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标题: 求助如何用高斯生成可分析的波函数文件 [打印本页]

作者
Author: Ruzhuang 时间: 2025-7-1 23:56
标题: 求助如何用高斯生成可分析的波函数文件
各位老师，我做的体系是肽链结合大分子蛋白的体系，复合物大概600多个残基，肽是7mer，前期一直在做分子动力学的部分，现在想尝试用量子化学来跑一下，然后利用生成的chk文件转化为multiwfn能计算的fch波函数文件进行分析弱相互作用，也就是等值面，然后再定量分析一下等值面的面积以判断作用的强弱，由于体系太大，跑完动力学以后我以肽链不动扫描2A以内的残基，最后复合物的原子数能控制到200左右，但是不知道选取什么样的基组和泛函，因为初步接触量化的东西，有想法不对的地方请各位大佬批评指正，或者有没有什么更好的方法，谢谢，另外附上我想要的效果图以及我截断后的结构，同时也看sob老师的博文了

作者
Author: Ruzhuang 时间: 2025-7-1 23:59
或者说能不能拿这个结构只跑一个单点，因为我只想要一个fch的文件来进行分析，但是我今天用gussian跑的时候一直不收敛，报错，怎么解决这种情况

作者
Author: pal 时间: 2025-7-2 09:02
你现在应该是想要构建一个簇结构，肽链周围的残基应该适当固定，然后高斯的输入文件就是直接从gview里面保存直接用的吧，根据实际情况设置电荷和自旋多重度，hf/3-21g没啥意义，基组选择看http://sobereva.com/336，泛函看http://sobereva.com/272

作者
Author: Ruzhuang 时间: 2025-7-2 09:59

pal 发表于 2025-7-2 09:02
你现在应该是想要构建一个簇结构，肽链周围的残基应该适当固定，然后高斯的输入文件就是直接从gview里面保 ...

谢谢老师解惑，那么我请问一下我的这个作用应该是范德华和静电占主导地位，亦或者是我只想分析这中间的范德华和静电，想要做IGMH分析需要用什么基组和泛函呢

作者
Author: pal 时间: 2025-7-2 14:38

Ruzhuang 发表于 2025-7-2 09:59
谢谢老师解惑，那么我请问一下我的这个作用应该是范德华和静电占主导地位，亦或者是我只想分析这中间的范 ...

一般用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*就可以，还有溶剂效应

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Author: Ruzhuang 时间: 2025-7-2 17:19

pal 发表于 2025-7-2 14:38
一般用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*就可以，还有溶剂效应

感谢答疑，谢谢

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