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标题: 求助，伞状采样wham出现File input/output error: pullb41.tpr [打印本页]
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Author: Changtx    时间: 2025-7-1 15:10
标题: 求助，伞状采样wham出现File input/output error: pullb41.tpr
各位老师同学好，目前通过伞状采样进行自由能计算，使用gmx wham -it tpr.dat -if xvg.dat -o -hist -unit kCal 命令时出现File input/output error:pullb41.tpr，pullb41.tpr是采样路径上的一个tpr文件，所有的流程都是按照网上流程进行，可能是我这个tpr文件损坏了吗，但是我将这个tpr文件以及xvg删除后，仍会有其他tpr文件出现这个报错。谢谢各位老师了。
  1. ;Pull code
  2. pull                      = yes
  3. pull_ngroups              = 2
  4. pull_ncoords              = 1
  5. pull_group1_name          = UP
  6. pull_group2_pbcatom       = 141354
  7. pull-pbc-ref-prev-step-com = yes
  8. pull_group2_name          = DOWN ;
  9. pull_coord1_type          = umbrella
  10. pull_coord1_geometry      = direction ;
  11. pull_coord1_groups        = 1 2
  12. pull_coord1_dim           = N N Y
  13. pull_coord1_rate          = 0.005    ;
  14. pull_coord1_k             = 1500   
  15. pull-coord1-vec           = 0.0 0.0 1.0 ; 调控牵引组运动方向
  16. pull_coord1_start         = yes

  18. freezegrps               =  UP    DOWN
  19. freezedim                 = Y Y N Y Y N
复制代码


作者
Author: student0618    时间: 2025-7-2 00:07
你的tpr.dat 和xvg.dat长怎样？
作者
Author: Changtx    时间: 2025-7-3 09:35
student0618 发表于 2025-7-2 00:07
你的tpr.dat 和xvg.dat长怎样？

tpr.dat里面是采样坐标对应进行重新采样的tpr，例如pull1.tpr、pull2.tpr等等，xvg.dat里面是与tpr文件对应的pullf.xvg



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