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标题: 求助各位老师，NAMD中某一组分如何设置为刚体 [打印本页]

作者
Author: abing 时间: 2025-7-7 16:16
标题: 求助各位老师，NAMD中某一组分如何设置为刚体
请教一下各位老师，我想在使用NAMD使用恒力（Constant Force）和恒速（SMD）模拟某一组分运动过程，但是在运动过程中这个组分的结构会发生变化。
NAMD中有没有什么方法能将这个组分设置为刚体，不发生形变。

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2025-7-8 02:54
用colvars加一个rmsd得限制势

作者
Author: abing 时间: 2025-7-8 11:16

DwyaneWan 发表于 2025-7-8 02:54
用colvars加一个rmsd得限制势

谢谢老师，使用colvars限制这一组分的RMSD保持在一个很小的值就可以了是嘛

作者
Author: abing 时间: 2025-7-14 11:47

DwyaneWan 发表于 2025-7-8 02:54
用colvars加一个rmsd得限制势

老师，麻烦再次请教一下，我colvars rmsd进行了限制，并且设置了一个很大的力常数300，但是模拟时候还是出现了结构的变化。这种变化和我不施加colvars rmsd限制的变化相同。除了使用fixed命令，老师请问在SMD过程中还有什么其他方式可以将SMD的这一组分设置为刚体吗？

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