扫这个负离子解离的过程是不是会自发的出现双自由基情况
A:
是
guess里最好再写上always，并且注意写U
那种地方没过渡态
那个极大点纯粹是数值计算噪音造成的，没物理意义
Q:
老师，请问那这样的势能曲线是不是可以认为这个过程没有过渡态？老师，麻烦您再帮我看一下下面这条势能线有没有过渡态[图片]多谢@Sobereva
A:
结合轨迹判断
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2016.12.28 03:13:57
Q:
老师，Multiwfn支持的哪一种原子电荷普适性较好（对机组和算法依赖性较弱）
A:
看群共享里原子电荷计算方法的对比
----------------------------------------------------
2016.12.28 03:13:57
Q:
请问下AMBER 中指定连接二硫键的命令我这样输是不是错误了？我看手册是这样的呀
[图片]
A:
desc com.173.SG，确认这个原子确实存在\
----------------------------------------------------
2016.12.28 04:46:33
Q:
请问下老师， C H O N原子采用的M062x/6-311G**优化结构，其中的Cl, Br, I原子搭配什么基组比较合适？
A:
Cl：6-311G**
I、Br：lanl08(d)
Q:
SOB老师，优化几何结构，其中有两个I原子，而这两个原子不是很重要，只起到配位的作用保证体系中性，那么这两个I原子用什么基组比较合适？
A:
lanl2DZ
Q:
是否可以与它配位的镧系过渡金属一样用SDD？
A:
可
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2016.12.28 08:55:26
Q:
各位前辈好！能不能请教一下，做IRC时，stepsize最大可以是多少？
A:
没限制，但是太大了容易数值不稳定，报错或者轨迹不合理
通常最大也就用30
----------------------------------------------------
2016.12.28 17:22:37
Q:
大家好，我是个刚刚接触计算的新人，在优化一个大环结构时遇到了困难，加了关键词SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12也遇到震荡，不知道能不能收敛，有大神能帮我看一下么？非常感谢
A:
搞清楚几何优化不收敛和SCF不收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.12.28 17:27:13
Q:
老师好，我想问下：在对双分子缔合体间弱相互作用的计算研究中，进行HOMO-LUMO轨道分析时，是对单体进行分析还是对缔合体进行分析啊？
A:
单体
拿HOMO-LUMO分析弱相互作用完全是徒劳，毫无意义
Q:
啊？
A:
正确的分析方法都在这里
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
弱相互作用又不是共价作用，分析轨道有何用，完全忽略了最主要因素
用Multiwfn能分析的东西比这多10倍
Q:
Multiwfn也不会啊，而且后天就开题了，感觉要崩溃了
A:
有感于如今许多超懒的科研工作者
http://sobereva.com/342
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.28 17:29:38
Q:
Petite list used in FoFCou.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Erroneous write. Write -1 instead of 716800.
fd = 4
orig len = 863040 left = 716800
g_write
请问下老师，这个情况是怎么回事啊？
A:
[图片]
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2016.12.28 17:49:52
Q:
[图片]求教：高斯出现这个错误该如何解决？谢谢！
A:
重算
Q:
sob老师请问具体原因是什么？好几个文件算了10+天之后都是这样的报错（脚本规定的上限可以算20天），另外这种情况如果重算的话chk能否用？
A:
因为外力原因你的中间文件被删掉了
----------------------------------------------------
2016.12.28 17:49:52
Q:
卢老师，如果单纯的用高斯进行弱相互作用分析，可以做哪些分析呢？（实验室就这样的条件）@Sobereva
A:
重算
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复制代码