计算化学公社

标题: 求助：3000原子PbS量子点孤立体系计算内存总是不足 [打印本页]

作者
Author: 刘鸿宇 时间: 2025-7-3 00:30
标题: 求助：3000原子PbS量子点孤立体系计算内存总是不足
大家好，最近学完培训班后立刻开始跑cp2k的任务，研究的体系为孤立体系5nm直径的PbS量子点结构，平台是Bohrium。
开始的时候使用OT先准备跑一下结构优化（2000个原子)，但是SCF始终不收敛，Convergence一度飙到30，能量也越来越低达到-15156339后内存不足导致任务失败，我认为可能是量子点带隙较窄(0.9eV），于是准备用smearing加对角化跑一个单点能计算得到一个比较好的wfn文件(3000个原子），但是还开始SCF的步骤就又内存不足导致失败。两次的节点任务均使用在Bohrium上创建的Debian12-cp2k 2025.1 版本镜像，c64_m512_cpu（64核 512GB内存）进行计算。
泛函：PBE
基组：DZVP-MOLOPT-SR-GTH
计算命令为：mpirun -np 16 -x OMP_NUM_THREADS=4 --allow-run-as-root cp2k.psmp -i SO_QD.inp -o output.log

于是想请问大家有什么节约内存的办法（平台最多就512GB)，或者是我的哪些设置有问题
敬请批评指正

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-3 02:44
先跑更小体系，一点点增大团簇规模，监控内存使用量和体系大小的关系，以估计最多能算多少原子数的情况。并且尝试给更少的核数。也可以试试用三维周期性结合PSOLVER PERIODIC。还可以尝试更便宜的基组，比如TZVP-GTH

作者
Author: 刘鸿宇 时间: 2025-7-3 14:16

sobereva 发表于 2025-7-3 02:44
先跑更小体系，一点点增大团簇规模，监控内存使用量和体系大小的关系，以估计最多能算多少原子数的情况。并 ...

非常感谢sob老师给出的几个建议。
对于sob老师的建议我有几个问题：
1. 三维周期性结合PSOLVER PERIODIC 意思是否是要设置足够大的真空层以确保孤立体系近似
2. 对于更换更便宜的基组，GTH_BASIS_SET中只有 S 有DZVP-GTH-q6的基组，对于 Pb 和用于钝化的 I 则没有，sob老师的意思是更换 S 的基组试试看，那么对于其他两个元素还是用原来的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-5 07:29

刘鸿宇发表于 2025-7-3 14:16
非常感谢sob老师给出的几个建议。
对于sob老师的建议我有几个问题：
1. 三维周期性结合PSOLVER PERIODI ...

1 是。
2 有什么更便宜的能用就尝试什么

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)