计算化学公社

标题: 在蛋白中分析aRDG出错 [打印本页]

作者
Author: kunkun 时间: 2017-3-29 13:14
标题: 在蛋白中分析aRDG出错
本帖最后由 kunkun 于 2017-3-29 13:24 编辑

老师您好，我尝试使用aRDG分析蛋白中两段结构之间的弱相互作用力，在MD过程中，我将某一段结构xyz方向都freeze.顺利完成了生产相的MD。但是使用中发现了2个问题：

1 我将蛋白的结构单独trjconv出来后，启动multwfn后，输入vmd转化之后的xyz路径.结果直接提示segmentation fault( core dumped) 总原子体系才4626.内存也设置到了512MB
为了对比，我将无处理后的xyz输入，没有发生错误。是不是aRDG不能单独分析两个螺旋之间的作用，必须完全输入整个体系的轨迹？而我关心的只是蛋白内部的相互作用，截取部分的话能减少计算水分子的相互作用的时间吧？

2 我在选取区域的时候，输入了结构两端的原子序号，定义了盒子的中心，相对较大的扩展了box的大小。格点数据设置为了40，40，40. 在aRDG开始计算时，出现了ERROR：the promolecular density for the element with index of 106 has not been supported yet！于是我用VMD和Ultraedit查询，发现multifwn所说的index 106 只是个单纯的C原子..而我选择其他区域,能够正常输出结果。
请问下老师这两个情况我该如何解决谢谢！

附上我的xyz文件
我定义用的box坐标两端为 index 2951，3159 或 1，150 （只要包括到了106号原子就出错）
box 延伸 30，12，12 born
格点 40，40，40

使用的系统 unbutu 12.04 应该是手册上测试过的系统版本不知有无影响

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-29 13:39
xyz就两帧？这样的话，直接用RDG就完了，用不着aRDG
而且你分析的是蛋白之间的作用，应当把水给去掉，否则会严重碍事
另外，你的xyz文件中的原子名五花八门，有些原子名过于特殊，Multiwfn无法判断出对应的元素，所以有那个error，应当自行把相应的原子名改成元素名

作者
Author: kunkun 时间: 2017-3-29 14:23

sobereva 发表于 2017-3-29 13:39
xyz就两帧？这样的话，直接用RDG就完了，用不着aRDG
而且你分析的是蛋白之间的作用，应当把水给去掉，否则 ...

老师，我把轨迹中的水分子都去掉了，但是还是提示segmentation fault( core dumped) 无论是在vmd中输出pdb还是xyz格式。都无法载入multifwn中，是否是由于原子名太乱了？（轨迹中amber力场的的原子类型），但是如果不把水去掉就可以载入。。真的好奇怪我是不是该安装个windows再试试？

作者
Author: kunkun 时间: 2017-3-29 15:09
我用虚拟机windows成功载入了，而且原子名的确太乱，我的蛋白体系内部就没有He和Ca这些元素..HG氢被识别为了汞！我做aRGD分析 1000帧的话..这个xyz修改起来好像不是一件容易的事情..
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: kunkun 时间: 2017-3-29 15:19
更新方法：使用gmx rmsf命令可以输出pdb的构象，读入截取的蛋白轨迹，此时内部的元素名字是可以被multiwfn完美识别并计算aRDG！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)