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标题: acpype运行报错咨询 [打印本页]

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Author: 一生予安 时间: 2025-7-2 19:34
标题: acpype运行报错咨询
使用acpype做小分子重复单元拓扑的生成，报错结果为如下：/home/hui/miniconda3/bin/acpype:339: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\.'
verNum = re.sub('[^0-9\.]', '', sys.version.split()[0])
/home/hui/miniconda3/bin/acpype:1559: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\d'
out = map(int, re.findall('Atom (\d+) Is', _getoutput(cmd)))
============================================================================
| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2025 AWSdS |
============================================================================
WARNING: input file doesn't exist
ERROR: no 'antechamber' executable!
ERROR: no 'antechamber' executable... aborting !
==> HINT1: is 'AMBERHOME' or 'ACHOME' environment variable set?
==> HINT2: is 'antechamber' in your $PATH?
What 'which antechamber' in your terminal says?
'alias' doesn't work for ACPYPE.
ACPYPE FAILED: 1
Total time of execution: less than a second
上面的有点看不太懂，下面的第二个error有点不太理解错哪了，请各位老师指点一下

作者
Author: 风起~ 时间: 2025-7-2 20:38
用ztop

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-7-2 21:04
ERROR: no 'antechamber' executable!试着理解这句话的意思。

作者
Author: 一生予安 时间: 2025-7-2 21:05
不好意思，刚接触这个，说是解决环境的懒人脚本，，这个是解决了下面的问题，上面的问题是也可以解决吗？

作者
Author: 一生予安 时间: 2025-7-2 21:37
我的理解是缺乏设置的环境变量

作者
Author: student0618 时间: 2025-7-2 21:44
怎么安装的？Antechamber放在哪？

作者
Author: 一生予安 时间: 2025-7-2 21:58
我下载ambertools的网址使用conda install -c conda-forge ambertools这个代码安装有看到antechamber，但现在我没找到这个antechamber，是环境没设置啊

作者
Author: 一生予安 时间: 2025-7-2 22:04

student0618 发表于 2025-7-2 21:44
怎么安装的？Antechamber放在哪？

使用的conda install -c conda-forge ambertools安装时有看到antechamber，然后放在哪刚没找到，这是不是就是没设置环境变量的位置

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-3 02:48
直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件就完了，最省事，比acpype强大灵活得多，完全取代acpype，还用不着Python运行环境、用不着装臃肿的AmberTools。有了sobtop后acpype就没什么存在意义了

作者
Author: 一生予安 时间: 2025-7-3 08:40

sobereva 发表于 2025-7-3 02:48
直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件就完了，最省事，比acpype强大灵活得多，完 ...

好的老师

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