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标题: 求助输入文件中geom=connectivity与结构优化的关系 [打印本页]

作者
Author: zyd 时间: 2025-7-4 08:09
标题: 求助输入文件中geom=connectivity与结构优化的关系
老师们好。我有一个问题想请教一下：
这一组是文件1
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这一组是文件二
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两者的区别是有无geom=connectivity，我想问的是：
（1）初始结构不是要有明确的成键关系（方式二）这样优化比较快，结构会比较合理。像方式一那种存在孤立的原子会不会在优化过程中位置变化太大导致结构不合理
(2)对于这种原子数比较多的复杂结构，总是在SCF就不收敛，更被说结构优化了，上面也展示了我的方法和基组，请问有什么可以改进的地方吗

作者
Author: wal 时间: 2025-7-4 09:04
geom=connectivity与量化计算毫无关系，不会产生任何影响

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-7-4 09:45
这是个铵盐、溴与铅构成的钙钛矿么？扣出一个孤立团簇直接拿Gaussian优化没有什么意义，建议改用CP2K等第一性原理程序，对晶体结构做周期性计算。

作者
Author: zyd 时间: 2025-7-4 13:02

wal 发表于 2025-7-4 09:04
geom=connectivity与量化计算毫无关系，不会产生任何影响

好的谢谢

作者
Author: zyd 时间: 2025-7-4 13:05

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-4 09:45
这是个铵盐、溴与铅构成的钙钛矿么？扣出一个孤立团簇直接拿Gaussian优化没有什么意义，建议改用CP2K等第一 ...

这个我们是想看看在局域状态，有机分子构象变化对无机骨架畸变的影响

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-7-4 13:19

zyd 发表于 2025-7-4 13:05
这个我们是想看看在局域状态，有机分子构象变化对无机骨架畸变的影响

可是实际晶体里“无机骨架”按三维周期性无限延展，而且无论是否局域，远处的骨架原子都会与有机分子产生静电和范德华等相互作用；而简单小型孤立团簇的表面效应很显著，并不能真实表现晶体的环境。你的目的应该构建周期性晶体结构的超胞模型，用第一性原理程序做变胞优化或NPT系综分子动力学任务来考察。

作者
Author: zyd 时间: 2025-7-4 15:04

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-4 13:19
可是实际晶体里“无机骨架”按三维周期性无限延展，而且无论是否局域，远处的骨架原子都会与有机分子产生 ...

谢谢您的建议，我也想过这样优化结构，那么这样的体系在优化之后，可不可以计算圆二色光谱呢，我不太清楚有什么软件能做，只知道高斯

作者
Author: 2877321934 时间: 2025-7-4 17:48

zyd 发表于 2025-7-4 15:04
谢谢您的建议，我也想过这样优化结构，那么这样的体系在优化之后，可不可以计算圆二色光谱呢，我不太清楚 ...

见此博文：
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224

作者
Author: zyd 时间: 2025-7-4 18:56

2877321934 发表于 2025-7-4 17:48
见此博文：
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224

谢谢之前一直没注意其中的一部分内容，现在多亏您的提醒

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-7-4 19:21

zyd 发表于 2025-7-4 15:04
谢谢您的建议，我也想过这样优化结构，那么这样的体系在优化之后，可不可以计算圆二色光谱呢，我不太清楚 ...

这样吗，能直接给周期性体系算ECD的软件确实没怎么听说过，也就去年http://bbs.keinsci.com/thread-46607-1-1.html提了一下。就是要取团簇来算ECD的话，或许比较推荐的是ORCA结合背景电荷和embedding potential来表现晶体环境，但有没有文献这么算过我也不清楚了。当然这不妨碍前一步的晶体变胞优化用严格考虑三维周期性的程序，毕竟功能支持不同是很合理的切换软件计算的理由。

作者
Author: zyd 时间: 2025-7-5 12:01

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-4 19:21
这样吗，能直接给周期性体系算ECD的软件确实没怎么听说过，也就去年http://bbs.keinsci.com/thread-46607 ...

谢谢您的解答，我去看一下

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