计算化学公社

标题: 如何修改羟基化石英壁面的itp文件 [打印本页]

作者
Author: jingAAA 时间: 2025-7-3 16:17
标题: 如何修改羟基化石英壁面的itp文件

我目前搭建了一个体系：其中包含羟基化石英壁面，中间夹层是 CH₄、CO₂ 和 H₂O 分子。

CH₄和 H₂O 的力场参数（.itp 文件）均在opls力场下利用网址自动生成。
CO₂ 是EPM2模型，是社长写的
羟基化石英壁面的力场文件是我根据CLAYFF力场文献自己手动编写的，包括 [ atoms ] 和 [ bonds ] 信息。（羟基化石英是利用MS按照网上的教程建立的）

在进行能量最小化预处理时，GROMACS 提示整个体系总电荷不是零，而是 -20.020003。我手动检查后发现，quartz.itp里 [ atoms ] 的电荷总数是 -20，但目前我还不知道应该如何正确修改这个itp文件，保证壁面电荷中性。

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-7-3 17:21
https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... /inorganic-crystals
构造一个羟基化模型的单胞，上传cif，然后选择CLAYFF力场，实际选择CRYSTAL/Silica也可以。然后一直下一步，最后选择合适的比例进行扩胞。

作者
Author: 牧生 时间: 2025-7-3 18:03
http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-5 07:54
检查各个分子类型的净电荷值，总能找到原因。
H2O这种有专门力场的分子不要用通用工具产生拓扑文件

作者
Author: 方方方 时间: 2025-7-5 17:00
使用sobtop就能完成这个操作

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