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标题: 求助：AIMD模拟分子裂解的结果分析 [打印本页]

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Author: gezq 时间: 2025-6-28 01:02
标题: 求助：AIMD模拟分子裂解的结果分析
各位老师，我对某一分子进行了AIMD模拟，结果如下图所以，其中94.5 fs的结果，是我比较想要的结果，我想说明生成了CO和氮自由基。但是随着时间的进一步推进，发现这个N原子又会连在C上，生成的CO也会连在另一个C上。想请教各位老师，从定性分析的角度，我能不能只用94.5 fs的结果说事儿？

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Author: dnlx 时间: 2025-6-28 09:11
恐怕不能。原子间是否成键，不取决于可视化程序是不是画出键来。94.5飞秒的结构不说明氮是氮原子、以及一氧化碳是单独分子。如果比较各帧的能量，这个结构可能接近鞍点，并不是稳定产物。

另外，从你说的“发现这个N原子又会连在C上”，推测你想要的“氮自由基”是三个单电子的氮。它能量极高，不应该存在于这个反应途径。

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Author: gezq 时间: 2025-6-28 15:22
本帖最后由 gezq 于 2025-6-28 16:56 编辑

dnlx 发表于 2025-6-28 09:11
恐怕不能。原子间是否成键，不取决于可视化程序是不是画出键来。94.5飞秒的结构不说明氮是氮原子、以及一氧 ...

好的，谢谢您。是这样的。我后续还会考虑N自由基之间的复合，从而生成氮气，所以，我需要从这个AIMD结果中判断生成氮气和一氧化碳的可能性，因为质谱测到了该信号，实验是在超高真空下进行，此外，根据这个trajectory中的结果，94.5 fs时，核动能是极小点，而势能是一个鞍点（如下图），请问如何判断说明不是稳定产物？此外，我看卢天老师高级量化培训班的课件上讲到AIMD模拟的时间不应该太长，但是不清楚究竟这个是否对所有的体系均适用？

(, 下载次数 Times of downloads: 33)

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Author: sobereva 时间: 2025-6-28 17:05

gezq 发表于 2025-6-28 15:22
好的，谢谢您。是这样的。我后续还会考虑N自由基之间的复合，从而生成氮气，所以，我需要从这个AIMD结果中 ...

没有具体前提的情况下“AIMD模拟的时间不应该太长”明显是不成立的，我也不知道你从哪看来的这句话，不是ppt里原本的描述

从你的截图来看，CO、N都没有独立地脱离下来，都还和其它原子有明显的成键，所以显然不能简单说裂解出了它们。像是下文的AIMD模拟，那是明显裂解出了N2
18个氮原子组成的环状分子长什么样？一篇文章全面揭示18氮环的特征！
http://sobereva.com/725（http://bbs.keinsci.com/thread-47955-1-1.html）

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Author: gezq 时间: 2025-6-28 17:13

sobereva 发表于 2025-6-28 17:05
没有具体前提的情况下“AIMD模拟的时间不应该太长”明显是不成立的，我也不知道你从哪看来的这句话，不是 ...

老师，在高级量化培训班课件第177页第206张PPT上写的：模拟时间不应该太长，否则可能会出现A、B产物之间的异构化过程

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-29 03:34

gezq 发表于 2025-6-28 17:13
老师，在高级量化培训班课件第177页第206张PPT上写的：模拟时间不应该太长，否则可能会出现A、B产物之间 ...

培训例子里跑的是势能面二分问题，和当前情况完全没有可比性

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-29 12:45

sobereva 发表于 2025-6-29 03:34
培训例子里跑的是势能面二分问题，和当前情况完全没有可比性

好的，老师，我明白了

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-29 23:26
本帖最后由 gezq 于 2025-6-29 23:31 编辑

sobereva 发表于 2025-6-28 17:05
没有具体前提的情况下“AIMD模拟的时间不应该太长”明显是不成立的，我也不知道你从哪看来的这句话，不是 ...

老师，我还想再打扰您一下。就是上述的结果中，实际上是一个聚合物，我只是用一个单体进行了模拟，否则计算量太大，我想说表达的是，实际过程中有可能会产生CO和氮气，这个氮气的由来就是氮自由基之间的复合（其他重复单元提供），如果这么简单地推测表达，是否会存在问题？（此外，二聚体的也做了，很容易SCF不收敛，跑个200多步就停止了，看不到裂解的产物，实在是没有更好的办法了，超出自己的能力范畴

）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-30 05:44

gezq 发表于 2025-6-29 23:26
老师，我还想再打扰您一下。就是上述的结果中，实际上是一个聚合物，我只是用一个单体进行了模拟，否则计 ...

至少当前的模拟结果没法证明能产生氮气
如果AIMD跑不出来，至少也得想办法通过找过渡态、跑IRC、算势垒的方式证明

作者
Author: gezq 时间: 2025-7-1 00:00

sobereva 发表于 2025-6-30 05:44
至少当前的模拟结果没法证明能产生氮气
如果AIMD跑不出来，至少也得想办法通过找过渡态、跑IRC、算势垒 ...

老师，以上述的120fs的结果为例：（1）我可以说生成了CH2=CH-N·（自由基）和CH3CO·（自由基）吗？
（2）如果可以的话，那么后期我可以考虑自由基之间的复合。由于这一步裂解过程，我预设的核动能是0.6eV/原子，如果复合后，我仍然可以考虑复合物的核动能是0.6eV/原子吗？

作者
Author: dnlx 时间: 2025-7-1 10:28

gezq 发表于 2025-6-28 15:22
好的，谢谢您。是这样的。我后续还会考虑N自由基之间的复合，从而生成氮气，所以，我需要从这个AIMD结果中 ...

你说“因为质谱测到了该【氮气】信号，实验是在超高真空下进行”——你要研究的裂解，到底是加热进行的，还是在质谱中的裂解？“实验是在超高真空下进行”不像是加热分解。而质谱仪中的裂解的反应物并不是中性分子。

作者
Author: gezq 时间: 2025-7-2 16:40

dnlx 发表于 2025-7-1 10:28
你说“因为质谱测到了该【氮气】信号，实验是在超高真空下进行”——你要研究的裂解，到底是加热进行的， ...

谢谢您的回复。我是用加热模拟质谱的裂解，分子是电离后的，并非中性分子。正好请教您，我可以说这个过程生成了CH2=CH-N·（自由基）和CH3CO·（自由基）吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-3 03:49

gezq 发表于 2025-7-1 00:00
老师，以上述的120fs的结果为例：（1）我可以说生成了CH2=CH-N·（自由基）和CH3CO·（自由基）吗？
（2 ...

1 用Multiwfn按下文绘制自旋密度图、计算片段的自旋布居，进一步确认是否可以这么说
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353（http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html）

2 温度体现原子平均动能，如果视为复合之后温度和之前一样，可以

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Author: dnlx 时间: 2025-7-3 08:43
本帖最后由 dnlx 于 2025-7-3 10:57 编辑

gezq 发表于 2025-7-2 16:40
谢谢您的回复。我是用加热模拟质谱的裂解，分子是电离后的，并非中性分子。正好请教您，我可以说这个过程 ...

三楼图片里面的势能变化太大，经常超过150kcal/mol，这些都像是完整的化学键（8电子）发生断裂，而不是有缺陷的化学键附近的裂解（比如beta断裂）【或者有计算方法的问题，我不懂】。加热裂解和质谱电离之后的裂解的途径不是一回事。建议先参考质谱裂解DFT计算的文章，推测可能断裂的位置，计算几个简化的、有代表性的反应的过渡态和能垒，然后判断AIMD模拟结果是否合理。

作者
Author: gezq 时间: 2025-7-7 18:48

sobereva 发表于 2025-7-3 03:49
1 用Multiwfn按下文绘制自旋密度图、计算片段的自旋布居，进一步确认是否可以这么说
谈谈自旋密度、自旋 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: gezq 时间: 2025-7-7 18:48

dnlx 发表于 2025-7-3 08:43
三楼图片里面的势能变化太大，经常超过150kcal/mol，这些都像是完整的化学键（8电子）发生断裂，而不是有 ...

好的，谢谢您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)