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标题: 求助：对一段轨迹，使用Tcl脚本时，用pbwithin命令识别原子，当帧数多的识别出错 [打印本页]

作者
Author: naozhong 时间: 2025-7-4 11:26
标题: 求助：对一段轨迹，使用Tcl脚本时，用pbwithin命令识别原子，当帧数多的识别出错
我将一段AIMD轨迹结果保存为pdb格式，准备使用VMD的脚本帮助统计在轨迹的不同结构中，同时跟体系指定的2个Al原子距离2.5埃以内和2个Hf原子距离在1.8埃以内的O原子个数。我采用pbwithin来选取符合要求的O原子，碰到以下问题：轨迹帧数比较多的时候，pbwithin命令在识别原子会出错。比如把轨迹的pdb中前5帧另存为一个pdb文件，调用这个脚本去识别出现结果1，把含有10000帧轨迹的pdb直接在VMD中间去调用这个脚本识别，识别出来的原子是结果2，二者不一样。请问：是否可以帮忙查看，是脚本的问题，还是说是否有碰过pbwithin在计算轨迹的时候会出错？有什么解决的建议吗谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-5 07:40
保存多帧轨迹时，选择语句是对于第一帧判断的，之后保存的每一帧里的原子序号都相同

作者
Author: naozhong 时间: 2025-7-13 15:43
好的谢谢，那我理解问题出在哪里了。后面通过自己写循环，对选择的原子与体系中O原子的键长距离计算并做判断，现在已经可以解决这个问题，谢谢。
同时，想问：那对于这个问题，除了自己写循环计算判断之外，VMD自带的选择语句是不是就没有办法实现这个功能了？

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