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标题: 在用生成小分子拓扑文件时报错 [打印本页]

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Author: weifang 时间: 2025-7-5 17:31
标题: 在用生成小分子拓扑文件时报错
本帖最后由 weifang 于 2025-7-5 17:33 编辑

各位老师好！我在使用gromacs生成小分子的拓扑文件时报错，不知道怎么解决，希望有老师可以解答一下

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Author: sobereva 时间: 2025-7-6 08:22
用sobtop产生拓扑文件是十分主流、我最推荐的做法，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop
很不推荐新人看某些写得不理想的教程用一些偏门、过时、近乎无人问津的做法。

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Author: weifang 时间: 2025-7-7 15:37

sobereva 发表于 2025-7-6 08:22
用sobtop产生拓扑文件是十分主流、我最推荐的做法，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop
很不推荐新人 ...

好的，sob老师，用sobtop可以生成淀粉直链片段这种多糖的拓扑吗

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Author: sobereva 时间: 2025-7-9 02:46

weifang 发表于 2025-7-7 15:37
好的，sob老师，用sobtop可以生成淀粉直链片段这种多糖的拓扑吗

也不是不能，用GAFF力场也可以当普通有机分子处理，但终究不如用专用的糖力场理想

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