计算化学公社

标题: 如何在SOBtop中插入glycam力场 [打印本页]

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Author: 唐观星 时间: 2025-7-5 22:34
标题: 如何在SOBtop中插入glycam力场
我想用sobtop生成多糖的top文件用于分子动力学模拟，但是Sobtop里面好像没有专用的糖力场文件，我想把glycam官网上面下载的力场加入到sobtop里面，来生成对应的top文件，各位大佬，具体如何操作

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-6 08:31
对于糖，建议用免费的AmberTools里的leap产生glycam力场的拓扑文件，然后acpype转成gromacs的格式。生物大分子体系，蛋白质、糖、核酸，都应当用专门的工具

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Author: ztymeow 时间: 2025-7-12 11:17
您好，我遇到了类似的问题，请问可以分享一下glycam力场文件或者链接吗，万分感谢1638974652@qq.com

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Author: student0618 时间: 2025-7-12 14:13
Amber官网下载或者Anaconda装AmberToold就有哦。

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Author: 唐观星 时间: 2025-7-16 00:23
本帖最后由唐观星于 2025-7-16 00:32 编辑

ztymeow 发表于 2025-7-12 11:17
您好，我遇到了类似的问题，请问可以分享一下glycam力场文件或者链接吗，万分感谢

可以的，不过我没有采用glycam的方法继续生成，因为我有个氯乙酸分子，需要构建到统一力场里面，所以我用了charmmgui网站，更加方便。
这个其实在glycam的官网上面可以下到，其可以去选一下你要用的是哪种多糖的力场

作者
Author: 唐观星 时间: 2025-7-16 00:37

sobereva 发表于 2025-7-6 08:31
对于糖，建议用免费的AmberTools里的leap产生glycam力场的拓扑文件，然后acpype转成gromacs的格式。生物大 ...

感谢大佬，这个建模我用charmmgui做了，我现在想用得到的结构做一下ESP，请问有没有采用ORCA避开高斯的方法生成multiwfn所需要的文件进行ESP的计算

作者
Author: 唐观星 时间: 2025-7-16 00:49

student0618 发表于 2025-7-12 14:13
Amber官网下载或者Anaconda装AmberToold就有哦。

感谢大佬，已经解决了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-16 08:39

唐观星发表于 2025-7-16 00:37
感谢大佬，这个建模我用charmmgui做了，我现在想用得到的结构做一下ESP，请问有没有采用ORCA避开高斯的方 ...

“做一下ESP”指代不明。说具体到底算什么，静电势分析手段多了去了，下面的帖子里我的博文就列了一大堆
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

Multiwfn做静电势相关分析完全不需要非得有Gaussian，仔细看下文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-16 08:42

ztymeow 发表于 2025-7-12 11:17
您好，我遇到了类似的问题，请问可以分享一下glycam力场文件或者链接吗，万分感谢

http://glycam.org/

作者
Author: ztymeow 时间: 2025-7-16 09:13

sobereva 发表于 2025-7-16 08:42
http://glycam.org/

谢谢老师

作者
Author: ztymeow 时间: 2025-7-16 09:14

唐观星发表于 2025-7-16 00:23
可以的，不过我没有采用glycam的方法继续生成，因为我有个氯乙酸分子，需要构建到统一力场里面，所以我用 ...

好的好的谢谢你

作者
Author: 唐观星 时间: 2025-7-17 00:35

sobereva 发表于 2025-7-16 08:39
“做一下ESP”指代不明。说具体到底算什么，静电势分析手段多了去了，下面的帖子里我的博文就列了一大堆
...

感谢大佬，我想用esp来预测我的反应位点，应该是要进行范德华力表面着色以及极值点分析，我找到的方法就是通过multwifn生成ORCA的输入文件，然后再通过ORCA生成.gbw文件，再将gbw文件转化，然后运行脚本

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Author: sobereva 时间: 2025-7-17 03:41

唐观星发表于 2025-7-17 00:35
感谢大佬，我想用esp来预测我的反应位点，应该是要进行范德华力表面着色以及极值点分析，我找到的方法就 ...

那叫范德华表面，不叫范德华力表面

正确拼Multiwfn

用gbw转成的molden当Multiwfn的输入文件

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