计算化学公社

标题: lammps在NPT模拟过程中总是会出现Non-numeric pressure报错 [打印本页]

---

作者
Author: ZQing    时间: 2025-7-3 22:09
标题: lammps在NPT模拟过程中总是会出现Non-numeric pressure报错
各位老师好，最近在学习反应立场Reaxff，期间遇到了一个问题想向大家请教一下
模拟的时候运行一段时间就会出现像是ERROR: Non-numeric pressure - simulation unstable (src/fix_nh.cpp:1069)这样的报错，
我看论坛里的建议，尝试了减小步长，降低温度，增加盒子大小，增加能量极小化，也试过先跑nvt后跑npt但是npt部分始终会在运行一段时间后报同样的错。
下面是对我模拟细节的一些描述：
lammps版本：29 Sep 2021
模拟体系是13Na2CO3+28CaCO3+33MgCO3+43H2O，一共512个原子，力场文件取自Adri C. T. van Duin在2022年的一篇文献，https://doi.org/10.1039/D1CP04790F 是专门针对这样的体系开发的。初始文件是用packmol构建的，
in文件如下

1. # ----------------- Init Section -----------------
   
2. boundary p p p
   
3. units real
   
4. atom_style full
   
5. 
   
6. # ----------------- Atom Definition Section -----------------
   
7. 
   
8. read_data "in.data"
   
9. 
   
10. # ----------------- Settings Section -----------------
    
11. 
    
12. variable        x index 1
    
13. variable        y index 1
    
14. variable        z index 1
    
15. 
    
16. replicate       $x $y $z
    
17. 
    
18. pair_style      reaxff NULL safezone 3.0 mincap 150
    
19. pair_coeff      * * reax_ff.carbonate C Ca H Mg Na O
    
20. neighbor        0.5 bin
    
21. neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
    
22. 
    
23. # ----------------- Run Section -----------------
    
24. 
    
25. timestep 0.25
    
26. 
    
27. velocity     all create 1 372748 rot yes dist gaussian loop local
    
28. thermo          100
    
29. thermo_style custom step temp press density vol
    
30. thermo_modify flush yes
    
31.   
    
32. dump mydump all dcd 100 dump.dcd
    
33. 
    
34. fix 1 all qeq/reaxff 1 0.0 10.0 1.0e-6 reaxff maxiter 800
    
35. 
    
36. min_style cg
    
37. minimize 1e-4 1e-6 1000 10000
    
38. 
    
39. fix fxnpt all npt temp 1 300 100.0 iso 1000 1000 1000
    
40. run 5000
    
41. unfix fxnpt
    
42. 
    
43. min_style cg
    
44. minimize 1e-4 1e-6 1000 10000
    
45. 
    
46. fix fxnpt all npt temp 300 500 100.0 iso 1000 1000 1000
    
47. run 5000
    
48. unfix fxnpt
    
49. 
    
50. fix fxnpt all npt temp 500 500 100.0 iso 1000 1000 1000
    
51. run 400000
    
52. 
    
53. min_style cg
    
54. minimize 1e-4 1e-6 1000 10000
    
55. 
    
56. write_data steady.data
    
57. write_restart steady.restart

复制代码

in文件的编写参考了lammps官方example里的例子，然后我还加了很多能量极小化，输出文件也附上


(, 下载次数 Times of downloads: 0)

上传 Uploaded

点击下载
Click to download

---

欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

Powered by Discuz! X3.3