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标题: 反应动力学工具ReaxTools现已上线网页版 [打印本页]

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Author: Graphite 时间: 2025-7-3 16:35
标题: 反应动力学工具ReaxTools现已上线网页版
本帖最后由 Graphite 于 2025-7-3 16:41 编辑

网页：https://cc-portal.xyz/reax_tools
QQ群：561184358
Github：https://github.com/tgraphite/reax_tools

想了想还是单独发一个帖子，因为网页版和1.6以前的本地版（http://bbs.keinsci.com/thread-38781-1-1.html），就用户使用而言完全是两个软件。
ReaxTools是最早是作者在2023年的时候，因为感觉ReaxFF后处理不便、得到的结果难以解读，开始从简单脚本写起的。后来因为做了很多包括ReaxFF、AIMD、NEP的项目，于是一点点从0.1版本写到1.9版本。最早版本只是清洗LAMMPS的输出，后来作为独立程序直接读取轨迹，进行化学键构建、分子识别等分析，再后来引入自动反应网络分析、提高计算效率。最后干脆做成网页版，一次性解决大量兼容性和更新问题。

ReaxTools的功能包括：
1. 自动分析轨迹、计算反应体系各帧中的物质含量
2. 输出键类型数量、原子键连度数量、环数量
3. 反应网络分析，输出完整准确的反应网络
4. 输出物质的上下游转化信息

ReaxTools的特性包括：
1. 极致性能。完全的O(N)时间复杂度。本地版笔记本4核运行情况下，可处理100-300万原子的体系，每10 MB标准etxyz轨迹约耗时1秒。服务器可处理1000万原子体系。实际上大部分情况下5万原子都算体系大的了。
2. 全自动。用户只需要提供正确格式的轨迹文件，并按照网页版说明选择参数，所有可视化结果都会自动、交互式显示出来。
3. 丰富的可调参数。调参侠们可以开始了。
4. 详细的文档和说明，社区驱动，欢迎提意见和反馈bug。

网页版可处理5-20万原子体系。网页版计算程序基于浏览器和虚拟文件系统，使用的是用户的本地计算资源，不会上传任何实质结果到服务器。

1.92-web-beta版本的界面如下，之后还会有更多功能。
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输入部分
有详细的格式和参数说明文档
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控制台输出
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图表区1可以动态选择、屏蔽、放大、查看各种数量等
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图表区2
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反应网络区（未点选）：颜色、大小、粗细都对应网络性质
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反应网络区（动态点选）：展现特定物质的上下游关系和转化数
解读方式有很多种，看各位创造力了
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关键物质统计区：对于高流入流出物质的流入流出数、关键上下游关系进行提要

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