计算化学公社
标题: 求助：plumed+gromacs做元动力学模拟报错segmentation fault [打印本页]
作者Author: 17-li 时间: 2025-7-8 11:19
标题: 求助：plumed+gromacs做元动力学模拟报错segmentation fault
本帖最后由 17-li 于 2025-7-8 11:19 编辑
我的软件版本信息为:-) GROMACS - gmx, 2022.5-plumed_2.9.0 (-:
生成 tpr 文件的命令为：
gmx grompp -f metad_plumed.mdp-c system.gro -p topol.top -n metad.ndx -o metad.tpr-maxwarn 2
，运行该命令后生成文件 mdout.mdp 和 mdout.mdp
后台运行模拟的命令为：
nohup gmx mdrun -s metad.tpr -deffnm metadout -plumed metad.dat -ntmpi 1 -ntomp 16 -pin on -v >> metad.out &
metad.out文件中的完整内容如下，没有出现Fatal error：
:-) GROMACS - gmx mdrun, 2022.5-plumed_2.9.0 (-:
Executable: /home/xxx/softs/install/gromacs-2022.5/bin/gmx
Data prefix: /home/xxx/softs/install/gromacs-2022.5
Working dir: /home/xx/0707METAD
Command line:
gmx mdrun -s metad.tpr -deffnm metadout -plumed metad.dat -ntmpi 1 -ntomp 16 -pin on -v
Reading file 0707metad.tpr, VERSION 2022.5-plumed_2.9.0 (single precision)
Changing nstlist from 10 to 100, rlist from 1 to 1.158
1 GPU selected for this run.
Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
PP:0,PME:0
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the CPU
PME tasks will do all aspects on the GPU
Using 1 MPI thread
Using 16 OpenMP threads
starting mdrun 'Birds22 in water'
500000 steps, 1000.0 ps.
但是输出 nvidia-smi命令后发现该任务并没有运行，而是出现报错 segmentation fault
作者Author: student0618 时间: 2025-7-8 12:05
有没有log文件？
作者Author: Dempey 时间: 2025-7-8 14:22
先不-plumed metad.dat看看会不会停止，如果不会挺就是metad.dat设置不对，注意是不是采样的CV出界了
作者Author: 17-li 时间: 2025-7-8 15:20
哇！不加-plumed metad.dat就正常在跑了。
我是第一次做元动力学模拟和使用plumed，大佬可以帮忙看看我的metad.dat文件吗？我是想看互补核酸链的解链情况，所以设置了pair1, 2, 3（就是图上黄色框框里的rA-dT碱基对中的N6-O4氢键）
作者Author: 17-li 时间: 2025-7-8 15:21
没有log文件
作者Author: Dempey 时间: 2025-7-8 16:09
dat文件基本没问题，我也有点不太清楚：dat文件中的ndx文件是GROMACS的ndx文件吗，可以这样读取吗，还有你的pair123的定义好像是一样的
可以尝试给CV加墙限制一下
作者Author: 17-li 时间: 2025-7-8 16:31
好的，谢谢~我刚刚也注意到pair写重复了
作者Author: student0618 时间: 2025-7-8 21:49
抱歉我问的是例如nohup.out
一般来说plumed的文件或跑的时候有问题的话会有具体报错的
作者Author: 17-li 时间: 2025-7-9 10:33
有一个metad.out文件，完整的内容我在求助的时候贴了，看起来里面没有给出具体的报错信息。现在我怀疑是metad.dat设置有问题，我直接运行plumed driver --plumed metad_v2.dat --noatoms，就出现《报错信息.png》，直接翻译的话应该是说我的结构里原子序数有<0的，但是我仔细检查了，并没有。不知道是哪里出了问题。
作者Author: Dempey 时间: 2025-7-9 11:45
尝试一下去掉dat文件里的MOLINFO，再试试呢
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